...的基因， 需要测序数多少才合适呢？ 这个问题可以采用数据来说话。 以人类的Universal Human Reference RNA（来自10个细胞系，增加样本内基因的多样性）为例，分别统计在不同测序量1cell 到 10个cell的情况下，基因和转录本的覆盖情...
...果、葡萄、冬枣）的191个扩展蛋白构建系统发育树，具体数据见下图： 3. 扩展蛋白家族基因结构及motif分析 扩展蛋白家族个基因外显子内含子等结构示意图如下； motif鉴定如下，共鉴定到15个明显的motif，ZjEXPA亚群基因的motif...
...原理可以分为三个要点： 1.计算协方差：使用基因频率数据计算每对群体之间的实际协方差。 2.构建最大似然树：利用基因型频率数据构建最大似然树，并计算协方差的估计值。 3.判断基因流：通过比较实际值与估计值之间的...
...己设置时cpu数目最大也为10，如果超过10，默认为10。 2. 数据文件准备 01. 通过数据分析获得混池的snp位点信息all_sample_snp.vcf。 对all_sample_snp.vcf中的snp位点进行过滤，过滤掉亲本杂合以及亲本相同的位点。 02. 格式转换 /share/...
...为生信分析最常用的编程语言之一，经常被用于进行生物数据统计分析和绘图。之前小编给大家介绍了R语言下载安装和一些基础概念，今天继续介绍R语言的数据结构。 R语言数据结构包括向量，矩阵和数据框，数组， 列表，因...
...ttps://www.omicsclass.com/question/4584 建议： 对于高通量测序数据，数据量都比较庞大，一般的笔记本电脑都不能胜任（内存限制），只能做练习使用。如果要分析数据尽量选择内存多的台式机或者服务器。 组学大讲堂云服务器即...
数据下载： wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE123904&format=file" -O GSE123904_RAW.tartar xvf GSE123904_RAW.tar 准备map.txt文件： LX653PRIMARY_TUMOURLX676PRIMARY_TUMOURLX682PRIMARY_TUMOURLX699METASTASISLX661PRIMARY_TUMOURLX255BMETASTASISLX682NORMALLX7...
我们通过全基因组重测序对2个亲本和多个子代进行了测序，想通过该数据构建遗传图谱，但是看文章发现要先对亲本中缺失和杂合的SNP过滤，这个是如何过滤的？能不能和子代数据一起过滤？
我现在在做重测序数据比对和call SNP 分析，有个问题我想咨询一下：每个测序序列生成的g.vcf.gz的文件比较大，所用能一下子生成所有的g.vcf.gz文件，所以只能先生成一部分g.vcf.gz文件进行合并成vcf.gz文件，然后在生成另外一部分...
老师，我利用demo数据进行转录组分析。 在尝试将demo的数据，将sam 转换成bam 格式并排序时并没有转换成功。不太清楚哪里出了问题。 我不知道demo数据是否是链特异性文库，所以也就没去设置（RF or FR）。也不会设置。 所以...
10x的数据可以使用 cellranger mkfastq 产生，下面的例子是两个样本同一个lane测序拆分后分析；第二个例子是同一个样本两个lane测序，需要合并一起分析； 大家注意文件命名方式，蓝色和红色部分； cellranger命名规则 : https://supp...
...可以绘制一个单因素的生存曲线图。 # 表达信息和生存数据整合到 exprSet, 其格式如下： bcr_patient_barcode time status LINC01587 XXbac_B461K10.4 1 TCGA-2W-A8YY 148 0 3.981761 23.89057 2 TCGA-4J-AA1J 226 0 37.491171 19.63823 3 ...
这两个应该是同一类型问题，biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python和/biosoft/MCScanX/MCScanX/MCScanX mcscan/AT这个路径进不去，是有权限吗还是怎么样，还有wget所获得的数据时这两个是什么数据别的物种家族该从哪获得？
...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...
我做了个无参考基因组昆虫的转录组，公司先对所有样品的数据进行了拼接，形成一个unigene库，然后再把每个样品的数据回比到unigene库上，得到一个回比率，我这里是55%，感觉有点低啊，什么原因造成的呢？