问题 做无参转录组和有参转录组对服务器要求区别大吗？

我们课题组研究的物种，基因组质量不太好，所以做转录组的时候想按有参、无参都分析一遍，最近想买个服务器，不知道应该按什么标准去买了

问题 blast比对之后

通过做blast比对之后，得到了蛋白质序列之后，通过cdd，pfam等确认完结构域，不知道如何接后面的分析

问题 老师，课程R语言入门中第5节参考资料里面缺少练习文件: DEG.txt ,可以补上吗？谢谢老师啦

问题 得到INDEL,在做注释的时候报错。

...unning with system command <coding_change.pl  /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//5.var_ann/indel.refGene.exonic_variant_function.orig /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//ref/unknown_refGene.txt /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//ref/unknown_refGe...

文章 VG 泛基因组call 变异

...  graph.vg  $sample.gam > $sample.aug.vg    # 基因组大，建议分析snarls，节约时间  vg snarls -t 32 $sample.aug.vg > $sample.aug.snarls  # 构建 xg index  vg index -t 32 -L -b tmp -x $sample.aug.xg  $sample.aug.vg    # filter secondary and ambiguous read mappings out o...

文章 论文“挑错”哪家强?中国学者64字diss柳叶刀论文，过于霸气!

...一些缺陷： 2019年6月29日，北京协和医学院邓晓明等人，在线发表题为“Pain relief during labour”的通讯文稿， 该文章仅仅只有64字，直指关键之处，非常霸气! 全文64个字翻译下来就是： “Matthew Wilson及其同事发现，与肌内注...

文章 awk同时读取两个文件

...文件中的内容逐行合并： $cat file1 chr 1 chr 2 chr 3 chr 4 chr 5 chr 6 $cat file2 34 69 256 890 135 568 12 39 33 80 18 90 $awk 'FNR==NR{a[FNR] =$0; next} {print a[FNR]"\t"$0}' file1 file2 chr 1 34 69 chr 2 256 890 chr 3 135 568 chr 4 12 39 c...

问题 老师您好，我在运行OrthoFinder2时，出现下面报错，请老师解答

... index out of range File "/share/work/biosoft/OrthoFinder/OrthoFinder_v2.5.4/scripts_of/parallel_task_manager.py", line 209, in Worker_RunCommands_And_Move fn(fns) File "/share/work/biosoft/OrthoFinder/OrthoFinder_v2.5.4/scripts_of/trees_msa.py", line 262, in trim_fn trim.main(fn, fn, 0....

文章 杂交瘤技术制备单克隆抗体：详细流程与常见问题解析

...细胞株不分泌抗体以及细胞难以克隆等问题，本文将详细分析以上常见问题的产生原因以及解决该问题的方法。     一、微生物污染   ①细菌、真菌污染主要是由于实验人员操作不当或者消毒不到位引起的。人身上可能携...

问题 sam 转换成bam 格式并排序时，没转换成功。reads 与基因组进行比对map这里出错。

老师，我利用demo数据进行转录组分析。 在尝试将demo的数据，将sam 转换成bam 格式并排序时并没有转换成功。不太清楚哪里出了问题。 我不知道demo数据是否是链特异性文库，所以也就没去设置（RF or FR）。也不会设置。 所以...

文章 如何将SNP标记转化成可跑胶验证的CAPS标记

...加了揭示多态性的机会，而且操作简便，可用琼脂糖电泳分析；在真核生物中，CAPS标记呈共显性，即可区分纯合基因型和杂合基因型；所需DNA的量很少，且对DNA的浓度要求不严格；使用的引物较长，扩增的结果比较稳定且避免...

问题 运行MCScanX后，0 match 0discord

最近在试着用MCScanX做共线性分析，在准备好gff和blast文件，运行MCScanX，结果总是出现如问题所示的结果，两个文件和课程中的文件基本一致，照着网上对下游分析文件夹作了make clean 、ldconfig也只正常一次，看过blast文件中的eva...

问题 异常样本mapping rate异常问题

...现DNA量极低，使用MDA方法扩增建库，BGI测序后做群体遗传分析。在snp-calling中发现比对率异常，具体如下。 [root@1d066d310974  23:24:26 /work/reseq_demo/3.map/result]# cat 268.map.stat.txt  129649865 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) 129589994 + ...

文章 生成OTU方法如何选择，OTU/ASV?

扩增子分析视频课程推荐：https://bdtcd.xetslk.com/s/qZRiF  微生物多样性分析中最重要的就是OTU特征表，一切后续分析都围绕OTU表来进行。生成OTU除了聚类的方法，还有降噪的方法。本文分析DADA2、Deblur、Unoise3共三种降噪方法的...

问题 转录因子

如果我是对GEO/TCGA的某癌症的 性别  做差异分析，得到的差异基因，可以用这个视频中的脚本做转录因子的预测吗？还是说只能脚本只能用在TCGA的 癌组织 vs 正常 得到的差异基因，  其他的比较类型不适用？