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问题 获取选择区域的基因

...为候选区域，筛选区域里面的基因为例 #合并区域 新版bedtools 不允许bed文件有表头 2023.11.1 sed '1d' fst_pi_ROD/Fst.wild.cultivated_selected_region_top0.05.txt | bedtools merge -i - >fst_top0.5_selected_region.txt #gff中获取基因位置 awk '$3=="gene"' $GFF >...

文章 特斯拉宣布降薪！开源节流，疫情之下如何提升企业管理效能

...供的医保福利不会受到影响。 事实上，特斯拉降薪并非个例。此前，福特汽车、通用汽车、FCA都宣布了降薪计划。 3月26日，福特汽车宣布自5月1日起，福特汽车300名高管薪酬的20%~50%将被延迟至少5个月发放。其中，福特汽车执...

文章 R语言“had non-zero exit status”安装报错

...indows或者R语言安装某些R包时，出现以下报错： In install.packages(...) : installation of package ‘muscle’ had non-zero exit status 导致这个状态的原因有： 1.包加载安装过程中编译不能通过，因此执行安装加载通过不了。 2.library中路径...

问题 如何通过GWAS的曼哈顿图结果筛选基因？

目前已经知道了p值显著的位点信息（几号染色体及位置），下一步该如何做呢？是要去参考基因组的gff文件中找到snp位点附近是否有基因吗，获得基因编号后要去什么文件中进行检索，不知道文章中曼哈顿图上标注的基因都是...

文章 vt软件安装

软件安装文档很简单：https://genome.sph.umich.edu/wiki/Vt#Installation #this will create a directory named vt in the directory you cloned the repository 1. git clone https://github.com/atks/vt.git #change directory to vt 2. cd vt #run make, note that compilers need to support t...

文章 蛋白质组与转录组的关联分析如何做？

...状态下的基因和蛋白质表达水平进行全方位分析，或得一个表达谱的“全景图”； 2、挖掘受转录后调控的关键蛋白或关键基因，寻找某些关键的代谢通路或者调控因子； 3、对于一些蛋白数据库不完整的物种，通过转录组数据...

文章 空间转录组细胞共定位分析结果解读 MISTy分析

...：“当我们考虑 intrinic view 以外的其他视图时，我们可以更好地解释标记 X 的表达。” 3.不同视角对目标细胞类型的解释贡献度：例如，intraview 解释了几乎所有细胞类型的最大方差。绿色占比最多4.共定位结果：Importances（重要...

文章 TCGA中转录因子的调控分析

...和不同的癌症即可，生存分析的曲线就显示出来了，通过p value值就可以知道该转录因子是不是对癌症的生存率有影响 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我的TCGA系列课程： 《TCGA-生存分析》《TCGA-基因差异表达分析》《TCGA-...

文章 什么是转录因子？

什么是转录因子？ 转录因子（Transcriptionfactor，TF)是一个能与特异DNA序列结合的蛋白,可以单独或与其他蛋白形成复合体，提高或阻断特性基因对RNA聚合酶的招募,调控着基因的表达。转录因子特点是它包含一个或多个DNA结合域（D...

文章 docker 容器退出技巧，退出容器而不中断停止容器的运行

...关操作，使用 [ctrl+d] 或 exit 命令退出容器后，使用 docker ps 查看发现容器已经退出,如何避免这种情况呢？一、环境说明Docker：17.09.1-ceDocker Image: CentOS 7二、问题重现1. 创建并运行容器➜ docker images REPOSITORY ...

文章 高品质抗体推荐：乳腺癌研究的最新抗体有哪些？

...，比2008年上升31.15%，数据触目惊心。 据报道，全球每100个新确诊的乳癌病例中，有12个来自中国，新发病率增长速度是世界平均水平的2倍，平均发病年龄比西方国家早10-15年。 5年生存率提高，但还未完全攻克 不过随着医学...

文章 2018年测序相关国自然基金最全统计

从8月16日国自然基金评审结果公布到今天已经将近1个月的时间了，已获得项目资助的老师应该都在忙着提交相应的项目计划书。 接下来就是等待项目经费的下拨，一般来说项目经费是在10月左右首次下拨到各个依托单位，比例...

文章 核苷酸替换模型-GTR是所有模型中考虑参数最多最复杂的模型，其他所有模型是GTR模型的特例

原文链接：http://evomics.org/resources/substitution-models/nucleotide-substitution-models/ The use of maximum likelihood (ML) algorithms in developing phylogenetic hypotheses requires a model of evolution. The frequently used General Time Reversible (GTR) family of nested models encompasses ...

文章 统计不同分组差异表达结果并统计上下调基因数目并绘制柱状图

...因的数目，并绘制柱状图； R语言代码： library(reshape2)local({r <- getOption("repos")  ;r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" ;options(repos=r)}) library(ggplot2)library(cowplot)library(RColorBrewer)library(Vennerable)brewer.pal(7,"Set1")display.bre...

文章 可变剪切在癌症中的研究

...析，构建预后模型的文章思路，感兴趣的可以点下以下三个链接查看详细内容。 1. 1分钟给你5分的SCI论文思路！要不要？ 2. TCGA-人类癌症数据库差异表达基因挖掘课程 3. 再挖TCGA，发篇SCI 那么除了筛选差异基因进行此类分...