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问题 .errorbar出图调整

老师请教一下在10.function_picrust这里出图之后发现大量的图数值重叠，p值显示不全，能不能进行调整或者出图代码添加美化的修饰，请老师指教

文章 Evolview：设置标签的装饰

...方法： [1].   新建一个项目，使用新的进化树“(A:0.1,(B:0.2,(C:0.3,D:0.4)100:0.05)100:0.1)90:0.43;”。 [2].   点击Annotation upload → upload data for leaf label decorations，在data文本框输入“A triangle,red”并提交。 [3].   结果展示如下 命令...

问题 TCGAbiolinks包

你好，我遇到了跟你一样的问题Downloading genome information (try:0) Using: Human genes (GRCh38.p13) 错误: $ operator is invalid for atomic vectors 请问怎么更新R包解决呢？

问题 Fasttree构建进化树关于文件格式转换。

run_pipeline.pl -Xmx30G  -SortGenotypeFilePlugin -inputFile $vcf  \     -outputFile clean.sorted.vcf.gz -fileType VCF run_pipeline.pl  -Xmx5G -importGuess  clean.sorted.vcf.gz  \     -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter 请问老师，在构建进化树时第一步...

问题 超大的文本文件如fasta，fastq文件在windows中如何打开

1.7G的fa文件用什么工具可以打开，editplus和notepad++都打不开。

问题 DNA甲基化测序为什么比重测序贵那么多？

最近想做些DNA甲基化的实验，就找之前做重测序的公司询价，但是报价高了好多，每G数据量价格差不多翻倍了，他们的销售也说不出所以然，请问这个情况正常吗？

文章 Perl去除一个数组中的重复元素

my @array = ( 'a', 'b', 'c', 'a', 'd', 1, 2, 5, 1, 5 );  my %saw;  @saw{ @array } = ( );  my @uniq_array = sort keys %saw; #@array 是要去重复的数组，@uniq_array是去重复后的数组

文章 linux设置磁盘自动挂载

[root@ruo8h2pmn5wly9 ~]# cp /etc/fstab /etc/fstab.bak [root@ruo8h2pmn5wly9 ~]# blkid /dev/vdb1 /dev/vdb1: UUID="468f89f6-32b7-432f-bd98-34d6fd8ad375" TYPE="ext4" PARTUUID="10b911a3-01" [root@ruo8h2pmn5wly9 ~]# echo UUID=468f89f6-32b7-432f-bd98-34d6fd8ad375 /data ext4 defaults 0 0 >> /etc...

问题 MCscan运行问题：ZeroDivisionError: float division by zero

... ratio = span / totalZeroDivisionError: float division by zero 我得几个文件是 layout # y, xstart, xend, rotation, color, label, va,  bed .6,     .1,    .8,       0,      , ZM, top, ZM.bed .4,     .1,    .8,       0,      , SB, top, SB.bed# edgese, 0...

文章 At core/community/optimal_modularity.c:87 : GLPK is not available, Unimplemented function call

group <-  cluster_optimal(net)   Error in cluster_optimal(net) :   At core/community/optimal_modularity.c:87 : GLPK is not available, Unimplemented function call Execution halted 解决办法： 在使用igraph的测试用例时，发生GLPK相关的报错：&gt; g <- make_g...

文章 TCGA中癌症的名称，简写和中文名称

...称 中文名称 ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质癌 BLCA Bladder Urothelial Carcinoma 膀胱尿路上皮癌 BRCA Breast invasive carcinoma 乳腺浸润癌 CESC Cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma 宫颈鳞癌和腺癌 CHOL Cholangi...

问题 blast2go本地化过程中，导入数据库不全，请问老师是哪一个数据库出了问题？我还想要一份无参GO注释的流程或者手册之类的，谢谢

老师，我按照网上的流程（https://www.plob.org/article/6113.html）进行blast2go本地化，执行以下命令后，我的b2gdb这个文件下并没有作者显示的这么多，请问是哪一个数据库我导入出了问题？有没有无参GO注释的流程或者手册之类的推荐...

问题 关于鉴定基因家族成员

...请教一下，在保守结构域鉴定基因家族成员时候，对于AB这个大家族他有A和B两个保守结构域，AB大家族的AB-C亚家族还有一个C保守结构域，但是我用C保守结构域的PFAM号去鉴定基因家族成员时，出现了只有C保守结构域但是没有AB...

文章 agilent表达谱芯片注释信息提取

...仅使用Cy3的单色芯片，数据上比较混乱，而GEO中提供的GPL信息文件格式和affymetrix  、illumina 的表达谱芯片对应的GPL格式差别较大，虽然格式整齐，并不完全规范（相对于直接利用GEOquery下载芯片注释文件而言）。 2、若直接下...

文章 木薯KUP基因家族分析-基因组质量差也挡不住基因家族鉴定分析

...。尽管如此，作者还是通过基因家族的分析与鉴定发了一个不错的文章（IF=3.394）。所以此篇文章对于没有组装到染色体水平的物种进行基因家族具有借鉴意义，下面一起看下这篇文章内容！ KUP基因家族简介及分析意义： 钾...