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文章 CRISPR技术将铜绿假单胞菌研究推向新篇章-源井生物

...载体pyochelin介导和ABC转运体是铜绿假单胞菌Ga3+内化的两主要途径。研究者揭示了Ga3+能抑制铜绿假单胞菌生长和生物膜形成。 铜绿假单胞菌利用pyochelin介导和ABC转运体通路摄取Ga3+和Fe3+的示意图 硝酸镓能改善CF和慢性铜绿...

文章 顺式作用元件分布图绘制

...解下顺式作用元件分布图如何绘制! 上图展示的是每基因上游promoter区(基因位于负链则为下游,长度一般是起始密码子前1500bp),顺式作用元件种类及分布情况,具体某数据时可以选择自己感兴趣的基因、顺式作用元件...

文章 三代纠错软件LoRDEC安装

软件地址:https://gite.lirmm.fr/lordec/lordec-releases/wikis/home#lordec  安装版本:0.9 下载之后解压并安装: 环境变量设置,提高GCC版本为 6.4: export PATH=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/bin/:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/lib6...

文章 如何用R筛选出高表达的基因,低表达基因

...der(rowSums(myfpkm),decreasing=T)[1:5000],]  #筛选表达量高的前5000基因myfpkm[rowSums(myfpkm)>1,]  #筛选掉表达量低的基因minRowFPKM=rowMeans(myfpkm)>2  #按平均数筛选minNumFPKM=rowSums(myfpkm>0)>10 #表达量不为0的样品数筛选myfpkm=myfpkm[minRowFPK...

问题 16S 差异比较使用compare_errorbar.r的时候报错

...都是准确的 这代码不报错 for i in {2..6};do     Rscript $scriptdir/meta_stat.r -i ../05.export_data/taxa_summary/absolute_abundance/feature_table_tax_L$i.txt \ -m $metadata -t Group \ -a WSD_Lig_PPI -b WSD_PPI \ -o meta_stat --name WSD_Ligatur_vsKD_Ligatur_Lppi$idone#...

文章 对水稻做GO和KEGG富集分析,如何获取水稻的数据库?

...物种的注释包是能够下载到的,Bioconductor上提供了以下19物种的Org类型的包,包含了这些模式物种的GO及KEGG注释信息: 然而水稻的注释包在Bioconductor是下载不到的,有两种解决办法: 一种是利用AnnotationHub在线检索抓取OrgDb, ...

文章 NCBI下载的10X 空间转录组数据如何读入spaceranger

10x的数据可以使用 cellranger mkfastq 产生,下面的例子是两样本同一lane测序拆分后分析;第二例子是同一样本两lane测序,需要合并一起分析; 大家注意文件命名方式,蓝色和红色部分; spaceranger命名规则 [Sample Name]...

问题 RNAseq有参转录组分析差异表达分析这一环节出现一些问题,ggplot版本问题

(rnaseq) [yangxm@sonmi 5.deg]$ Rscript $scriptdir/deseq_analysis.r -i $workdir/4.expression/all_gene_count.tsv -g normal_vs_tumor.compare.txt  -k $workdir/4.expression/all_gene_fpkm.tsv -r normal --fdr 1 --fc 1.1 -p normal_vs_tumor Loading required package: ggplot2 Loading required package: edgeR...

问题 da

在运行cd annovar ## 根据基因组创建annovar库 gtfToGenePred -genePredExt $gtf unknown_refGene.txt retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile $fa --outfile unknown_refGeneMrna.fa unknown_refGene.txt table_annovar.pl $data/goat.recode.vcf ./ -buildver unknown -out snp -remove -...

文章 微生物与环境因子,代谢物,功能等相关性分析linkET

https://github.com/Hy4m/linkET 示例代码: library(linkET)library(ggplot2)library(dplyr)#读取示例数据#micro <- read.delim('微生物数据.txt', row.names = 1)#env <- read.delim('环境数据.txt', row.names = 1)data("varechem", package = "vegan")data("varespec", package = "v...

文章 R语言按列合并文件,并保持其中一文件的原有顺序

使用R语言对两文件按列合并时,我们一般会用merge函数, 而merge函数会对该列的顺序重新排序,即对rowname重新排序 在实际操作中,有时候我们需要根据某一文件的顺序生成文件,merge函数无法实现 举例子: # 数学成绩m...

问题 dadi

...误:运行命令为:cd annovar ## 根据基因组创建annovar库 gtfToGenePred -genePredExt $gtf unknown_refGene.txt retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile $fa --outfile unknown_refGeneMrna.fa unknown_refGene.txt table_annovar.pl $data/goat.recode.vcf ./ -buildver unknown -...

文章 使用Copilot自动在Rstudio中写代码

...ot 还可以提供代码结构、函数调用等方面的建议,帮助你更好地组织和优化代码。4. 快速文档查询:Copilot 可以在你编写代码时提供相关函数和包的文档,帮助你快速查找和理解相关信息。 Copilot 的激活使用 打开 Rstudio 的,T...

文章 circos当中的颜色介绍

...ors) set2 (3-8 colors) set3 (3-12 colors) 使用方法例如取set1中的4颜色,分别可以表示为:set1-4-qual-1,set1-4-qual-2,set1-4-qual-3,set1-4-qual-4;颜色代表的如下图 4 特殊颜色-染色体 chr1,chr2 chrx等的如下,一般应用与染色体(ideograms...

问题 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol时报错。perl脚本。请问perl脚本的问题出在哪?需要怎么修改。最后有perl及需要处理的数据的百度云链接(链接:https://pan.baidu.com/s/1fKim1pGNsU4DDJXcxchplg 提取码:5ls1)

use strict; use warnings; print STDERR "gene symbol column number: "; my $geneSymbolCol=<STDIN&gt;; chomp($geneSymbolCol); $geneSymbolCol--; my $expFile="probeMatrix.txt"; my $gplFile="ann.txt"; my $expFileWF="geneMatrix.txt"; my %hash=(); my @sampleName=(); open(EXP,"$expFile") or d...