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问题 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol时报错。perl脚本。请问perl脚本的问题出在哪？需要怎么修改。最后有perl及需要处理的数据的百度云链接（链接：https://pan.baidu.com/s/1fKim1pGNsU4DDJXcxchplg 提取码：5ls1）

use strict;use warnings;print STDERR "gene symbol column number: ";my $geneSymbolCol=<STDIN&gt;;chomp($geneSymbolCol);$geneSymbolCol--;my $expFile="probeMatrix.txt";my $gplFile="ann.txt";my $expFileWF="geneMatrix.txt";my %hash=();my @sampleName=();open(EXP,"$expFile") or die $!; open(PL,"GEOimmun...

问题 群体遗传分析过程中无法构建进化树

过程中supergene.phy和fasttree.nwk都可以生成，但利用ggtree.r -t fasttree.nwk -f $GROUP -g Group -n fasttree构建进化树就开始报错，邱老师解答：

文章 linux 编码转换

...制文件有以下两种方法： 1. vim 打开二进制文件： vim -b 文件 将内容转换成16进制： :%!xxd 转换回来： :%!xxd -r  2. iconv  # 将UTF-8编码的wx.txt文件转换为GB2312编码的test01.txticonv -f UTF-8 -t GB2312 wx.txt -o test01.txt

文章 DevOps 在企业项目中的实践落地

...者弄清项目的剩余时间，评估工作进度，调整工作任务，更好地把握项目的整体。 编辑 「日历」      CORNERSTONE的日历视图是基于时间，让项目更加易于理解的管理工具。   点击添加图片描述（最多60个字）编辑 「统计...

问题 WGCNA分析生成的单个模块txt文件非常大，请问老师有没有什么好的方法能打开？以及找到的如下代码如何使用？谢谢

...码能够打开或者拆分大的txt文件？大概5G 这段代码，有个问题，就是filename这里是否要改成自己的文件名？eachfile_lines_num这里呢？就这样放着，还是改成一个数值？ file_split <- function(filename,eachfile_lines_num)                 ...

问题 perl语言命令行参数设置

在perl语言中怎么设置命令行参数，如perl test.pl -i A.txt -o B.text,像这种指定参数，-i为输入文件，-o为输出文件，该怎么设置？

问题 关于候选基因gene id的转换

老师您好! 做了选择清除分析后，得到了候选基因。 候选基因的gene id是这种格式：MA_10437256g0010。 这属于什么格式呢，我要怎么把这种格式转换成gene name、symbol（比如：ACOX1式）呢？

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 数据纠错软件-proovread

proovread 是在2014年发表在Bioinformatics 上的一款Pacbio序列纠错软件，其基本的原理是利用高准确度的二代短序列，不停的迭代比对，对pacbio的序列进行纠正。 目前该软件已经在github 上公开,并不断的更新。 1. 软件的安装 安装方...

文章 rocks集群管理命令

快速关闭所有计数节点： rocks run host compute "shutdown -P now"

文章 好实验从一个好的样本命名开始！

...是各种各样的生物样品，干的最多的就是区分样品，一千个样品有一千种命名方式：有用阿拉伯数字顺序下来的；有用汉字的；有名中带特殊字符的。殊不知，如此命名已经给你的实验埋下了隐忧。  我见过样品6/9不分的；O/0混...

文章 如何高效的进行多项目管理？

...项目，而项目要能顺利执行其实并不简单，如果又渉及多个单位合作，困难程度又大增。 对项目经理来说，从他们的工作日志片段可以看出每个人都有自己悲惨的故事，程度恐怕只有过之而无不及。那我们该如何做好项目管...

文章 NCBI检索叶绿体基因并快速下载

...技巧，可以帮我们节省大量时间和精力。本文就来介绍一个快速检索并下载基因序列的方法。 打开NCBI后，选择数据库并输入搜索条件，这里通常搜索的是和分析物种相近的物种，如隶属于同一个科或者属的物种，有时候还需要...

文章 WGCNA 根据KME值筛选hub基因

...分很简单，输出所有的基因与模块的KME矩阵，然后筛选每个模块中kme最大的前几个基因就是hub基因： #mergedMEs是经过相似模块合并之后的最终模块对应的模块特征基因： MEs = mergedMEs #输出结果： datKME=signedKME(datExpr, MEs, outputC...

问题 iqtree2不报错，自动停止运行。

老师好，在用iqtree2构建进化树时，出现不报错自动停止运行，是在租用咱们组学大讲堂的服务器上跑的，内存有375G，supergene.npy文件有5.8G大小。以下是iqtree.log具体截图。

文章 研究miRNA必备的分析网站汇总！

...NA）微核糖核酸，是真核生物中广泛存在的一种长约21到23个核苷酸的RNA分子，可通过多种途径调控基因的表达。目前研究比较清楚的3条调控途径分别是：DNA甲基化，RNA剪切和翻译阻止。在调控基因表达、细胞周期、生物体发育...