...章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提...
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小提琴图(Violin plot)可以用来展示多组数据的分布状态以及概率密度，这种图表结合了箱线图和密度图的特征，常用于生信分析中。 例如：2021年发表在Briefings in Bioinformatics上的一篇影响因子为11.62的文献为例，该文献中大量运用...
Pacbio三代全长转录组采用isoseq3 进行了转录本的筛选，聚类和校正之后得到高质量的转录本序列，可以对序列再进行一定的合并操作。 采用cDNA_Cupcaake 文档中提供的cd-hit方案，运行命令如下： cd-hit-est -i <input> -o <output> ...
官方使用说明：http://resources.qiagenbioinformatics.com/tech-notes/HGMD_Tech_Note.pdf 但是我们需要转换一下，使ANNOVAR能够支持vcf批量注释，转换perl脚本如下： perl ./prepare_hgmd.pl HGMD_PRO_2016.4_hg19.vcf hg19_HGMD_PRO_2016.4.txt my ($dbfile) = $ARGV[0];my ($o...
...，通过影响相关基因的表达促进肿瘤发生。在肿瘤单细胞数据分析过程中，肿瘤细胞类型的注释可通过tumor related marker gene的表达情况(是否高表达)做出判断。而inferCNV可以从拷贝数变异的角度进一步验证肿瘤细胞类型的注释。 ...
proovread 是在2014年发表在Bioinformatics 上的一款Pacbio序列纠错软件，其基本的原理是利用高准确度的二代短序列，不停的迭代比对，对pacbio的序列进行纠正。 目前该软件已经在github 上公开,并不断的更新。 1. 软件的安装 安装方...
老师： 您好！我想做基因芯片方面的数据挖掘，是新手；但是看了一下芯片数据，探针对应的基因似乎不全，请问这种数据真的能使用吗？有价值吗？ 这是用R语言做的芯片图：
老师，您看这条基因GnomonmRNA41473094172711.-.ID=rna-XM_038109278.2;Parent=LOC105391084;Dbxref=GeneID:105391084,Genbank:XM_038109278.2;Name=XM_038109278.2;experiment=COORDINATES: polyA evidence [ECO:0006239];gbkey=mRNA;gene=LOC105391084;model_evidence=Supporting evidence includes similarity ...