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文章 华科研究生跳楼自杀!导师的压榨有多可怕?

今日,学霸姐姐在刷微博的时候,看到了一热搜“华中科技大学研究生”,本以为又是开学季新学年新气象,然而没想到,这是一沉重的悲剧。事情是这样的:9月2日,华中科技大学计算机专业的一名2016级研究生陈某跳楼自...

文章 当了项目经理,你才知道的10件事!

项目经理是"坑",谁当谁知道啊,可是没当过项目经理的你们,永远也不知道"坑"在哪里。 1、当了项目经理,你才知道,还是做技术的时候最简单。 因为技术的不确定性最小,业务和管理的不确定性太多,不确定性就意味着...

问题 安装docker 进行16S分析物种注释过程很慢

...-338f-806r-classifier.qza \       --i-reads $workdir/2.feature_table/repset-seqs.qza \       --p-n-jobs 2 \       --o-classification taxonomy.qza这过程中非常缓慢,我想询问这要多久啊?另外在另一台电脑上我明明给予了足够多的内存命令还是被ki...

文章 tar 多线程加速打包速度

...器,2G文件用了不到1分钟 tar --use-compress-program=pigz -cvpf b.tar.gz ./* top看到系统CPU使用率是390%+ 解压测试:41G 的文件,4核的机器,内存16G tar --use-compress-program=pigz -xvpf hs_sale_1126.tar.gz top命令看到CPU使用率没有压缩的时候那么...

文章 edger_analysis.r 差异基因分析edgeR

使用方法: $Rscript $scriptdir/edger_analysis.r -h usage: /work/my_stad_immu/scripts/edger_analysis.r [-h] -i filepath -m filepath -t treatname --control CONTROL --case ...

问题 安捷伦Agilent双通道文件,如何做差异分析?是否直接用红荧光的数据就可以跟单通道文件一样处理吗

...定义,红荧光代表处理组,绿荧光代表对照组,且M值=log2(R/G),能够看出该基因在该样本的上下调情况,即负值代表下调,正值代表上调。而似乎做差异表达分析的数据不该出现负值。因此,通过对raw文件的处理,得到了红绿...

文章 wget下载文件失败,或者是空的解决办法

...发送请求时有一行显示HTTP request sent, awaiting response... 302 Object moved然后直接重定向到网站的首页,下下来的就是网站首页的页面了。 所以在服务器端确实有限制,所以我们需要在 http 请求头上做点手脚,来模仿浏览器。 我们来...

文章 遗传图谱构建及QTL定位的基础知识点

... 指各基因效应值与其加性效应值的离差,亦即基因型值(G)与其加性效应值(D)的差。又叫显性高差,以H表示,即H=G-D(设上位性效应I=0)。其值可为正数或负数,大小取决于群体中的基因频率,并是各位点内显性值的总和。 LOD score...

文章 blast批量注释输出结果指定需要的列信息

makeblastdb -in PlantTFDB-all_TF_pep.fas  -dbtype prot -title PlantTFDB-all_TF_pep.fas#提取基因列表对应的蛋白序列:python $scriptdir/get_fa_by_id.py  -i ../7.all_enrich/gene.list \  -f ../7.all_enrich/pep.fa -p query#转录因子blastp注释blastp -query query.fa -db Ath_pep.fas  -...

文章 ascp 高速下载NCBI各种数据库中的数据(SRA NR NT 分类数据库,)

NR NT 数据库: #wget -c https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/livelists/gi2acc_mapping/gi2acc_lmdb.db.gz#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/livelists/gi2acc_mapping/gi2accession.py#wget -c https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/...

文章 基因家族的定义和形成方式(加倍与扩张)

...族定义: 基因家族(英语:Gene family),是来源于同一祖先,由一基因通过基因重复而产生两或更多的拷贝而构成的一组基因,它们在结构和功能上具有明显的相似性,编码相似的蛋白质产物 A gene family is a set of several ...

文章 什么是MD5

...orithm),一种被广泛使用的密码散列函数,可以产生出一128位(16字节)的散列值(hash value),用于确保信息传输完整一致。MD5由美国密码学家罗纳德·李维斯特(Ronald Linn Rivest)设计,于1992年公开,用以取代MD4算法。 应用...

文章 生物专业很惨?这位生物学家被诺奖提名155次,从未获奖!

...最最关注的奖项都已经都出炉了, 你们最关注的的是哪奖项呢? 虽然诺贝尔奖每年都会颁发生理学或医学奖, 但是不可否认的是,在我国,大名鼎鼎的文学家、化学家,物理学家或许你能说出一二, 但是,生物学家似...

文章 检查kegg的map是否能和差异基因对上

我们进行kegg富集分析之后,除了会得到差异基因和KO编号对应的KOlist信息,还会拿到kegg pathway map的信息,分为html和png的结果展示,大概是这样的结果: 一般来说我们最好检查一下,这里面涉及到得基因和我们的差异基因是不...

文章 技术贴-agriGO简单好用的GO富集网站来一

agriGO(http://bioinfo.cau.edu.cn/agriGO/index.php)是一主要针对植物类以及部分动物的GO分析网站,此外,网站还涉及物种相关的数据可供用户下载。而用户选择的分析包括Singular Enrichment Analysis (SEA)、 PAGE (Parametric Analysis of Gene set Enrich...