...：BWA，Samtools 一、构建索引 bwa index ref.fasta可选参数:-p 索引文件前缀名-a bwtsw :参考基因组大于2G的时候添加该参数 生成的索引文件：ref.fasta.amb、ref.fasta.ann、ref.fasta.bwt、ref.fasta.pac、ref.fasta.sa 二、bwa比对及samtools转为bam文件...
请问各位大虾 比如我想要第一条染色体上的A 和第二条染色体上的B 这两个基因， 想用红色去表示， 如何修改配置文件？？？
若想要从sam或bam文件中提取指定区域内的reads，可以使用samtools和bedtools来实现。 首先准备一个区域信息文件。region.bed #第一列为染色体ID，第二三列分别为起始终止位置 例： 12 21100 41200 #取12号染色体2110...
...个是VCF文件，另外一个是VCF文件中样本的分类文件。 sample1 pop1 sample2 pop1 sample3 pop2 sample4 pop2 他的使用一般有两步，第一步是运行preview，确定每个群体向下投影的值。 easySFS.py -i file.vcf -p pop.txt --preview > proj_flag proj_flag文...
...ENSEMBLE网站上下载的。并且我发现我的FC值都比较大，但P值符合<0.05的要求，这样是不是不正常的？
参考文章来源 通过分析 100 多个玉米近交系的转录组数据，文章对基因组中热胁迫表达响应的相关顺式(cis)和反式(trans)作用的 eQTLs进行了鉴定。并在热胁迫差异表达基因以及仅在热胁迫下表达的基因中，发现了引起热胁迫响应...
...我们选择SS，而后选择需要哪种形式的颜色。 参考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/26325764
... 真核生物： 下面先从真核生物开始，小编在网上找了个图片，希望原作者不要见怪。 大多数真核基因都是由蛋白质编码序列和非蛋白质编码序列两部分组成的。基因中的编码序列称为外显子（exon），而基因中的非编码序列...
... 5.0 2.0 0.0 0.0 0.0 0.0 3.0 0.0 k__Fungi; p__Fungi_phy_Inc 549c55efd9ef6cd14bd36400788f522b 34.0 30.0 0.0 0.0 3.0 9.0 7.0 5.0 0.0 19.0 20.0 6.0 0.0 0.0 3.0 10.0 0.0 0.0 4.0 0.0 k__Fungi...
seqkit split -p 20 ../../test_data/protein.chr4.s.fasta --out-dir protein.splitfor i in {01..20};doecho "exonerate --model protein2genome --percent 50 -t ../genome.hardmasked \ -q protein.split/*part_0${i}.fasta --showtargetgff yes --showalignment no \ --score 100 --minintron 20 --maxint...
...后输入邮箱，工作描述，也可不填。 还可修改匹配的p值，默认为 1E-4，最后点击“Start Search”就可以了。 可以将该网页添加到收藏夹，方便以后查看结果。
...补缺失 gene.f <- fill.NA(gene.r,mode="mean") ## knn/wknn方法表现更好，但是计算起来比较复杂 gene.f <- fill.NA(gene.r,mode="knn") gene.f <- fill.NA(gene.r,mode="wknn") ## 过滤标准差为0的基因 tmp <- filter.std(gene.f,min.std=0) ## 标准化 gene.s <- standard...
...查看Linux是否已安装linuxnd软件 下载及安装linuxnd软件：http://data-deliver.novogene.com/download 2. 登录 $/share/work/biosoft/nuohe/linuxnd/lnd login -u 用户名 -p 密码 3. 查看目录 $/share/work/biosoft/nuohe/linuxnd/lnd list #list用户根目录$/share/work/b...
...。 IP:10.0.2.15 网关：10.0.2.2 DNS：10.0.2.3 一台虚拟机的多个网卡可以被设定使用 NAT， 第一个网卡连接了到专用网 10.0.2.0，第二个网卡连接到专用网络 10.0.3.0，等等。默认得到的客户端ip（IP Address）是10.0.2.15，网关（Gateway）是10....
... MUSCLE。有本地版和在线版，在线版网址如下：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/。 2、算法原理 算法：MUSCLE 先使用渐进式比对(progressive alignment)获得初始的多序列比对，再使用横向 精炼(horizontal refinement)迭代提高多序列比对结果...