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文章 R语言基础入门—循环

...做相同事情(即迭代),如对不同列做相同操作、对不同数据集做相同操作。循环语句允许我们多次执行一个语句或语句组,下面是大多数编程语言中循环语句的流程图: R 语言提供的循环类型有: repeat 循环while 循环for 循环 R...

文章 合并不同sample的vcf文件,通过bcftools

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 ANNOVAR注释变异VCF结果说明

.../)(Wang K et al.2010)软件对 SNP 进行注释,其中包括 dbSNP 数据库、千人基因组计划和其他已有的数据库的注释信息,注释内容涵盖变异的位置信息,类型,保守型预测等。 注释之后会得到一个表格文件解释如下,更多数据库解...

问题 我做有参转录组数据分析,一共有30个样,每个样有3个重复。在做比对这一步时,我发现30个样中,有两个样,它们各有一个重复的比对率只有50%,而其他的样比对率均有80%以上,请问这样会对实验结果有影响吗?

问题 各位老师好,我在用R做生存分析时,读取了下载好的临床数据后(TCGA的),提取病人编号,死亡时间等信息时报错“Can't find columns”,我对R的掌握实在过于疏浅,想请教老师们是否曾遇见过类似问题,如何解决呢?以下是问题截图

问题 Admixture算STRUCTURE,出来的CV erro值随着K增大而递增是怎么回事,算了好几组数据都这样

老师您好,我算了五组数据,结果的CV值都随着K增大而递增,用的是群体遗传进化课程中docker的代码,如下: workdir=/work #设置工作路径 refdir=$workdir/ref datadir=$workdir/data scriptdir=$workdir/scripts export PATH=$scriptdir:$PATH GROUP=$datadi...

文章 bio-linux安装包下载链接

... 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章,沟通不畅的个性化分析,求人不如求己,一切痛点都能解决: 1. 单细胞/空间转录组正在大火,高分文章必备,0基础学单细胞/空间转录组分析,...

问题 R语言绘制数据地图中使用tmap程序包绘制的时候,想对图例的字体格式进行修改,不知该用什么参数,求大神指教!

我在用您发的tmap绘制数据地图的时候遇到问题:当我在写文章的时候,想改一下绘制地图上的图例的字体的格式,如下图,里面图例的格式及字体的大小,不知图和修改,发现里面并没有修改字体格式的参数。在下面用粗体描...

文章 机器学习文章套路-预测土壤枯萎病-ISME IF=9

...特征,有望能为更好地防控土传枯萎病提供解决方案。 数据收集 作者收集了世界上公开发表的大部分有关镰刀菌枯萎病相关的土壤微生物测序研究(1500多个土壤样本,包括真菌,细菌等),并展示了这些研究主要的分布,发...

文章 BSA分析之MutMap分析原理详解!

...,下一期将给大家介绍MutMap+,敬请期待! 基因组重测序数据分析视频课程: https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ 或者扫码二维码:

问题 动植物泛基因组分析:03.gene_family_pav 分析自己的数据时,运行命令Rscript $scriptsdir/core_pan_gene_curve.r -i Orthogroups_PAV.tsv --prefix core_pan_curve 出现以下报错信息

运行终止后,生成的结果文件如下

文章 外显子测序解析卵巢早衰的遗传因素

...llumina HiSeq 2500 平台PE100进行测序,平均每个样品产生14G的数据,详情见下表: 变异检测 测序后的数据利用BWA version 0.7.3a MEM比对到人类参考基因组上(GRCh37/hg 19),利用GATK的HaplotypeCaller方法进行变异检测,并对变异信息进行...

文章 stack的利用

Python中可以使用栈(stack)数据结构来分析数据。下面是一个使用栈来判断一个字符串中的括号是否匹配的例子: def is_matching_parentheses(string): stack = [] for char in string: if char == '(': stack.append(char) elif char ...

文章 微生物多样性16S计算物种累计曲线

R语言 vegan包计算物种累计曲线 vegan 包是进行群落数据分析最常用的R包,其中的 specaccum 函数用来计算物种的累计曲线。输入数据,otutable:列表示不同的物种,行表示不同的采样点,中间的数字代表物种丰度:示例代码:require(v...

文章 癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)计划简介

...定和DNA测序技术,制定样品处理的规范和质控标准,提高数据分析的精确性和评估数据的效用。在计划后期,预计可以完成目前所发现的200多种类型癌症和肿瘤的基因图谱。 TCGA试验项目的大致安排是这样的:人类癌症生物标本...