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问题 老师,我分析的物种是6倍体,参数需要变动嘛?

gatk --java-options '-Xmx40g' HaplotypeCaller -R $REF    --max-alternate-alleles 4  --sample-ploidy 2 -O  all.raw.vcf.gz    -I 1.sorted.dedup.bam  -I 2.sorted.dedup.bam  --tmp-dir tmp

文章 诺贝尔奖强强联合--CRISPR基因编辑的ESC/iPSC应用于再生和性化医学

...来进行基因敲除或敲入基因组操作。CRISPR系统可以产生单或多基因敲除,正确的突变或插入报道基因转基因。用CRISPR介导的ESC和iPSC的基因编辑,可用于探索谱系选择,分化和干细胞命运的遗传决定因素,从而使研究人员能...

文章 关于CodeML分析中Branch-Site模型假设

branch-site models 类似于branch model和site model的合集,主要假设基因的不同位点间(site)和系统发育树的不同分支间(branch)的ω值均是变化的,目的是检验前景枝中正选择作用对部分位点的影响。 1.branch-site model 下的四种模型: ...

文章 rgb函数选择颜色(并控制深浅)

...aluenumber giving the maximum of the color values range, see above. 第四数值,也就是alpha是透明度值 0 完全透明,而最大值意味不透明,简单来说就是控制了颜色的深浅。 譬如最大值255,alpha=20 对应的图片: barplot(1,1,col=rgb(255,0,0,20,maxColor...

文章 R语言基础入门—数组

...的元素必须也是同一类型的数据。例如 - 如果我们创建一维度(2,3,4)的数组,则会创建4矩形矩阵,每矩阵具有2行和3列。 创建数组 在R中,一般用array()函数来创建数组。array()的原型为: array(data = NA, dim = length(data)...

问题 群体遗传构建进化树格式转换报错

...这一步运行转换为phy格式的文件,“run_pipeline.pl  -Xmx180G -importGuess  $workdir/00.filter/clean.vcf.gz  -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter” 得到了如下结果,一直提示不能有染色体名称为空的行,但是我检查了我的vcf文件,第...

文章 2022年基因家族第1篇—大型动物基因家族分析怎么写?!

...至关重要的作用。 Wnt蛋白是Wnt信号通路的启动子,由一富含半胱氨酸的分泌糖蛋白家族组成,在人、小鼠、果蝇、粟顶螟、豌豆蚜、蚊子、蜜蜂等中系统鉴定过,但是在牛中仍未见系统报道,所以作者对8种牛科动物进行了全...

问题 circos绘制基因组共线性图绘图命令运行问题

...s -debug_flag io   To see how configuration files work, create the example image, whose   configuration and data are found in example/. From the Circos distribution   directory,       cd example       ../bin/circos -conf ./circos.conf   or use the 'run' script (UNIX only). ...

问题 T2T基因组调研图中jellyfish -h和genomescope.R -m 都是设置的10000000,设置的依据是什么,不同作物有差异,怎么选择参数呢

jellyfish -h 和genomescope.R -m教程中设置的1000000,不同物种有差异吗,怎么选择呢? jellyfish histo -v -t 4 -h 10000000 -o illu.histo illu# histo输出k-mer频率直方图数据,统计出现了x(x=1,2,3…)次的kmer的数目y# -v 输出详细信息# -h 最高计数值genome...

文章 抗独特型抗体制备常见问题解析

...ADA)评价中。抗独特型多抗直接由抗血清纯化获得,能够更好地模拟受试者血样中的真实情况,所以考虑到受试者血样中抗药抗体类型的多样性,抗独特型多抗主要用于抗体类药物的免疫原性评价。   义翘神州已成功完成了100...

文章 linux中gcc与pip安装

gcc安装只需两条命令: yum -y install gcc gcc-c++ autoconf pcre pcre-devel make automakeyum -y install wget httpd-tools vim 就把gcc当成c语言编译器, g++当成c++语言编译器用 注意安装需要root权限。 Pip安装 pip安装需下载一脚本,然后运行改脚本...

文章 绘制类似于箱线图的散点图

...异基因的差异倍数,如下所示: log2FC          Group-0.003569046    SR58-1-0.033401692    SR58-1-0.00595792     SR58-1-0.126160677    SR58-1-0.003569046    SR58-10.062951504     SR58-1-0.085369416    SR58-10.061838866     SR58-1-0.006699121    SR58-1-0.0066991...

文章 idealTree:lib: sill idealTree buildDeps 安装JupyterHub 卡住

参考:https://www.reddit.com/r/node/comments/z9hsdw/npm_install_stuck_on_idealtree_builddeps/ npm config set registry http://registry.npmjs.org/ --globalnpm cache clear --forcenpm install -g configurable-http-proxy

文章 biolinux共享目录文件夹建立及注意事项

...程》 我们组学大讲堂不再支持vbox中的biolinux,转向用更好的虚拟机工具Docker,学习安装使用课程见: https://zzw.xet.tech/s/3Rcvt0   更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单...

文章 三代组装软件Flye安装及使用

Flye是用于单分子组装数据的denovo基因组装的软件。这软件可以用于各种数据集,从小的细菌到大的哺乳动物。 输入是原始的PacBio或者ONT的序列文件,输出是polished的contig。Flye同时也有针对微生物组装的模式。 一、安装 1.conda...