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问题 用hisat2软件建立index为什么要先制作splicesites.tsv和exons.tsv文件

老师给的命令 hisat2_extract_splice_sites.py chr22_with_ERCC92.gtf > splicesites.tsvhisat2_extract_exons.py chr22_with_ERCC92.gtf > exons.tsvhisat2-build -p 8 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv chr22_with_ERCC92.fa chr22_with_ERCC92 请问这样比直接 hisat2-build好在什么...

问题 tassel报错，[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - 0，软件运行有些表型数据时无问题，但大部分表型数据运行时出现该错误

[Thread-9] INFO net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Starting net.maizegenetics.analysis.filter.FilterTaxaBuilderPlugin: time: Feb 16, 2024 15:09:50 [Thread-9] INFO net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin -  FilterTaxaBuilderPlugin Parameters filterName: Filter minNotMissing: 0.0 mi...

文章 Sci-hub一键下载文献-真香！内有详细设置教程！

...2、安装谷歌访问助手，这个插件安装成功之后可以让你更好的使用谷歌浏览器，同时可以正常的使用谷歌学术搜索文献。安装方法可以参考我们之前的文章《谷歌学术搜索可以用了！》（此处可以点击）；3、安装tampermonkey（俗...

文章 deseq_analysis.r 差异基因分析DESeq2

使用方法: $Rscript $scriptdir/deseq_analysis.r -h usage: /work/my_stad_immu/scripts/deseq_analysis.r [-h] -i filepath -m filepath -t treatname --control CONTROL --case ...

文章 简述一代、二代、三代测序技术在应用上的区别

...，让人类第一次能够直接探索生物体的本质差异，放到整个科学史上也是极其重要的事件！ 现如今，成本越来越低，测序已经走进了寻常生物实验室，成为了一种基础技术。但很多人还是分不清各种测序技术的区别和应用场景...

文章 常见的OrgDB包，方便对应物种注释

列举了19个OrgDB，物种对应的全基因组注释R包，方便根据EntreZ进行基因的注释分析等等 物种 OrgDB 按蚊（Anopheles） org.Ag.eg.db 拟南芥（Arabidopsis） org.At.tair.db 牛（Brovine) org.Bt.eg.db 蠕虫（Worm） org.Ce.eg.db 犬（Canine） or...

文章 make Cladogram with microbiomemarker

...R包用于绘制Cladogram，直接附上代码： if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) { install.packages("BiocManager") } ​ BiocManager::install("microbiomeMarker") ​ library(microbiomeMarker) library(ggplot2) ​ #方便起见，直接使用该包自带的数据，构建...

文章 SCI文章投稿各阶段的电子邮件模板合集

...见回答，切忌一定不能有遗漏 针对不同的问题有下列几个礼貌术语可适当用用： We are very sorry for our negligence of ……... We are very sorry for our incorrect writing ……... It is really true as Reviewer suggested that…… We have made correction according...

问题 win10专业版是已激活的正版（见图1）却没有hyper-v选项（见图2），使用代码（见如下文本）进行重新安装也显示找不到文件（见图3）

pushd "%~dp0"dir /b %SystemRoot%\servicing\Packages\*Hyper-V*.mum >hyper-v.txtfor /f %%i in ('findstr /i . hyper-v.txt 2^>nul') do dism /online /norestart /add-package:"%SystemRoot%\servicing\Packages\%%i"del hyper-v.txtDism /online /enable-feature /featurename:Microsoft-Hyper-V-All /LimitAc...

文章 单细胞分析绘制marker基因展示图时如何设置细胞排布顺序

...A1" ,"CD8A", "FCGR3A", "MS4A7" ,    "GNLY", "NKG7", "FCER1A" ,"CST3" ,"PPBP" )#设置自己喜欢的细胞排布顺序celltype_order<-c("CD14+ Mono", "FCGR3A+ Mono",     "CD4+ Naive T", "CD4+ Memory T" ,"CD8+ T" ,     "B", "NK", "T activated", "Platelet", "pDC", "mDC")#设置需要显...

问题 使用circos对共线性结果进行美化，染色体的标签名字发生重叠，调整了参数也不起效，该如何调整？

...制设置 fill=yes #是否填充颜色 label_font=default label_parallel=yes label_radius=dims(image,radius)-60p label_size=45 radius=0.5r #设置半径，以免基因名称过长超出显示范围 show_label=yes <spacing&gt; default=0.005r </spacing&gt; ...

文章 fastqc质控报告查看

... 2.Basic Statistics Filename:文件名 File type: 文件类型 Encoding：测序平台的版本和相应的编码版本号 Total Sequences: total reads的数量 Sequence length: 测序长度 %GC: GC含量，表示整体序列的GC含量，由于二代测序GC偏好性高，且深度越高，...

文章 clusterProfiler非模式物种 KEGG与GO富集分析

...需要去GO下载GO的obo文件,这里我使用go-basic.obo然后我写了个脚本可以把obo文件解析为如下格式： http://purl.obolibrary.org/obo/go/go-basic.obo GO DESC CLASS GO:0000001 mitochondrion inheritance biological_process GO:0000007 low-affinity zinc ion transm...

问题 MUMmer共线性分析报错suffix tree construction failed: textlen=712946597 larger than maximal textlen=536870908

$ nucmer -maxmatch -c 100 -p nucmer ../reference.fasta ../query.fa 1: PREPARING DATA 2,3: RUNNING mummer AND CREATING CLUSTERS # reading input file "nucmer.ntref" of length 712946597 # construct suffix tree for sequence of length 712946597 # (maximum reference length is 536870908) # (maximum query l...

问题 在docker中用cleandata与宿主序列比对得到sam文件这一步出现错误，

输入的命令是for i in `tail -n+2 $datafile/metadata.txt|cut -f1`;do bowtie2 --threads 6 \ -x $host_index/Canis_lupus/wolf \ -1 $workdir/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_1.fastq \ -2 $workdir/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_2.fastq \ -S $workdir/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}.bowtie.sam \ --v...