文章 make Cladogram with microbiomemarker

...omeMarker) library(ggplot2) ​ #方便起见，直接使用该包自带的数据，构建一个phyloseq格式的数据 ​ data(kostic_crc) ​ #标准化数据并通过内置的差异分析方法计算 ​ kostic_crc_small <- phyloseq::subset_taxa( kostic_crc, Phylum %in% c("Firmicutes") ) ...

文章 perl数学函数

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 单细胞测序数据FindAllMaker查找不同Cluster的Marker基因

老师好！我想在注释细胞亚群之前提取不同Cluster的Marker基因，但课程讲解和提供的代码是先注释不同亚群再进行不同亚群Marker基因的提取，代码如下：Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \ ...

问题 老师，数据框操作中，红色框内部分并未加$符，为什么他也是输出向量格式的结果呢，而且为什么会有结果内为什么会有黄框内的非提取数字出现呢？

问题 请问利用转录组数据做基因家族基因的表达量分析时，能否跳过去接头而直接比对最后也可以获得基因的表达量。另外我的hisat2命令为什么出现没有文件，是命令有什么错误吗？

问题 请问kaks_calculator 计算分歧时间时Divergence-Time单位是什么呢? 看的文献中都是以 Mya 为单位的数据，而用kaks_calculator 计算的是小数0.0301716

问题 您好，三代全长转录组无参测序，昆虫前后2次取样，第2次雄昆虫测的数据量是第一次雌昆虫的2倍，最后得到转录本是第1次的2倍。这个结果怎么解释啊？

文章 R语言scale()标准化

R语言中scale函数，可以对数据进行处理，标准化（归一化）在一定的范围，比较适合大范围变化数据归一化处理从而观察数据变化趋势 scale()函数 scale(x, center = TRUE, scale = TRUE) x一般是一个矩阵，也可以是一个数值向量 center--...

文章 Rtsne包降维聚类分析

...部特征，对于本征维数(intrinsic dimensionality)本身就很高的数据集，是不可能完整的映射到2-3维的空间全局结构未明确保留。这个问题可以通过PCA初始化点（使用init ='pca'）来缓解。计算量大，耗时间是PCA的百倍，内存占用大。 应...

文章 转录组结果解读及分析技巧

...是这样的： 小编就遇到不少老师拿着几年前的转录组数据，迟迟无法下笔写作，毕竟工作繁忙，很难系统的自学相关知识。现在一站式解决的方案来啦！ 一站式解决转录组难题决转录组难题 想解决以上问题，一是要真正读...

问题 老师，我从ncbi上下载月季的基因组测序数据时找不到cds文件，但找到了其他的gff文件，RNA文件，DNA文件，蛋白序列文件 请问有什么方法可以从它们当中提取cds序列吗

问题 我按照视频里的方法用deblur的方法进行分析，输入了51个样本，但是最后就剩下了35个样本，如图所示，请问是那一步出现错误了，是 数据有问题还是写的参数有问题

问题 我按照视频里的方法用deblur的方法进行分析，输入了51个样本，但是最后就剩下了35个样本，如图所示，请问是那一步出现错误了，是 数据有问题还是写的参数有问题

问题 对宏基因组数据进行αβ多样性分析时，进行抽平处理是不是会更好，然后进行微生物组成功能的差异分析时，需要做抽平处理后再求相对丰度吗

文章 转录组的3种分析模式

经常有学员询问，如何分析转录组的数据，首先我们需要了解一下转录组数据有那些分析的模式。 转录组分析模式 基于是否有参考基因组，是否分析新的转录本，转录组测序的分析模式大致可以分成3种类型，如下图： ...