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文章 R语言-文件行名重复，对行名重命名

...count + 1 + if (count &gt; 0) { + rowname[j] = paste0(uniname[i], ".", count) + } + } + } + } &gt; rownames(d) <- rowname 参考： https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/16325320.html https://www.jianshu.com/p/10733715536f

文章 feature 重要性排序棒棒糖图

...第一次运行，请取消下面两行的注释并运行安装# install.packages("ggplot2")# install.packages("dplyr")# install.packages("data.table")  # 用于 fread# ================== 2. 加载所需库 ==================library(ggplot2)library(dplyr)library(data.table)  # 使用 fread 读取...

文章 Perl 入门 之 context 标量上下文与列表上下文

...最独特的特性就在于 它的代码对于上下文是敏感的。 每个perl的表达式要么在 scalar 上下文中求值，要么在列表上下文求值 my $scalar = "mendeleev"; #赋值 标量上下文 my @array = ("Alpha", "Beta", "Gamma", "Pie"); #列表上下文 my ($perl, $pytho...

问题 运行代码的时候出错，我确认文件都存在，报错代码如下所示

 Rscript $scriptdir/compare_errorbar.r -i $table \ &gt;     -m $metadata -t groupb \ &gt;     -a low -b high \ &gt;     --daa_method $m \ &gt;     --p_values_threshold 1 \ &gt;     --top 20 \ &gt;     -o compare_errorbar --prefix low_vs_high_L6 --&gt; Q&amp;A for bioinforma...

问题 gff文件基因名重命名

老师您好，我想把我的gff文件中的文件名修改成下图格式，怎么操作？"物种简称_染色体号_000001" gene为G，其他为T

文章 对vcf文件排序

部分软件使用vcf时，需要vcf文件是排序过的。可以使用Tassel软件的run_pipeline.pl来排序。 命令如下： run_pipeline.pl -Xmx20g -Xms1G -SortGenotypeFilePlugin -inputFile snp.vcf -outputFile snp.sort.vcf -fileType VCF 以上命令即可对vcf文件就行排序。

文章 蛋白质定量—MaxQuant软件的使用

...和样本，Group（指不同的实验，如label/SILAC同时进行即为2个Group0和Group1，一般跑一个就可以）；组特定参数：Group参数的设置，一般只是Group0；性能：显示正在运行的具体步骤和动态；可视化：数据可视化模块， 能在labelfree定量...

问题 在进行KAKS计算时出现不报错，但结果文件是空的现象

manager@bl8vbox[dupl-id1] /home/manager6/KaKs_Calculator2.0/KaKs_Calculator2.0/bin/Linux/KaKs_Calculator -i 2.axt -o kaks2.txt<br&gt;Method(s): MA<br&gt;Genetic code: 1-Standard Code<br&gt;Please wait while reading sequences and calculating...<br&gt;manager@bl8vbox[dupl-id1]  这是无...

问题 关于annover建库问题

...ot@108189d98d67  07:48:18 /work/my_reseq/ref]# sh index.sh pearref.fa peargff.gff REF: pearref.fa GFF: peargff.gff GTF: build Index  start: RNN CMD:samtools faidx pearref.fa RNN CMD: picard CreateSequenceDictionary R=pearref.fa O=pearref.dict INFO    2024-04-21 07:49:38     CreateSeq...

问题 我在使用SSR引物设计时，使用课程视频里面的脚本和示例文件，跑出来的结果文件里面是空的，提示好像是路径的问题？

...我反复对比视频内容发现视频里的镜像omicsclass/reseq是8.76G,目前镜像更新后的版本是13.8G,会不会是镜像更新后出现了Bug，希望能够得到解答，错误提示在文字最后面。 SEQUENCE_TARGET=201,10 SPRIMER_TASK=pick_detection_primers PRIMER_PICK_LEFT_P...

文章 rocks7 SGE任务管理配置

...时候，为了进行并行化计算，需要设置并行化参数。 /opt/gridengine/bin/lx-amd64/sge_execd 启动计算节点SGE 1.常用命令: systemctl start rpcbind nfs-serversystemctl enable rpcbind nfs-serversystemctl disable iptables.servicenetstat -lntup|grep sge 2.主节点，...

文章 非小细胞肺癌（GSE123904）

数据下载： wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE123904&amp;format=file" -O GSE123904_RAW.tartar xvf GSE123904_RAW.tar 准备map.txt文件： LX653PRIMARY_TUMOURLX676PRIMARY_TUMOURLX682PRIMARY_TUMOURLX699METASTASISLX661PRIMARY_TUMOURLX255BMETASTASISLX682NORMALLX7...

问题 在SNPcalling结束后进行合并gvcf文件的时候发现文件里只有双亲的信心，核查发现两个子代的gvcf文件的表头中两个池的名字都是感亲的名字这个怎么修改

...gvcf文件的时候发现文件里只有双亲的信心，核查发现两个子代的gvcf文件的表头中两个池的名字都是感亲的名字这个怎么修改？或者是哪里出现了问题？ 四个文件并不一样大小 感病亲本 子代感池，名称那一栏，子代的名...

问题 利用gff文件提取基因结构，结果文件是空的

... $opts{out} failed\n";my %gffs;while (<IN1&gt;) {chomp;next if /^#/;my @b = split/\st/, $_;$gffs{$b[0]} = 1;}#print Dumper(\%gffs);while (<IN2&gt;) {chomp;next if (/^#/);my @a = split /\t/, $_;next if $a[2]=~/exon/i;if ($a[2] =~/^mRNA$/i or $a[2] =~/^transcript$/i ) {($id1) =  ($a[8] =~ m/ID=...

问题 关于差异表达基因倍数

我在看差异表达基因数据表时发现一个问题，两个基因在a组为0，在b组分别为30和209，但差异倍数的log2的值却分别为8.577和3.790？请问这是怎么回事？