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文章 双通道芯片MA和density

...mma提供的plotMA绘制MA图，或者plotDensities查看密度图 以GSE121505数据为例，正常读取后获得RGList，查看array1的MA图以及密度图： plotMA(RGList,array = 1) plotDensities(RGList[,1]) 以及完成所有校正后的MAList plotMA(MAList,array = 1) plotDens...

文章 核苷酸多样性π的计算

...件 ：记录某个群体的样本ID，ID需与vcf文件中的ID一致。 2.运行指令 软件：vcftools 命令： vcftools  --gzvcf clean.vcf.gz --window-pi 100000 --window-pi-step 10000 --keep wild_popid.txt --out pi.wild# --gzvcf 指定基因型的vcf文件，这里指定的压缩的vcf，...

问题 Cytoscape图片导出的问题

请问老师，我在软件中美化好的图片跟导出的图片不相同应如何解决，1是软件中美化好的图片，2是导出的PDF图片  想要导出后的图片连线为直线 并且没有无效文字的显示

问题 如何绘制pi图？

windowed.pi文件里的染色体不是按照1，2，3，4，输出的，输出的是物种的NC开头的一串，这种情况下应该怎么使用ggplot2作图？使用课上的R脚本在自己的服务器里运行结果报错，提示

文章 biolinux导入虚拟机后启动报错，报错信息返回代码：E_FALL(0x80004005)

...统（win7,XP等系统会出现这个问题）的原因，需要安装KB3024777补丁，可以参考https://community.oracle.com/thread/3639877。 但由于他的电脑无法安装补丁，于是直接重装了win10系统，问题就解决了。有遇到这种情况的可以先试一下第一种...

文章 下载TCGA基因表达量文件，应该选Count,FPKM还是FPKM-UQ ?

...相关统计信息如下：     1. Gene A的长度为：3000      2. 比对到Gene A上的reads数量：1000     3. 比对所有基因上的reads数据量：1,000,000     4. 样品1中覆盖75%基因的reads数：2000  那么，FPKM和FPKM-UQ的计算结果如下：     FPKM  = (1...

文章 怎样画一张曼哈顿图CMplot

...)          SNP Chromosome Position    trait1     trait2     trait31 ALGA0000009          1    52297 0.7738187 0.51194318 0.511943182 ALGA0000014          1    79763 0.7738187 0.51194318 0.511943183 ALGA0000021          1   2...

问题 关于课程中TCGA差异基因表达代码-问题

...基因，遇到问题（黑体字已标出） fdr = 0.05 fold_change = 2# 读取基因表达的矩阵rawdata<-read.table("Gene_HTSeq_Counts.txt", header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE, row.names=1)# 针对基因的表达量进行过滤，过滤标准设置为：至少有25% 的样本，基因表...

文章 blast XML结果解析，获得更多blast比对信息 perl

...gth;                        my $identity     = sprintf "%0.2f", $hsp->frac_identical;            my $mismatch     =()= $hsp->seq_inds('hit','nomatch');            my $gaps         = $hsp->gaps;            my $align_length = $hsp->hsp_length;   ...

文章 linux 编码转换

...件 将内容转换成16进制： :%!xxd 转换回来： :%!xxd -r  2. iconv  # 将UTF-8编码的wx.txt文件转换为GB2312编码的test01.txticonv -f UTF-8 -t GB2312 wx.txt -o test01.txt

文章 什么是RIN值？！

...，用来衡量样品中抽提的RNA的质量；了解RIN值需先了解下28S和18S比值。28S和18S比值：28s和18s是真核生物RNA（核糖体RNA）的两个主要亚基，在完整性较好的RNA样本电泳条带上应是28S在上，18S在下，且亮度为28S是18S的两倍，理论上未...

文章 sort对字母和数字组合字符串进行排序

Linux sort按列排序可以参考https://www.omicsclass.com/article/723。 但若遇到字母加数字组合的列想进行排序需要借助 参数 -V 以下方数据为例： cat test.txtA1      1A10     2A3      3A4      4B1      5B12     6A8      7A5    ...

文章 Biopython之序列输入

...t = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse("test.fa", "fasta")) print(record_dict["AT1G32510.1"]) # use any record ID ID: AT1G32510.1 Name: AT1G32510.1 Description: AT1G32510.1 cds chromosome:TAIR10:1:11756691:11758118:1 gene:AT1G32510 gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:A...

文章 无法访问zenodo

...均无法访问zenodo网站 解决方法： 1. 找到ip：188.185.79.172 查询ip的网址：站长工具 - 站长之家 (chinaz.com) 2. 进入C:\WINDOWS\system32\drivers\etc，修改host权限 3、打开hosts文件并加入zenodo的ip地址，保存 4、打开命令行cmd，刷新DNS w...

文章 18年上半年，利用GEO/TCGA数据库发表文章超过1000+

...用于构建生存分析模型，获得疾病风险评估方法。   2：Elevated circulating miR-182 acts as a diagnostic biomarker for early colorectal cancer，该文章利用公共数据（GEO，TCGA数据），筛选出两个miRNA（miR-182 and miR-20a）作为结直肠癌诊断的分子...