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问题 sra文件转换为fastq文件

用迅雷在ncbi上下载的.sra格式文件,下载保存在了本地,如何转换为.fastq格式文件?请各位老师同学指点,谢谢!

问题 Cytoscape图片导出的问题

请问老师,我在软件中美化好的图片跟导出的图片不相同应如何解决,1是软件中美化好的图片,2是导出的PDF图片  想要导出后的图片连线为直线 并且没有无效文字的显示

文章 BSA分析之MutMap分析原理详解!

...就是连锁区域。在附近进行候选基因的筛选和排查,可以比较容易找到突变基因。 如何确定突变碱基 作者利用重测序的方法,对野生型品种(Hitomebore)进行重测序,将read比对到参考基因组日本晴(Nipponbare )上,将Hitomebore...

文章 cytoscape软件安装与使用-绘制蛋白互作网络图

...可以得到网络图了: 2.2 网络图修改美化 上面的网络图比较丑,可以做一些修改美化,比如,点的型状颜色,线的颜色等等设置; 整体设置: 更多网络图绘制,展示,编辑,分析技巧见:cytoscape与网络图绘制课程

文章 ImmuCellAI 免疫细胞估算,RNA-seq 和芯片数据

...的反应性。当然,作者还对该方法和其他5种方法进行了比较。结果提示,在预测血液样品和多个数据集来源的数据中,ImmuCellAI的适用范围和准确性均高于其他5种算法。

问题 MEGAX 比对后的gaps删除

老师您好! 现在用MEGAX建树,在比对完成后不能像以前版本的mega,直接手动选中要删除的位置。请问应该如何手动删除gaps?

问题 docker里删除文件夹

老师好,想问下在docker里如何快速删除文件及文件夹?现在删除文件/文件夹总是会提醒是否删除,对了删除文件夹来说,每个文件都要按y,很费劲。

问题 测序文件中提取基因序列

从公共数据库中的下载的二代基因组测序文件(双端测序:.fastq_1,.fastq_2文件),下载后多个样本后,如何从这些测序文件中提取特定某个基因序列信息进行后续分析特异性分析。

文章 Uniprot蛋白数据库介绍及使用详解!

...表,做好高级个性化分析发表高分1区不是梦!T2T基因组/比较基因组/泛基因组分析学习链接:T2T基因组组装与注释分析;动植物泛基因组分析 ;比较基因组分析 4. 群体重测序遗传进化分析+GWAS文章,篇篇10+分,缩短分析周期,...

问题 为什么在Rstudio画图不显示?

WGCNA分析,按照代码输入后,对样品进行层次聚类,代码运行没有问题,就是不显示图片。这个该如何解决?

文章 三代组装软件Flye安装及使用

...后的序列,这个序列错误率应该于3%。如果组装的结果比较碎,可能序列中的错误率比较高,这个时候可以考虑用raw reads。多个contig的一致性序列:使用--subassemblies来输入一系列的组装好的contig序列,这个可以用其他组装程序...

问题 get_promoter.pl 的报错

你好,请问promoter.pl脚本使用时发生上述报错,该如何解决?

问题 下载COAD数据提示列不一致保存不成功

> # 下载数据, 数据比较大,耐心等待 > GDCdownload(query = query, +             directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client') Downloading data for project TCGA-COAD Of the 521 files for download 521 already exist. All samples have been already downloaded ...

问题 docker镜像和bio-linux镜像运行meme是出来的结果motif是否有差别?谢谢老师

问题1,docker镜像和bio-linux镜像运行meme是出来的结果motif是否有差别? 问题2,运行meme时由于文件比较大,将一个文件分成两个文件运行了和一个文件运行出来的结果相同吗? 谢谢老师

文章 biolinux虚拟机安装指南

...物提供的安装包,由于我们额外安装过一些软件,所以包比较大约10G左右;如果百度网盘下载比较慢,可到biolinux官方网站下载,但是很多软件没有安装,地址:http://nebc.nerc.ac.uk/downloads/bio-linux-8-latest.ova 注意:建议下载我们提...