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文章 blastall 搜索比对输出结果 m8或者m9格式说明(blast+ m6格式)

...情况我们看第3、11、12两列,e值越小越可靠。 blastall 老版本对应的参数是 -m 8 blast+对应的参数是-outfmt 6 更多生物信息课程:1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因...

文章 微生物互作网络构建教程网站--Microbial association network construction tutorial

...orial (打开链接可以点这里),列举了多种常用互作关系分析的方法(如下图)。 点击对应的分析方法,就可以看到比较细致的分析步骤了,当然,也可下到相关的文献资料。针对截面数据或者时间序列数据,以及数据处...

问题 请问KOBAS3.0在线进行富集分析时,每次运行输入的基因数量上限是多少?

文章 顺式作用元件分布图绘制

...用元件进行展示。 今天给大家介绍一款非常简单实用的在线软件GSDS:访问地址:http://gsds.cbi.pku.edu.cn;GSDS全拼是:Gene Structure Display Server ,是一款很好用的基因结构绘图软件,今天只给大家介绍下如何用GSDS进行顺式作用元件...

问题 老师您好,我在参考基因组建立索引时,系统报错说有1700个基因区域没有ORF,但是我的参考基因组和注释文件都是从文献链接里下的,知是否会影响我的后续关于群体进化的分析呢?

问题 运行WGCNA代码时出现下图报错,下packageGO.db显示版本对,是支持最新版本吗。这一步解决无法进行下面所有操作,请问老师如何解决

文章 远程服务器登录putty(云服务器,实验室服务器等)

...putty登录,官方网站:: https://www.putty.org/    下windows版本地址:https://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/latest.html: 对应自己的操作系统版本即可,上下两个红框框任选其一: 3.登录服务器: 当你有一台服务器的时...

文章 Win10家庭版也可以装Docker桌面版了!

...脑系统是win10家庭版系统,这就导致无法安装Docker Desktop版本,只能选择安装步骤繁琐的Toolbox版本。为了解决这个问题,小编测试并运行成功了一个可以在win10家庭版系统上安装Docker Desktop版本的方法。请接着往下看。 1. 开启虚...

文章 bam文件格式详解

...量控制1024:由于PCR或测序错误产生的重复reads2048:补充匹配的read 只有一条reads没有比对上:73, 133, 89, 121, 165, 181, 101, 117, 153, 185, 69, 137两条reads都没有比对上:77、141比对上了,方向也对,并且在插入片段大小范围内:9...

文章 如何计算蛋白序列的长度、分子量、等电点等信息

...息。今天,小编教大家如何获取这些信息。 ExPASy ProtParam在线获取 ExPASy ProtParam 是一款在线蛋白质分析软件,它可以计算一个蛋白质序列的各种理化参数,例如氨基酸序列长度、等电点、分子量等等。其用法如下: 输入一条...

文章 保姆式教程!手把手教你使用Simplot,绘制高大上的序列相似性图片

...。但该软件只支持Windows 系统,且从2003年后软件保持3.5.1版本,一直未做更新。 Simplot主要通过对待分析的序列和参考序列进行相似性作图,通过绘制的点图判断目的序列是否存在重组:(1)当参考序列的点图呈现近似平行线...

问题 基因组数据版本更新导致无法根据旧的蛋白ID或基因locus提取相应序列,如何解决?

...),已经无法匹配现有的蛋白序列文件(下图右)了,老版本蛋白序列文件已经删除,只剩cds和gff文件。 新版本的基因和蛋白ID命名与老版本相比已有较大改动,感觉联系是很大。(基因组网站是文献给出的) 请问在这种...

问题 基因家族分析,用CDD确认结构域的时候,根据统计的表格,怎么找到那些未匹配到相应结构域的基因或者序列是哪个?

如截图中表格,有一个没有含有目标结构域,那这个基因怎么被快速找到呢?

文章 mysql启动时报错:error while loading shared libraries: libncurses.so.5: cannot open shared object file

...结果中可以看到,我现在使用的系统中并没有安装对应5版本的库文件,这个时候可以将高版本创建软连接到5版本。 [root@server bin]# ln -s /usr/lib64/libncurses.so.6 /usr/lib64/libncurses.so.5 再次启动时,发现还缺一个库文件。 [root@serv...

文章 三代转录组,当前你可忽视的研究手段

...soforms分别与C.canephora的CDS序列和阿拉伯咖啡的基因片段匹配,这说明了本次检测到的isoforms具有很高的多样性,而这种多样性也只有通过全长转录组测序才能准确地捕捉到。 同时,C.canephora的CDS序列和阿拉伯咖啡的基因片段分...