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文章 Graphpad Prism绘制分组直方图

...列数据个数。 2.如图所示，填写表格数据。数据分A、B两组，每一行为一项数据。 3.点击"Graphs" 中的 "Data 1" 展示结果图。 还可以选择其他形式的分组直方图： （1） （2） 此外，我们在网易云课堂上...

问题 转录组自主分析map出现问题

...rts[] array: 1010748, 1017096Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)Command: /biosoft/hisat2-2.1.0/hisat2-align-s --wrapper basic-0 -p 1 --rg-id=SRR5710698 --rg SM:SRR5710698 --rg LB:SRR5710698 --rg PL:ILLUMINA -x /work/ref/Bamboo.HIC.genome --dta --rna-strandness ...

文章 SignalP：信号肽预测工具

...务器提供的是SignalP 5.0版本。在线服务器网址：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ A．序列输入方式： 有两种方式：一种是直接输入FASTA格式的氨基酸序列，可以是一条也可以是多条；另一种是本地上传包含含有FASTA格式序列的文...

文章 脱发、失眠、焦虑、不敢玩、不敢休息......考研人太南了!

...直就是最焦虑的一群人， 　　头发一抓掉一把不说，过个双11都是提心吊胆的，不敢玩儿命刷淘宝、不敢休息、不敢浪，稍微放松玩一下，心中又满满的罪恶感。 　　颜值、发量、体重.....全面崩盘 　　之前有谣言说一旦开...

文章 计算Kaks时批量提取多对基因的序列

...以，可如果串联重复基因太多就有些麻烦了。这里提供一个批量提取串联重复基因序列的脚本，可以将每组串联重复基因序列提取到单独的文件中。 首先我们需要准备3个文件： 1.串联重复基因对文件。每一行是一对串联重复...

问题 蛋白序列ID和cds序列ID不一致

... 下面是cds序列 下面是gff文件 获取基因与mRNA的对应关系perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt，提取到的ID=Zm00001d027240_T001，而在hmm搜索的结果ID=Zm00001d027240_P001，在去除重复的hmmer搜索的转录本ID时，ID...

问题 宏基因组单独组装后的contigs需要注明来源以构建基因丰度表，混合组装呢

for i in tail -n+2 $datafile/metadata_WRGB.txt|cut -f1 unmap;do sed -r "s/>([^ ]*)/>${i}_\1/g" $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_full.fa > $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_renamed.fa mv -f $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_renamed.fa $workdir/5.pred_cluster/pred_resul...

文章 如何用R语言绘制进化树+热图

...、准备文件： 树文件：nwk格式：tree.nwk 脚本：tree_heatmap_plot.r 脚本代码： #!/usr/bin/env Rscript library(getopt) library(ggtree) library(EBImage) library(ggplot2) library(stringr) library(reshape2) spec <- matrix(c( 'help', 'h', 0, "logi...

文章 非小细胞肺癌（GSE148071）

数据下载： wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE148071&amp;format=file" -O GSE148071_RAW.tartar xvf GSE148071_RAW.tar 数据map.txt 准备： GSM4453576 P1 71 female LUSC advanced GSM4453577 P2 62 male LUAD advanced GSM4453578 P3 67 male LUSC advanced GSM4453579...

文章 教你轻松搞定各种柱状图

...柱状图和图形类型，如下图所示： 2.创建之后会弹出一个表格，将数据输入表格即可，例如我的数据如下： 数据填入表格： 3.最后只需要点击下图红框中Data 1，就会显示出我们想要的柱状图了，软件会自动计算平均值和...

文章 Scanpy数据结构：AnnData

AnnData是python中存储单细胞数据的一种格式 1. AnnData数据结构： 主要包含四个slots：X（数据矩阵）： 存储单细胞数据的核心矩阵，通常是一个二维数组，其中行表示细胞，列表示特征（基因或其他测量值）。obs（观测信息）： ...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-头颈癌（HNSCC）(GSE181919)

...A1，它与 CD44+ 恶性细胞相互作用，促进 HNSCC 进展。 CD4+FOXP3+调节性T细胞在白斑中扩增并在胶原刺激下表达LAIR2，这可能为肿瘤进展提供有利的微环境。总之，基质和免疫细胞相互作用在 HNSCC 的逐步进展中发挥着关键作用，我们...

文章 hisat2-build报错：Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)

...建索引时遇到如下报错： Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)Command: hisat2-build --wrapper basic-0 -p 8 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv Mus_musculus_c57bl6nj.C57BL_6NJ_v1.dna.toplevel.fa Mus_musculus_c57bl6nj.C57BL_6NJ_v1.dna.toplevelDeleting "Mus_musculus_c57bl6nj.C57...

文章 samtools过滤多重比对reads

...滤多重比对reads的命令如下： samtools view -h -q 1 -F 4 -F 256 big.sort.dedup.bam |grep -v XA:Z |grep -v SA:Z |samtools view -b - &gt; big.sort.dedup.unique.bam 其中参数： -q 1：过滤掉比对质量小于1的reads； -F 4：过滤掉没有比对上的reads； -F 256：过滤掉...

文章 seurat_sc_cluster.r 脚本使用帮助：

$Rscript scripts/seurat_sc_qc.r -husage: scripts/seurat_sc_qc.r [-h] [-i count] [--sep sep] [-d data.dir]                              [--gene.column gene.column] [--rds rds]                              [--project project]                              [-...