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文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-头颈癌（HNSCC）(GSE181919)

...A1，它与 CD44+ 恶性细胞相互作用，促进 HNSCC 进展。 CD4+FOXP3+调节性T细胞在白斑中扩增并在胶原刺激下表达LAIR2，这可能为肿瘤进展提供有利的微环境。总之，基质和免疫细胞相互作用在 HNSCC 的逐步进展中发挥着关键作用，我们...

文章 什么是MD5

...orithm），一种被广泛使用的密码散列函数，可以产生出一个128位（16字节）的散列值（hash value），用于确保信息传输完整一致。MD5由美国密码学家罗纳德·李维斯特（Ronald Linn Rivest）设计，于1992年公开，用以取代MD4算法。 应用...

文章 hisat2-build报错：Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)

...建索引时遇到如下报错： Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)Command: hisat2-build --wrapper basic-0 -p 8 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv Mus_musculus_c57bl6nj.C57BL_6NJ_v1.dna.toplevel.fa Mus_musculus_c57bl6nj.C57BL_6NJ_v1.dna.toplevelDeleting "Mus_musculus_c57bl6nj.C57...

文章 seurat_sc_cluster.r 脚本使用帮助：

$Rscript scripts/seurat_sc_qc.r -husage: scripts/seurat_sc_qc.r [-h] [-i count] [--sep sep] [-d data.dir]                              [--gene.column gene.column] [--rds rds]                              [--project project]                              [-...

文章 当了项目经理,你才知道的10件事！

项目经理是个"坑"，谁当谁知道啊，可是没当过项目经理的你们，永远也不知道"坑"在哪里。 1、当了项目经理，你才知道，还是做技术的时候最简单。 因为技术的不确定性最小，业务和管理的不确定性太多，不确定性就意味着...

问题 进行宏基因组分析组装这一部分，比对 reads，生成未比对 BAM 文件时很慢

运行了这个代码minimap2 -t 12 -ax sr \   /work/demo/4.assemble/megahit/${i}/${i}.contigs.fa.min \   /work/demo/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_1.fastq \   /work/demo/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_2.fastq \ | samtools view -@ 12 -b -f 12 -o /work/demo/4.assemble/megahit/${i}/${i}_unm...

文章 wget下载文件失败，或者是空的解决办法

...发送请求时有一行显示HTTP request sent, awaiting response... 302 Object moved然后直接重定向到网站的首页，下下来的就是网站首页的页面了。 所以在服务器端确实有限制，所以我们需要在 http 请求头上做点手脚，来模仿浏览器。 我们来...

问题 安装docker 进行16S分析物种注释过程很慢

...-338f-806r-classifier.qza \       --i-reads $workdir/2.feature_table/repset-seqs.qza \       --p-n-jobs 2 \       --o-classification taxonomy.qza这个过程中非常缓慢，我想询问这个要多久啊？另外在另一台电脑上我明明给予了足够多的内存命令还是被ki...

文章 edger_analysis.r 差异基因分析edgeR

使用方法: $Rscript $scriptdir/edger_analysis.r -h usage: /work/my_stad_immu/scripts/edger_analysis.r [-h] -i filepath -m filepath -t treatname --control CONTROL --case ...

文章 基因家族的定义和形成方式（加倍与扩张）

...族定义： 基因家族（英语：Gene family），是来源于同一个祖先，由一个基因通过基因重复而产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因，它们在结构和功能上具有明显的相似性，编码相似的蛋白质产物 A gene family is a set of several ...

文章 生物专业很惨？这位生物学家被诺奖提名155次，从未获奖!

...最最关注的奖项都已经都出炉了， 你们最关注的的是哪个奖项呢？ 虽然诺贝尔奖每年都会颁发生理学或医学奖， 但是不可否认的是，在我国，大名鼎鼎的文学家、化学家，物理学家或许你能说出一二， 但是，生物学家似...

文章 技术贴-agriGO简单好用的GO富集网站来一个！

agriGO（http://bioinfo.cau.edu.cn/agriGO/index.php）是一个主要针对植物类以及部分动物的GO分析网站，此外，网站还涉及物种相关的数据可供用户下载。而用户选择的分析包括Singular Enrichment Analysis (SEA)、 PAGE (Parametric Analysis of Gene set Enrich...

文章 ascp 高速下载NCBI各种数据库中的数据（SRA NR NT 分类数据库，）

NR NT 数据库： #wget -c https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/livelists/gi2acc_mapping/gi2acc_lmdb.db.gz#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/livelists/gi2acc_mapping/gi2accession.py#wget -c https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/...

文章 blast批量注释输出结果指定需要的列信息

makeblastdb -in PlantTFDB-all_TF_pep.fas  -dbtype prot -title PlantTFDB-all_TF_pep.fas#提取基因列表对应的蛋白序列：python $scriptdir/get_fa_by_id.py  -i ../7.all_enrich/gene.list \  -f ../7.all_enrich/pep.fa -p query#转录因子blastp注释blastp -query query.fa -db Ath_pep.fas  -...

文章 解读：2019年度高被引科学家名单透漏出哪些信息？

...“高被引科学家”名单，在这份名单中，涵盖了全球近60个国家的6216人次的高被引科学家。我们先一起来看看全球排名前10的名单：图：来源于科睿唯安现在问题来了，到底什么是“高被引科学家”?简而言之，就是这些科学家们...