问题 如何从重测序的原始数据中提取某个基因序列？

请问老师，手里有很多样本的重测序数据，想把某个基因的序列全部提取出来，是可以直接从比对文件中，按照染色体的位置提取？还是说可以根据基因ID进行提取呢？我知道vcf文件是不可以的，vcf文件里是SNP的信息。

问题 不同版本的基因组中基因ID会有变化吗？一样吗？

不同版本的基因组中基因ID会发生变化吗？

问题 老师，在泛基因家族分析结构变异的基因注释中，提取vcf文件有用信息列，$14是哪个

老师，在泛基因家族分析结构变异的基因注释中，#使用ANNOVAR对结构变异进行注释awk -F"\t|;" '{if($0!~/^#/)print $1"\t"$2"\t"$14"\t"0"\t"0"\t"$5"\t"$9}' all_merge.vcf > all_merge.input该指令中，第三列的终止位置是怎么得到的，在老师的all_merge.vcf...

问题 基因家族中的真假基因

各位老师请教一下： 利用HMM模型搜索到的基因，怎么判断是真基因还是假基因呢？

问题 利用gff文件提取基因结构时，运行完程序，遇到如图所示的问题，老师能给解答一下吗？下面图使用老师视频中拟南芥中的数据做的，结果如图

perl /home/manager/workspace/GbRLCKVII/gene_structure/script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt -in2 Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -out gene_exon_info.gff

文章 阿里云短信发送API笔记

...脚本： # -*- coding: utf-8 -*-import sysfrom aliyunsdkdysmsapi.request.v20170525 import SendSmsRequestfrom aliyunsdkdysmsapi.request.v20170525 import QuerySendDetailsRequestfrom aliyunsdkcore.client import AcsClientimport uuidimport datetime import timefrom aliyunsdkcore.profile import region_p...

文章 使用Dockerfile制作生物信息分析基础镜像

使用 Dockerfile 定制镜像 从刚才的 docker commit 的学习中，我们可以了解到，镜像的定制实际上就是定制每一层所添加的配置、文件。如果我们可以把每一层修改、安装、构建、操作的命令都写入一个脚本，用这个脚本来构建、...

问题 关于转录组结果分析视频中FPKM值的意义

老师您好在无参转录组视频基因表达分析的学习中，碰到了FPKM和TPM值，有等于0的，也有大于1，甚至大于10的， 请问这代表什么意思？ 我的理解是：大于0表示基因表达，值越大表达水平越高，请问老师，这样理解可以吗？

问题 基因的共线性分析

...还是需要前后扩展部分序列？ 2、如果要做共线性分析，用MCscanx能用自己创建的蛋白序列文本进行吗？我应该怎么做？

问题 学习有参转录组分析中遇见的问题

老师，您好，我在做转录组有参分析的过程中，跟着老师的步骤操作，但是第一个问题就难住了我，我在使用hisat2_extract_splice_sites.py的时候，系统提醒这个命令找不到，如图片所示，这是怎么回事呢？我用的是Linux系统虚拟机操...

问题 treemix中按照课程操作cat w.sh，提示没有这个文件

treemix，按照课程中，一步一步操作，cat w.sh，提示没有这个文件。 该怎么处理

问题 转录组结果中如何挑选自己关心的基因？

问题 linux中无法显示share文件夹

问题 NCBI上传数据中的libraryID是什么？

问题 怎么辨别鉴定的家族成员中是否有假基因？