问题 请问利用转录组数据做基因家族基因的表达量分析时，能否跳过去接头而直接比对最后也可以获得基因的表达量。另外我的hisat2命令为什么出现没有文件，是命令有什么错误吗？

问题 请问kaks_calculator 计算分歧时间时Divergence-Time单位是什么呢? 看的文献中都是以 Mya 为单位的数据，而用kaks_calculator 计算的是小数0.0301716

问题 您好，三代全长转录组无参测序，昆虫前后2次取样，第2次雄昆虫测的数据量是第一次雌昆虫的2倍，最后得到转录本是第1次的2倍。这个结果怎么解释啊？

文章 Rtsne包降维聚类分析

...部特征，对于本征维数(intrinsic dimensionality)本身就很高的数据集，是不可能完整的映射到2-3维的空间全局结构未明确保留。这个问题可以通过PCA初始化点（使用init ='pca'）来缓解。计算量大，耗时间是PCA的百倍，内存占用大。 应...

文章 R语言scale()标准化

R语言中scale函数，可以对数据进行处理，标准化（归一化）在一定的范围，比较适合大范围变化数据归一化处理从而观察数据变化趋势 scale()函数 scale(x, center = TRUE, scale = TRUE) x一般是一个矩阵，也可以是一个数值向量 center--...

文章 转录组结果解读及分析技巧

...是这样的： 小编就遇到不少老师拿着几年前的转录组数据，迟迟无法下笔写作，毕竟工作繁忙，很难系统的自学相关知识。现在一站式解决的方案来啦！ 一站式解决转录组难题决转录组难题 想解决以上问题，一是要真正读...

问题 老师，我从ncbi上下载月季的基因组测序数据时找不到cds文件，但找到了其他的gff文件，RNA文件，DNA文件，蛋白序列文件 请问有什么方法可以从它们当中提取cds序列吗

问题 我按照视频里的方法用deblur的方法进行分析，输入了51个样本，但是最后就剩下了35个样本，如图所示，请问是那一步出现错误了，是 数据有问题还是写的参数有问题

问题 我按照视频里的方法用deblur的方法进行分析，输入了51个样本，但是最后就剩下了35个样本，如图所示，请问是那一步出现错误了，是 数据有问题还是写的参数有问题

问题 对宏基因组数据进行αβ多样性分析时，进行抽平处理是不是会更好，然后进行微生物组成功能的差异分析时，需要做抽平处理后再求相对丰度吗

文章 转录组的3种分析模式

经常有学员询问，如何分析转录组的数据，首先我们需要了解一下转录组数据有那些分析的模式。 转录组分析模式 基于是否有参考基因组，是否分析新的转录本，转录组测序的分析模式大致可以分成3种类型，如下图： ...

问题 利用gff文件提取基因结构时，运行完程序，遇到如图所示的问题，老师能给解答一下吗？下面图使用老师视频中拟南芥中的数据做的，结果如图

perl /home/manager/workspace/GbRLCKVII/gene_structure/script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt -in2 Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -out gene_exon_info.gff

文章 文本去重并统计重复次数

...章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提...

问题 关于基因芯片affy包rma标准化

看了GEO芯片数据标准化的视频，关于affy包，请问如果后续分析需要未进行log转换数据，那我可不可以对rma处理的数据进行2^x进行反对数转换？还是应该直接用mas5.0标准化？

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 可变剪切分析软件lr2rmats

在转录数据进行可变剪切分析中，经常用到一款软件rMATS，这是华人科学家刑毅课题组开发的软件， 最近该软件发表了一个能支持pacbio 数据的版本lr2rmats，结合二代和三代数据，进行可变剪切分析。 1.  lr2rmats的安装 ： 安装...