...标准化除了基于相关的软件外，也可以利用bioconductor的几个包，不过需要注意介于R版本的问题，包的安装基于install.packages可能安装不成功。 具体安装方法最好去网站查找R包和对应R版本，新老版本的R差别可能会很大。 下面...
...能用来分析吗，是不是要舍弃掉。它的cor实在是低，并且P值＞0.05。红色模块是不是还可以继续分析。
...文件路径和物种拉丁名，并运行species=Zea_maysgenome=Zea_mays.B73_RefGen_v4.dna.toplevel.fagff=Zea_mays.B73_RefGen_v4.44.gff3 #以下代码不用修改，可直接运行 #保留蛋白编码基因agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff $gff --attribute biotype --value protei...
...们可以把上传的命令，写到sh里面然后批量运行。这里有个技巧，就是把上传命令多copy几遍保存，一旦链接中断下一条命令还可以再运行； windows解决办法 在windows的dos命令当中其实也可以批量运行命令，如下： 将要上传用到...
...区而组成的结构性嵌合体。当开发治疗性单克隆抗体（mAb）时，嵌合抗体是降低免疫原性和增加血清半衰期的必要过程。 研究人员可以将一个物种的恒定区换成另一个物种的，并且可以在同一个物种内将一个亚型换成另一个...
...件和其经过比对得到的模板文件protein sequences.txt 4mla.pdb。 利用黄老师讲的方法，从PDB数据库中下载经过PSI-BLAST比对获得的模板的PDB格式文件，在swiss-model中，使用自己模板的方法进行三维结构预测，结果在上传文件的时候...
...选择的时候总是被kill掉，因为我这边服务器内存只有188G。 这个文件当时在过滤SNP的时候其中一条过滤标准是miss 0.95，这样子下来会获得七千多万个位点，我能不能再构建进化树的时候，单独生成一份文件，把miss 0.95调成miss 1...
..._weizhi，得到gene_weizhi.txt文件，如下图 一共得到了2万多个结果，我的基因一共才六十几个，我查看了一下GFF文件（下图），发现这2万多个结果（就是NW开头这一栏）是GFF里面所有注释的gene，也就是说不是按照我的基因ID来提取...
...解假设检验的思想以及掌握其方法都是十分重要的。只有更好地掌握假设检验的思想方法，才能在实践中应用假设检验方法解决实际问题。
...置最多的目标序列匹配数 -num_threads：线程数，指定多少个cpu运行任务 等等 另一种情况，序列本身进行比对，也就是序列自己和自己比，可以发现内部的一些重复 blastn -query aaa.fasta -subject aaa.fasta -out out -evalue 1e-5 -outfmt 6 ...
...> merge.snp.clean.vcf.gz；mutplot -v merge.snp.clean.vcf.gz -r SZCTP1 -b SZCTR5 --N-bulk 29 -m 0.3 --out merge_pl。怎么几乎所有染色体都有定位啊？
partition-before-pggb -i pggb.input.genomes.fa -o output -n 4 -t 20 -p 90 -s 5000 -V 'zz13:1000' 显示Argument 'INT' received invalid value type '0.001'
...这里给大家一些方法 1.如果gi号较少的话（通常少于1000个），可以用在线的方法转换，例如，将你需要转换的gi号放在id后面，多个用，隔开： https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=663070995,568815587&rettype=ac...
有时候我们使用R expression（）函数写公式的时候，需要在其中加入变量，例如： 如果"P.value"是以字符串的形式代入的话，expression（）函数是没办法做到的，这个时候我们可以使用另一个函数来替代——bquote（），对于变量的读...
...节网络的有效资源。 PlantPAN3.0 的首页，包含六个模块，分别是基因搜索、转录因子/转录因子结合位点搜索、基因集分析、启动子分析、跨物种和 ChIP-seq 搜索。 启动子分析 点击Promoter analysis,进入的页面为单个基...