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文章 学了很多项目管理工具和方法,为何还是难以成功?

83版《西游记》里有一个桥段： 金角大王拿着宝葫芦对孙悟空说：“我叫你名字，你敢答应吗？” 孙悟空不知情，回了句：”爷爷在此“。 然后就被吸到宝葫芦里去了，金角大王成功拿到一血。 这个桥段相信大家已经看过...

文章 MarkDuplicates (GATK)报错：打开的文件句柄过多(Too many open files)

使用GATK对bam文件进行去重操作的时候发现报错了： 理解了一下应该是程序在读取运行中间文件的时候，超过了Linux操作系统允许的用户IO读取范围，所以查看了一下Linux对于当前用户读取文件数量的软限制： 发现进程最大允...

问题 在virtualbox中导入虚拟电脑的bio-linux的ova失败~老师

报错信息： 导入虚拟电脑 E:\Bio-Linux-2018-8-23.ova失败. Could not create the imported medium 'F:\bio-linux\Bio-Linux-2018-8-23-disk001.vmdk'. VMDK: cannot write allocated data block in 'F:\bio-linux\Bio-Linux-2018-8-23-disk001.vmdk' (VERR_DISK_FULL). 返回 代码:VBOX_E_FILE_ERROR ...

文章 perl中判断数组中是否含有某个元素

grep 函数可以解决这个问题，下面介绍grep的用法： grep函数有两个参数。一个代码块和一个列表。 对于列表中的每个元素，它的值会被赋到$_（Perl的标量默认值）, 然后执行代码块。如果代码块的返回值是false，相应值被丢弃。...

问题 如何合并两个单细胞测序中的两个子集？

...行了重聚类，resolution都是0.2，然后生成了CD8new.added.celltype.rds和NK.added.cellytype.rds两个文件，现在我要把这两个文件，但总是提示报错。 CD8new.added.celltype.rds的meta文件：CD8.added.celltype.metadata.tsv NK.added.cellytype.rds的meta文件：NK.added....

文章 linux下安装java

... vim /etc/profile把下面填进去 #set java environmentJAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.151-1.b12.el6_9.x86_64JRE_HOME=$JAVA_HOME/jreCLASS_PATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jar:$JRE_HOME/libPATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin:$JRE_HOME/binexport JAVA_HOME JRE_HOME CLASS_PATH ...

文章 PASA报错：unique constraint failed: asmbl_link.asmbl_acc, asmbl_link.cdna_acc

...： 如果是名字中存在"/"，采用sed修改即可 sed -i "s/\//-/g" fa文件

问题 [main] unrecognized preset 'china-wild-ibex-clean.recode.vcf.gz'

我用命令过滤后vcftools --gzvcf china-wild-ibex-clean.vcf.gz --max-missing 1.0 --recode --stdout | gzip -c > china-wild-ibex-clean.recode.vcf.gz  在去建立索引tabix -p china-wild-ibex-clean.recode.vcf.gz 这个文件出现下面的错误是怎么回事？

文章 qiime2 q2-picrust2 报错问题

Traceback (most recent call last):   File "/share/work/biosoft/python/Python3/bin/picrust2_pipeline.py", line 4, in <module&gt;     __import__('pkg_resources').run_script('PICRUSt2==2.5.2', 'picrust2_pipeline.py')   File "/share/work/biosoft/python/Python-v3.9.16/lib/python3.9/site-packa...

文章 序列比对Muscle和ClustalW的区别

...再次点击比对，检查是否大部分都对齐了。 参考回答https://www.jianshu.com/p/1112693391ca

问题 tophat2建立索引报错：Error: gtf_to_fasta returned an error.

...候出现报错； "/share/work/biosoft/tophat/tophat-2.1.1/bin/tophat2" -G Sspon.v20180123.gtf --transcriptome-index=transcriptome_data/known Sspon.HiC_chr_asm [2019-04-28 05:49:42] Building transcriptome files with TopHat v2.1.1-----------------------------------------------[2019-04-28 05:49:42]...

文章 怎么做一张好看的分类学树状图

...分类学组成信息可视化软件——GraPhlAn，用它生成的图会更好看哦！ GraPhlAn 安装 首先，是GraPhlAn 的下载安装。 在linux环境下使用如下命令进行下载： hg clone https://hg@bitbucket.org/nsegata/graphlan 然后将路径添加到bash配置文件中，...

文章 Evolview：制作图例

...号分隔的文本图例下面包括的内容的名称，如“groupa,groupb,groupc”!LegendStyle or !Stylerect or circle or star图例内容前面的形状类型；默认为矩形!LegendColors or !Colors逗号分隔的颜色编码或者名称图例内容前面的形状的颜色，如“'red,gre...

问题 mysql镜像启动问题

...sql cd mysql mkdir log data conf  #下载mysql 官方镜像  #docker pull mysql:5.7 #启动镜像 docker run -p 3399:3306 --name mysql_pasa \ -v $PWD/log:/var/log/mysql \ -v $PWD/data:/var/lib/mysql \ -v $PWD/conf:/etc/mysql \ -e MYSQL_ROOT_PASSWORD=123456 \ -d mysql:5.7 老师，我...

文章 DockerHub镜像无法下载的解决方案

...4年8月30测试可用。Docker镜像加速站设置（linux）sudo mkdir -p /etc/dockersudo tee /etc/docker/daemon.json <<EOF{    "registry-mirrors": [        "https://hub.uuuadc.top",        "https://docker.anyhub.us.kg",        "https://dockerhub.jobcher.com",        "http...