经常会遇到对bed文件或其他相关数据的排序，记录一下如何先按照染色体号排序，然后按照坐标位置排序。 sort -k1,1 -k2n file1 > file2 排序完成后如下：
...源综合平台 https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html 植物比较基因组学资源库 https://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/ 植物比较基因组学数据库 http://www.plantontology.org 集成植物基因组学、表型和遗传学数据的共享型平台...
如题，请教。如何修改assign命令下blast的比对阈值？ qiime1的assign_taxonomy.py命令可以用uclust, blast, sortmerna, rdp等方法比对，同时可以通过修改一些比对的阈值来设置比对的‘门槛’。 但我发现，使用blast方法比对时的阈值，官网...
...易发表的2分以上生物类SCI期刊 鉴于大家经常问生物方向比较好投的期刊， 学霸姐姐就给大家精挑细选整理了一下几个期刊，纯属是自己个人的感觉哈， 话说IF再高一点的期刊，学霸姐姐也没有太多的经验(捂脸哭泣.......) 所...
使用方法： 指定多个基因表达量做多因素cox回归分析，并构建预后模型，以及评估预后模型： $Rscript $scriptdir/multi_cox.r -h usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/multi_cox.r [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...] [...
...片，生成的PDF也是空的，无法打开，想问一下这样的问题如何解决。 这是教程代码运行结果： 这是我电脑上的运行结果： 生成的pdf文件是0k并且无法打开： 代码都是一模一样的，软件也没有报错，但是就是没有输出图片...
TCGA数据下载完成后，运行prepare代码进行数据整理时报错，如图所示，如何解决？谢谢啦！
... 我用我的FPKM均值在MAPMAN上画图。如下 要如何分析每个途径有哪些上调，哪些下调，哪些先上调后下调，哪些先下调后上调？每个去看吗？会不会太主观了？有那么多个途径。求指教，或者能不能分享下经典的用MA...
...同学科领域期刊的影响因子差异很大，仅凭IF不能直观地比较不同领域的期刊。 于是，把同一学科领域的期刊，按IF大到小做排序后，划分入不同区域。 那么，只要是某领域1区的期刊，就是该领域的顶级刊物，直观反映该刊在...
...Cellular Component，细胞组分 在这三个大分支下面又分很多小层级（level），level级别数字越大，功能描述越细致。最顶层的三大分支视为level 1，之后的分级依次为level 2，level 3，level 4依次类推。通过GO注释，可以大致了解某个物种...
...以看到，gene ID与mRNA ID不一致。所以这样就造成后续分析比较困难，比如分析到“去除重复的hmmer搜索的转录本ID”这一步就难进行下去。所以，请问老师，遇到这种问题怎么解决？ 另外，我发现鸭的基因组也存在同样的问题。 ...
...mes_angle=45, #调节热图角度 hjust =1, #调整热图标签位置，解决文字与热图重叠问题。 ) pdf(file=paste(opt$outdir,"/",opt$name,".pdf",sep=""), height=opt$height, width=opt$width) print(p1) dev.off() 3.热图文件：m...
R语言中如何依据rainbow取色？ rainbow()可以获取彩虹色板 rainbow(n, s = 1, v = 1, start = 0, end = max(1, n - 1)/n, alpha = 1) 例如，基于彩虹色渐变获取10个颜色,依次由red、yellow、green、cyan、green、blue 、magenta等顺序细化而成： > rainbow(10)...
...偏差。稳态下的 mRNA 水平近似于: 在假定稳态状态下线性回归模型的上下分位数。这种简化方式主要基于两个基本假设: 跨基因的共同剪接率和数据中待反映稳态 mRNA 水平。当细胞转录不符合上述假设时，就可能导致速度估计和...
...表，做好高级个性化分析发表高分1区不是梦！T2T基因组/比较基因组/泛基因组分析学习链接：T2T基因组组装与注释分析；动植物泛基因组分析 ；比较基因组分析 4. 群体重测序遗传进化分析+GWAS文章，篇篇10+分，缩短分析周期，...