问题 vcftools 过滤等位基因。 老师，用的同样是vcftools过滤indel snp后生成的vcf.gz，然后进行等位基因过滤，生成文件很小是为啥啊，我看过滤条件也不严格啊

vcf.gz是1.5G，等位基因过滤生成个900多B的文件，感觉不是想要的东西

问题 WGCNA的样品不少于15个，15个样品考虑重复吗？

文章 很大的压缩文件计算行数

这个其实很多办法都可以做到，基本就是靠zcat后接awk，sed，或者wc命令，不过速度差强人意，比如这个 awk应该是这几个里最快的，但一个3个G左右的文件仍然运行了接近2分钟，考虑到还有几个30个G的文件需要测 磨刀不误砍柴...

文章 sankey_plot.r绘制桑基图

使用方法: usage: script/sankey_plot.r [-h] -i input -g group [group ...] -c color [-o outdir] [-p prefix] [-H height] [-W width] Sankey plot drawing optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i input, --input input ...

文章 群体遗传进化PCA分析

#方法1： ## plink分析PCA plink --vcf  $workdir/00.filter/clean.sorted.vcf.gz --pca 10 --out  plink_pca   \     --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:#    --vcf-half-call missing #绘图 pca_plink_plot.r -i plink_pca.eigenvec -f $GROUP -g group --name plink_pca #方...

问题 SeparateChromosomes2划分连锁群不合理怎么解决

...析的群体是果树的F1，具有25条染色体，因此我想要分成25个连锁群。利用zcat p.call.gz | java -cp /mnt/e/QTL/20240813HLVCF/my_genetic_map/01.PrepareData/Lep-MAP/bin SeparateChromosomes2 sizeLimit=30 numThreads=10 data=-  lodLimit=$lod usePhysical=1  0.000000000001 > LOD....

文章 生存分析的Cox回归模型(比例风险模型)R语言实现及结果解读

...来说，它们可能有所不同。似然比检验对于小样本量具有更好的表现，所以通常是优选的。 批量单变量cox分析 covariates <- c("age", "sex",  "ph.karno", "ph.ecog", "wt.loss")univ_formulas <- sapply(covariates,                        functi...

文章 miRNA合成以及miRNA命名

        MicroRNA （miRNA） 是一类内生的、长度约为20-24个核苷酸的小RNA，其在细胞内具有多种重要的调节作用。每个miRNA可以有多个靶基因，而几个miRNA也可以调节同一个基因。这种复杂的调节网络既可以通过一个miRNA来调控多个...

文章 生物导航——专为生命科学工作者定制的浏览器首页！

...（可发邮箱至tech@biomics.com.cn），以让生物导航变成一个更好用的网站！

问题 绘制PAV热图时，一个品系缺失，26个品系只有25个品系被画出来

文章 8.28接收-毛竹bHLH基因家族分析文章解读及原文献下载

...据，根据Pfam数据库中Hidden Markov Model (HMM)，一共鉴定到137个bHLH基因候选基因。 2. 构建系统发育树和bHLH家族基因选择压力分析（Ka/Ks计算） 作者选择拟南芥144个, 作者选择拟南芥144个, 水稻167个和毛竹中鉴定到的137 个bHLH家族基...

文章 免疫 侵润 分析 ESTIMATE分析

...质细胞和免疫细胞的水平和估计的肿瘤纯度。整合来自6个平台的表达数据，共10412个常见基因，经过筛选得到Stromal signature(141 genes)和Immune signature(141 genes)。基于ssGSEA方法计算Stromal score/Immune score和Estimate score。 (1) stromal score基...

文章 ggplot2 笛卡尔坐标系x、y轴互换

利用ggplot2进行x、y坐标轴互换只需借助coord_flip()即可，譬如，以ggplot2绘图代码 https://www.omicsclass.com/article/92   为例，添加一个坐标互换函数，实现互换 library('ggplot2')library('reshape2')A = c("A","B","C","D","E")B = c(90,34,56,99,15)C = c(5...

问题 A基因家族的家族成员一共25个，但是23个成员是一个domain，只有是两个domain,这种情况，比较这个基因家族里面不同成员的蛋白全长是不是不合适？不容易得到25个成员的全蛋白进化树？

文章 Cox与KM生存分析及结果解读

...来说，它们可能有所不同。似然比检验对于小样本量具有更好的表现，所以通常是优选的。 2.多变量Cox回归 要一次性将单变量coxph函数应用于多个协变量，请输入： res.cox <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex + ph.ecog, data =...