问题 结合转录组分析时，查找GEO号后没有EXCEL下载，只有一个压缩包，里面有三个TXT格式的数据，请问是物种的问题还是别的原因，如果没有问题，这三个txt该如何取舍，谢谢。

问题 我用gemma做小麦的gwas分析，到最后一步生成曼哈顿图时出错，是因为参考基因组的染色体编号与基因型数据对应不上吗，应该怎么老师解答

文章 numpy从文件直接读入得到数组对象

####  numpy数据读取与写出； 测试数据：https://archive.ics.uci.edu/ml/machine-learning-databases/iris/ import numpy as npimport osos.chdir("D://python_script//")a = np.loadtxt("iris.data", dtype = float64, delimiter=',', usecols = [0, 1, 2, 3])print(a)b = np.loadtxt("iris.data",...

问题 泛基因集构建中JCVI做共线性分析构建完一半数据报错 core dumped

for i in `cat stepmap_ID.txt`;do   # JCVI做共线性分析,--cpus 5 限制计算资源使用，如果不加默认--cpus 56   python3 -m jcvi.compara.catalog ortholog \    pangene ${i} --cpus 5  --no_strip_names --cscore 0.8;   # 以提升后的anchors作为基因对的结果，把比对...

文章 微生物与环境因子，代谢物，功能等相关性分析linkET

...代码： library(linkET)library(ggplot2)library(dplyr)#读取示例数据#micro <- read.delim('微生物数据.txt', row.names = 1)#env <- read.delim('环境数据.txt', row.names = 1)data("varechem", package = "vegan")data("varespec", package = "vegan")#计算 Mantel 相关性#通过 sp...

文章 三代组装软件Flye安装及使用

Flye是用于单分子组装数据的denovo基因组装的软件。这个软件可以用于各种数据集，从小的细菌到大的哺乳动物。 输入是原始的PacBio或者ONT的序列文件，输出是polished的contig。Flye同时也有针对微生物组装的模式。 一、安装 1.conda...

文章 0.1元学习《Docker在Linux系统中安装与使用》

...可以让我们直接使用镜像里面的生信分析软件分析我们的数据，省去安装linux软件的麻烦，对于初学linux的学员非常有用。 我们的《Docker生物信息工具安装与使用》课程讲解了在windows系统中docker的安装与使用。这有助于学员使...

文章 fastqc质控报告查看

1.Summary 为保证下游分析输入数据的可靠性，需要对下机的原始测序数据进行质控。通常我们会使用FASTQC软件对测序数据进行质控。fastqC会生成一个html的结果报告，下面是软件对质控结果进行判断：绿色代表PASS；黄色代表WARN；...

文章 Docker Volume - 目录挂载以及文件共享

...分类于 docker相关 |  |  阅读次数: 4169 前言Docker中的数据可以存储在类似于虚拟机磁盘的介质中，在Docker中称为数据卷（Data Volume）。数据卷可以用来存储Docker应用的数据，也可以用来在Docker容器间进行数据共享。数据卷呈...

问题 转录组数据分析中的NR_Description中的PREDICTED: BAHD acyltransferase At5g47980 [Ricinus communis]的predicted是什么意思。为什么有一些没有predicted

问题 请老师帮忙看看为啥一样的操作，将anchors.simple更新了基因家族的数据进去就做不出来图了，不添加基因家族信息可以作图，而且名字改了 对应的mcsacn.layout 也改了

问题 老师，请问一下，由于从NCBI下载的数据中的基因、蛋白和染色体名称的不同导致用你给的W.sh文件的脚本提取不出转录本ID，该怎么办？

问题 老师，我在做基因家族相关分析时，发现NCBI已上传的基因组注释不全，不规范，其它网站也没有收录，基因家族分析能不能通过转录组数据（无参有参数据都有）来分析

问题 老师，在第三步vcf文件过滤时，得到的all.clean.vcf文件太小了，宽松设置调整数值后，依旧很小，怎么办啊，有没有其他的方法，可以让最后的数据大一些啊

文章 最新2区转录组文章！看人家是怎么写的！

...后)设置了8个时间点，如下图A，该部分作者展示了转录组数据的基本情况，均是比较套路的写法，如样本相关性，差异基因数，不同组合间韦恩图，全部基因时序表达热图及不同Go term注释基因数等。 2. 冷驯化和春化的关系 ...