文章 桑基图绘制

...图是一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名，此后便以其名字命名为“桑基图”。 载入数据 rm(list=ls())data("iris")iris$Class...

问题 NGS数据分析时，使用ANNOVAR的table_annovar.pl报错。

使用自建数据库。用ANNOVAR的annotate_variation.pl进行注释时，没有报错。 [*****@head ****]$ perl ../tessDSS/annovar/annotate_variation.pl -geneanno -buildver HP ./bin/M5-31.avinput HPdb/NOTICE: Output files are written to ./bin/M5-31.avinput.variant_function, ./bin/M5-31.avinput....

文章 COX 生存分析模型

...——即诸变量  对  的影响。但由于生存分析研究中的数据包含删失数据。且时间变量t通常不满足正态分布和方差齐性的要求，这就造成了用一般的回归方法研究上述关系的困难 。 Cox回归模型的基本形式 D.R.Cox提出了Cox比...

问题 老师，请问我在cytoscape中使用conet插件绘制互作网络图，我上传了两个文件，第一个文件是图一，第二个文件是图二，我不想用OTU的ID号做分析相，想做门水平的细菌，第二个表是抗性基因的数据，想观察抗性基因和门水平菌的共现性网络。但是总是显示报错，请问您知道大概有什么原因吗？

文章 计算Kaks时批量提取多对基因的序列

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 老师您好，我按照课程提供的流程泡自己的数据，在构建进化树的时候利用run_pipeline.pl -Xmx200G -importGuess $workdir/00.filter/clean.vcf.gz -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter这个命令操作的，但生成的supergene里面有好多命名重复，这是怎么回事？由于这个重复就导致我没法做进化树

文章 parted磁盘分区 格式化，挂载

...文件系统使用32位空间记录块数量和i-节点数量  （4）当数据写入到Ext3文件系统中时，Ext3的数据块分配器每次只能分配一个4KB的块  2. EXT4  EXT4是Linux系统下的日志文件系统，是EXT3文件系统的后继版本。  （1）Ext4的文件系统...

文章 SNP分析中由于基因组序列过长导致报错解决方法

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 TGS-gapcloser 安装与使用

...er 是华大基因开发的，一个利用其他组装或是长度长测序数据对草图进行gap填充的一款软件。 1. 安装 下载 git clone  https://github.com/BGI-Qingdao/TGS-GapCloser.git 如果已经安装了minimap2软件，在此次软链接一下软件地址 rm -rf TGS-GapClos...

文章 二倍体杂合基因组组装策略

... (2) 对于杂合度稍高或者是模式生物基因组：结合亲本/HiC数据（HiC+HiFi），组装出2套单倍型基因组； 3. 不同策略对应使用的方法 (1)  组装出1套标准基因组： CLR或是ONT数据的单独组装结果中，很可能残存单倍型的冗余。BUSC...

问题 老师，您好，我在16S数据实操中的qiime聚类生成otu的第一个方法中操作 pick_de_novo_otus.py 这一步，缺少了很多文件，之后我又单独操作的，在操作第三步 # Assign taxonomy command 时，没有出现qiime_rep_set_tax_assignments.txt 这个文件，第四步也没有办法操作，是哪里出问题了呢

文章 Linux中给文件中的某列添加千位分隔符

如果你只想要为文件中的某几列数据添加千位分隔符，你可以使用 awk 来实现。以下是一个例子： 假设有一个包含多列数据的文件 data.txt A 2565 301298 0.69% B 50 83602 0.19% C 3568 2710730 6.23% D 16 9837 0.0...

文章 全面解读第四代基因测序技术

...分子测序，测序读长长（超过150kb），测序速度快，测序数据实时监控，机器方便携带等。这篇综述重点总结了MinION测序仪的技术特点和应用领域。 一、 MinION测序技术简介 MinION纳米孔测序仪的核心是一个有2,048个纳米孔，分成...

文章 鲈鱼MAPK基因家族分析文献下载及解读

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 关于操作中遇到的Perl脚本。

  我想请问，按照视频里的操作方法一切数据的提取都是通过给定的Perl脚本来实现的。但是你们提供的脚本总会有局限性吧！如果非要完成特定的需求。那么请问如果实现不了的数据提取操作能否用python来写出一个相应的脚本...