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文章 biolinux共享目录文件夹建立及注意事项

...程》 我们组学大讲堂不再支持vbox中的biolinux，转向用更好的虚拟机工具Docker，学习安装使用课程见： https://zzw.xet.tech/s/3Rcvt0   更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单...

文章 At core/community/optimal_modularity.c:87 : GLPK is not available, Unimplemented function call

group <-  cluster_optimal(net)   Error in cluster_optimal(net) :   At core/community/optimal_modularity.c:87 : GLPK is not available, Unimplemented function call Execution halted 解决办法： 在使用igraph的测试用例时，发生GLPK相关的报错：&gt; g <- make_g...

文章 2022年基因家族第1篇—大型动物基因家族分析怎么写？！

...至关重要的作用。 Wnt蛋白是Wnt信号通路的启动子，由一个富含半胱氨酸的分泌糖蛋白家族组成，在人、小鼠、果蝇、粟顶螟、豌豆蚜、蚊子、蜜蜂等中系统鉴定过，但是在牛中仍未见系统报道，所以作者对8种牛科动物进行了全...

文章 抗独特型抗体制备常见问题解析

...ADA）评价中。抗独特型多抗直接由抗血清纯化获得，能够更好地模拟受试者血样中的真实情况，所以考虑到受试者血样中抗药抗体类型的多样性，抗独特型多抗主要用于抗体类药物的免疫原性评价。   义翘神州已成功完成了100...

问题 老师，我分析的物种是6倍体，参数需要变动嘛？

gatk --java-options '-Xmx40g' HaplotypeCaller -R $REF    --max-alternate-alleles 4  --sample-ploidy 2 -O  all.raw.vcf.gz    -I 1.sorted.dedup.bam  -I 2.sorted.dedup.bam  --tmp-dir tmp

问题 请问老师密度图绘制出来为什么是这样？

还有后续步骤中分析B与A组的差异 求解，谢谢老师们 经过测试，用视频讲解里的GSE完全没问题，用我自己要分析的数据就会出现这种缺失值，请问该如何处理这种？如何继续分析下去

问题 求可以画六维Venn图的R包

老师，请问除Vennerable外，有没有其他的包可以做出六维Venn图呢？Vennerable做的六维Venn图太难分析了，不直观，如图A；我想做出图B样式的六维Venn图，有什么其他办法呢？

文章 三代组装软件Flye安装及使用

Flye是用于单分子组装数据的denovo基因组装的软件。这个软件可以用于各种数据集，从小的细菌到大的哺乳动物。 输入是原始的PacBio或者ONT的序列文件，输出是polished的contig。Flye同时也有针对微生物组装的模式。 一、安装 1.conda...

问题 circos绘制基因组共线性图绘图命令运行问题

...s -debug_flag io   To see how configuration files work, create the example image, whose   configuration and data are found in example/. From the Circos distribution   directory,       cd example       ../bin/circos -conf ./circos.conf   or use the 'run' script (UNIX only). ...

文章 linux生物信息软件安装管理工具conda使用

...件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。通俗的讲：conda相当于我们windows里面的360软件管家，想要那个软件点击安装就好了；安装conda con...

问题 T2T基因组调研图中jellyfish -h和genomescope.R -m 都是设置的10000000，设置的依据是什么，不同作物有差异，怎么选择参数呢

jellyfish -h 和genomescope.R -m教程中设置的1000000，不同物种有差异吗，怎么选择呢？ jellyfish histo -v -t 4 -h 10000000 -o illu.histo illu# histo输出k-mer频率直方图数据，统计出现了x(x=1,2,3…)次的kmer的数目y# -v 输出详细信息# -h 最高计数值genome...

问题 群体遗传构建进化树格式转换报错

...这一步运行转换为phy格式的文件，“run_pipeline.pl  -Xmx180G -importGuess  $workdir/00.filter/clean.vcf.gz  -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter” 得到了如下结果，一直提示不能有染色体名称为空的行，但是我检查了我的vcf文件，第...

文章 绘制类似于箱线图的散点图

...异基因的差异倍数，如下所示： log2FC          Group-0.003569046    SR58-1-0.033401692    SR58-1-0.00595792     SR58-1-0.126160677    SR58-1-0.003569046    SR58-10.062951504     SR58-1-0.085369416    SR58-10.061838866     SR58-1-0.006699121    SR58-1-0.0066991...

文章 bcftools创建vcf索引失败

在使用bcftools创建vcf索引，如果染色体长度大于512MB时会失败，报错信息： 可以换用tabix 创建索引，命令如下： tabix -p vcf filter2.vcf.gz

文章 linux中gcc与pip安装

gcc安装只需两条命令： yum -y install gcc gcc-c++ autoconf pcre pcre-devel make automakeyum -y install wget httpd-tools vim 就把gcc当成c语言编译器, g++当成c++语言编译器用 注意安装需要root权限。 Pip安装 pip安装需下载一脚本，然后运行改脚本...