#设置基因组文件名字变量 genome=Gura_genome.fa gff=Glycyrrhiza_uralensis_Fisch.gene.gff species=Glycyrrhiza_uralensis_Fisch #保留蛋白编码基因 agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff $gff --attribute biotype --value protein_coding -t '!' -o $species.protein_codin...
...要应用DevOps精益分析的理念实践。精益分析，本质就是对数据的统计、分析与挖掘。01、数据获取精益分析所涉及的数据应从需求提出到用户访问形成一个端到端闭环。数据的获取需要从业务系统本身以及支撑业务系统的CORNERSTON...
...之前的部分都是格式声明，照抄即可。之后就是添加圆环数据，数据分两列，第一列为原始标签，第二列是圆环对应颜色，之间以Ta空格分隔。准备好数据后就可以加到进化树中了。 此外，我们在网易云课堂上有各种教学...
...是pubmed的高级功能可能很多人还不知道->那就是自定义筛选条件：最好的应用就是将文献按照影响因子进行分类，如下图所示： 做到这个只需简单三步就能完成： 注册NCBI账号 ：（如果有账号直接登录）https://www.ncbi.nlm...
小提琴图(Violin plot)可以用来展示多组数据的分布状态以及概率密度，这种图表结合了箱线图和密度图的特征，常用于生信分析中。 例如：2021年发表在Briefings in Bioinformatics上的一篇影响因子为11.62的文献为例，该文献中大量运用...
...章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提...
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官方使用说明：http://resources.qiagenbioinformatics.com/tech-notes/HGMD_Tech_Note.pdf 但是我们需要转换一下，使ANNOVAR能够支持vcf批量注释，转换perl脚本如下： perl ./prepare_hgmd.pl HGMD_PRO_2016.4_hg19.vcf hg19_HGMD_PRO_2016.4.txt my ($dbfile) = $ARGV[0];my ($o...
...，通过影响相关基因的表达促进肿瘤发生。在肿瘤单细胞数据分析过程中，肿瘤细胞类型的注释可通过tumor related marker gene的表达情况(是否高表达)做出判断。而inferCNV可以从拷贝数变异的角度进一步验证肿瘤细胞类型的注释。 ...
proovread 是在2014年发表在Bioinformatics 上的一款Pacbio序列纠错软件，其基本的原理是利用高准确度的二代短序列，不停的迭代比对，对pacbio的序列进行纠正。 目前该软件已经在github 上公开,并不断的更新。 1. 软件的安装 安装方...