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文章 利用SNP构建指纹图谱!SNPT的使用教程!

...件。 计算最小SNP集合。 计算完成后右侧文本框会有显示,输出文件也会在这显示。 输出文件如下: 每一行为一个样本,每一列为一个标记,不同颜色代表不同分型。 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有...

文章 热图竟然还能用Excel来画?

...式类型,以及最大值最小值类型和颜色设置等,如下两图显示过程: 例如,基于案例数据,选中格式类型:双色阶,设置最小值对应白色,最大值最对应红色,可以获得如下结果: 2、样式调整 基于前一步的结...

文章 grep --color=auto使用用法介绍

...能是匹配的特定字符串加上颜色以区分,并可以进行高亮显示。可以方便我们快速查找相应的文本字符串并进行区分,提高效率。 grep --color=auto的基本命令格式如下: grep --color=auto '字符串' 文件名 其中,字符串为搜索的目标...

文章 IF=13.8 | 青藏高原人群肠道微生物生物标志物的荟萃分析及微生物群衍生的丁酸盐在高海拔适应中的功能

...人群,而均匀度的差异较小。进一步的PERMANOVA和PCoA分析显示,不同研究(Study)之间的伪差异在校正后消失或减少,而不同群体(Group)之间的差异则得以保留。Beta多样性分析结果也表明,高低海拔人群的肠道微生物组成存在显...

问题 泛基因家族分析

老师好。我在进行#把基因名替换成基因家族编号的这一步后,结果显示有重复的WRKYid,这是咋回事?

文章 群体遗传进化分析用MEGA

...的系统发育树即绘制出来了。 到这一步修改系统树的显示形式就可以了,显示包括了传统类型,放射型还有圆形三大类。选择一个自己比较满意的形式进行保存即可。利用工具栏的image可以将其保存为图片(如果希望获得更...

文章 GEO数据库的搜索下载数据技巧

...platforms,可根据自己的需要选择,最常用的是series数据集显示格式 限定检测平台类型:要注意的是不同的实验检测类型不一样,比如DNA、mRNA、SNP、甲基化等等,在检索时就要结合自己的实验设计选择相应的检测类型。 限定...

问题 stringtie定量出现问题

命令如上。 报错信息如下:上面显示成功完成了,但是结果文件却是空的!不知道为什么!

文章 mcscanX基因组内共线分析输出结果解读

...ml用浏览器打开如下: 第一列是复制倍数深度 第二列:显示一条染色体上所有基因的排列顺序,如果背景为红色说明是串联重复基因 第三列往后:为对应的比对上的基因,也就是相似性很高的基因,往后列出; 更多可参...

问题 使用circos对共线性结果进行美化,染色体的标签名字发生重叠,调整了参数也不起效,该如何调整?

...abel_size=45 radius=0.5r #设置半径,以免基因名称过长超出显示范围 show_label=yes <spacing> default=0.005r </spacing> stroke_color=dgrey stroke_thickness=2p thickness=0.03r</ideogram> 调整的是label size 的位置

问题 老师我在构建泛基因列表,合成last.txt文件,结果只有两列

...间的最佳匹配 python3 $script/find_1vs1_v2.py last.txt 1vs1.txt结果显示错误:Traceback (most recent call last): File "/work/script/find_1vs1_v2.py", line 36, in <module> find_max_third_column(args.input_file, args.output_file) File "/work/script/find_1vs1_v2.py", line 13,...

文章 Graphpad Prism 绘制的直方图美化

...设置。 3.Error bars 可以对误差线颜色,形状,粗细,显示等进行设置。 4.修改图注,图中的文字是可以直接双击修改的,非常方便。 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有兴趣可以了解一下: 1. 文章越来越难...

文章 IF=4.3 | 衰老水稻种子的转录组代谢组联合分析

...分析了贮藏时间对水稻种子发芽和幼苗发育的影响。研究显示,贮藏时间的增加与种子发芽活力和幼苗形态发育能力的显著下降有关,凸显了种子老化对水稻产量潜力的深远影响。 03. 转录组分析 转录组分析显示,不同储存时...

文章 获取MOTIF 位置信息矢量图

...息(见下图),给出了LOGO,点击红色方框中的箭头,会显示motif在每个基因上的起始位置、p-value及序列: 其二,html文件还包含了motif在基因上的位置信息(见下图)。 很多情况下,我们需要对该图片做进一步处理或者直接...

文章 ggplot2-气泡图(控制点的大小范围)

Pathway富集结果常用气泡图来显示,其基本代码如下: 案例数据: > dat     ko_id                                Kegg_pathway Rich_factor       Pvalue DEGs1  ko00195                              ...