...定义，红荧光代表处理组，绿荧光代表对照组，且M值=log2（R/G），能够看出该基因在该样本的上下调情况，即负值代表下调，正值代表上调。而似乎做差异表达分析的数据不该出现负值。因此，通过对raw文件的处理，得到了红绿...
...是进行Venn图绘制的 R包，最多能够绘制五组数据，其中一个主要的绘图函数为venn.diagram() 针对该参数相关的参数调整，可以直接对Venn图的颜色字体等多主题进行修改。而其绘图数据，也就是venn.diagram() 对应的数据是一个list向量...
... 指各基因效应值与其加性效应值的离差，亦即基因型值(G)与其加性效应值(D)的差。又叫显性高差，以H表示，即H=G-D(设上位性效应I=0)。其值可为正数或负数，大小取决于群体中的基因频率，并是各位点内显性值的总和。 LOD score...
...it 命令：$ exit $ docker commit eafd9111ada6 omicsclass/rnaseq:v1.1.1 b1829eb2e483c9d353dd8cd21da9bf2f530bd38ccf5a95e08944a887ec856e99命令中，指定了要提交的修改过的容器的ID、目标镜像仓库、镜像名。commit提交的知识创建容器的镜像与容器的当前状态之...
我们进行kegg富集分析之后，除了会得到差异基因和KO编号对应的KOlist信息，还会拿到kegg pathway map的信息，分为html和png的结果展示，大概是这样的结果： 一般来说我们最好检查一下，这里面涉及到得基因和我们的差异基因是不...
...all_kaks之后，下一步该绘制kaks密度分布图，使用脚本Rscript /work/scripts/kaks_plot.r -i all_kaks -p kaks --xlab ka/ks --min 0.05 --max 3 -H 10，之后会提示如下错误， 尝试安装包时候出现错误# 设置C99标准并重新安装所有必要包 CFLAGS="-std=gnu99" CXX...
建树命令：iqtree2 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -m TEST -B 1000 -bnni -alrt 1000 --prefix iqtree 出现了下面这个警告，说我的文件中含有蛋白序列可是我的文件是使用run_pipeline.pl将vcf.gz文件转换为.phy文件的，里面是应该只包含蛋白序列的我疑...
...的程序界面。目前已做了更换了浏览器处理（由原来的edge换为了google浏览器，依然无果），目前电脑配置算是良好，内存16G, amd，i7处理器，win11系统，联想笔记本R9000X 2021R。
...甚至有的应用部署也必须要免密登录远程主机，例如hadoop环境搭建。 免密登录，需要先在本机生成公钥，然后将公钥拷贝到远程主机，拷贝的过程，既可以手动（在远程主机根目录下创建.ssh目录，然后将公钥存入该目录下author...
今天介绍一个植物的转录因子调控的综合性分析网站PlantRegMap，该网站的功能非常的强大，其主要功能包括如下： 1. 植物转录因子预测 输入蛋白序列或者核酸序列即可对是否是转录因子进行预测，如果是转录因子，会对...
...速找出所有细胞类型的差异/Marker基因，执行代码后（Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \ -p FindAllMarkers --test.use DESeq2 --logfc.threshold 0.25 ）报错，想请教老师是哪里出现了问题，应该怎...
一、下载、安装Unicycler 地址：https://github.com/rrwick/Unicycler 使用git安装或者源码安装 git clone https://github.com/rrwick/Unicycler.gitcd Unicyclermake 注意：需要自行安装依赖软件：spades、racon、pilon、bowtie2、blast、samtools、java、bcftools 二...
...术中最核心，最基础的技术，而细胞因子的添加，则是整个细胞培养过程中的重要环节，如何选择正确、优质、可靠的细胞因子对后续实验，如肿瘤、免疫、干细胞等相关研究都至关重要。 特别是如今干细胞治疗、CAR-T细胞治...
首先请看： “一个对延毕一年没有信心以至于想要“连续包年”的博士生↓↓↓” 图：来源于微博@PITD亚洲虐待博士组织 博士们有多难? 本来只想安安静静地拿个学位，没想到还没毕业，就已被虐的遍体鳞伤...... 读博的辛...