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文章 GeneDoc绘制漂亮的多重序列比对图

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 BSA分析之MutMap分析原理详解!

...,下一期将给大家介绍MutMap+,敬请期待! 基因组重测序数据分析视频课程: https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ 或者扫码二维码:

问题 老师您好,在您的课程《基因组重测序数据分析实操课程》中:变异结果注释ANNOVAR,在运行table_annovar.pl 如何解决报错:Died at /data/home/sft/pkg/annovar/coding_change.pl line 677

老师您好:下面是命令行和输入文件格式 命令行及具体报错信息: 输入文件格式:

文章 R语言ggplot绘图基础—密度图的绘制

密度图是直方图的平滑版本,用于计算并绘制数据的核密度估计,能够更好的界定分布的形状。使用geom_density函数可以绘制密度图。 绘制密度图 使用数据如下: set.seed(1234) df <- data.frame( sex=factor(rep(c("F", "M"), each=200)), weig...

问题 老师您好,如何将TCGA中下载的CNV数据:GDC_Aliquot转为Hugo_Symbol, Segment_Mean转变为拷贝数变异的5个离散值(0:无变化 1:拷贝数增加 2:高水平扩增 -2:纯合性缺失 -1:半合子缺失)。如下图所示

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问题 请老师推荐一个课程

学生想用SRA数据,像GEO数据那样做差异基因分析,求老师推荐一个课程

文章 R语言基础入门—循环

...做相同事情(即迭代),如对不同列做相同操作、对不同数据集做相同操作。循环语句允许我们多次执行一个语句或语句组,下面是大多数编程语言中循环语句的流程图: R 语言提供的循环类型有: repeat 循环while 循环for 循环 R...

文章 合并不同sample的vcf文件,通过bcftools

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 ANNOVAR注释变异VCF结果说明

.../)(Wang K et al.2010)软件对 SNP 进行注释,其中包括 dbSNP 数据库、千人基因组计划和其他已有的数据库的注释信息,注释内容涵盖变异的位置信息,类型,保守型预测等。 注释之后会得到一个表格文件解释如下,更多数据库解...

问题 我做有参转录组数据分析,一共有30个样,每个样有3个重复。在做比对这一步时,我发现30个样中,有两个样,它们各有一个重复的比对率只有50%,而其他的样比对率均有80%以上,请问这样会对实验结果有影响吗?

问题 各位老师好,我在用R做生存分析时,读取了下载好的临床数据后(TCGA的),提取病人编号,死亡时间等信息时报错“Can't find columns”,我对R的掌握实在过于疏浅,想请教老师们是否曾遇见过类似问题,如何解决呢?以下是问题截图

问题 Admixture算STRUCTURE,出来的CV erro值随着K增大而递增是怎么回事,算了好几组数据都这样

老师您好,我算了五组数据,结果的CV值都随着K增大而递增,用的是群体遗传进化课程中docker的代码,如下: workdir=/work #设置工作路径 refdir=$workdir/ref datadir=$workdir/data scriptdir=$workdir/scripts export PATH=$scriptdir:$PATH GROUP=$datadi...

文章 机器学习文章套路-预测土壤枯萎病-ISME IF=9

...特征,有望能为更好地防控土传枯萎病提供解决方案。 数据收集 作者收集了世界上公开发表的大部分有关镰刀菌枯萎病相关的土壤微生物测序研究(1500多个土壤样本,包括真菌,细菌等),并展示了这些研究主要的分布,发...

问题 R语言绘制数据地图中使用tmap程序包绘制的时候,想对图例的字体格式进行修改,不知该用什么参数,求大神指教!

我在用您发的tmap绘制数据地图的时候遇到问题:当我在写文章的时候,想改一下绘制地图上的图例的字体的格式,如下图,里面图例的格式及字体的大小,不知图和修改,发现里面并没有修改字体格式的参数。在下面用粗体描...

文章 bio-linux安装包下载链接

... 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章,沟通不畅的个性化分析,求人不如求己,一切痛点都能解决: 1. 单细胞/空间转录组正在大火,高分文章必备,0基础学单细胞/空间转录组分析,...