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文章 转录组扫盲系列--reads如何比对到参考基因组上？

...很复杂，但是我觉得测序过程少了解一点对于理解转录组数据影响不是很大，下面有个视频，大家可以了解一下小小的测序芯片方寸之地的波澜壮阔的工程之美：illumina测序原理-组学生物翻译（点此链接观看）。 数据下机后就...

问题 老师您好，我在运行megahit对200多个环境微生物宏基因组数据进行组装时，megahit报错Exit code -9

2025-05-26 07:57:39 - b'INFO  sorting/seq_to_sdbg.cpp       :  191 - Read 65536 reads to search for mercy k-mers' 2025-05-26 08:15:16 - b'INFO  sorting/seq_to_sdbg.cpp       :  191 - Read 65536 reads to search for mercy k-mers' 2025-05-26 08:27:54 - Error occurs, please refer to /data2...

文章 Evolview：设置标签的装饰

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 Rocks集群系统(cluster)的安装与管理维护

... rocks remove host compute-0-0 rocks sync config 删除子节点并更新数据库，必须更新数据库，否则下次添加节点的时候可能会出现问题。 4.强制子节点重启安装 rocks set host pxeboot compute-0-0 action=install rocks set host pxeboot compute-0-0 action=os ...

问题 同一物种不同基因组（已经组装好）之间可以call snp么

最近需要做BSA分析（EMS诱变），有两混池的测序数据，实验室有组装好的野生型和突变体背景基因组。好像ED法只需要混池数据即可，snpindex则还需要亲本数据。我想两种方法结合使用，有这方面的大神嘛

问题 cellchat的netVisual_bubble

...compare这个函数是真的在两组做比较吗？展示在bubbleplot的数据不是原始的prob的值吗？我输入（1，2，3，4），输入四个dataset的话，也是能跑的，展示的数据，看似也是合理的。感觉就是四组各自原始的数据放在一起展示而已。不...

文章 计算RNASeq 的Power值

...统计效能(sample size estimation，样本大小估计)，或者估计在数据集中成功发现统计意义的可能性(power estimation，效能估计)。重复次数不足可能导致结论不可靠，而重复次数过多可能导致时间和资源浪费，因此需要研究者在研究成本...

文章 群体遗传进化名词解释

视频课程推荐：重测序数据自主分析：https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ群体遗传进化分析https://study.163.com/course/introduction/1212073805.htm?share=1&shareId=1030291076 1. 等位基因频率： 等位基因频率是群体遗传学的术语，用来显示一个种群中...

文章 玉米遭受亚洲玉米螟为害时所诱导产生的直接和间接的防御反应及其生理生化和分子机制

...、苯并恶嗪酮类和萜烯类合成相关基因用QRT-PCR对转录组数据准确性进行了验证。关注上调表达基因发现，为害后2h有334个，4h有所减少，但24h时再一次达到高峰。 KEGG注释发现，富集最显著的两个通路是苯基丙氨酸和亚麻酸代谢...

文章 一个助你快速阅读英文文献的小插件

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol时报错。perl脚本。请问perl脚本的问题出在哪？需要怎么修改。最后有perl及需要处理的数据的百度云链接（链接：https://pan.baidu.com/s/1fKim1pGNsU4DDJXcxchplg 提取码：5ls1）

use strict; use warnings; print STDERR "gene symbol column number: "; my $geneSymbolCol=<STDIN>; chomp($geneSymbolCol); $geneSymbolCol--; my $expFile="probeMatrix.txt"; my $gplFile="ann.txt"; my $expFileWF="geneMatrix.txt"; my %hash=(); my @sampleName=(); open(EXP,"$expFile") or d...

问题 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol时报错。perl脚本。请问perl脚本的问题出在哪？需要怎么修改。最后有perl及需要处理的数据的百度云链接（链接：https://pan.baidu.com/s/1fKim1pGNsU4DDJXcxchplg 提取码：5ls1）

use strict;use warnings;print STDERR "gene symbol column number: ";my $geneSymbolCol=<STDIN>;chomp($geneSymbolCol);$geneSymbolCol--;my $expFile="probeMatrix.txt";my $gplFile="ann.txt";my $expFileWF="geneMatrix.txt";my %hash=();my @sampleName=();open(EXP,"$expFile") or die $!; open(PL,"GEOimmun...

文章 水稻根际微生物多样性分析

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 Pacbio三代无参全长转录组(Iso-Seq) 的转录本合并策略

...Cogent的一种分析策略     1.2    也支持一定的序列质量筛选，比如覆盖度等。 2 缺点     2.1 软件运行时间长，速度比较慢。而且Cogent软件的安装比较麻烦     2.2 结果不容易理解：Cogent会对序列先进行聚类划分，之后对序列...

文章 NCBI基因组数据格式修改

绝大数生信分析都要用到参考基因组数据，但有些基因组的数据会让人十分头疼，例如NCBI上的基因组数据。 其gff文件是这样的： 什么基因ID、染色体编号都是有自己命名规则的，跟我们通常用到的完全不一样。遇到这种情...