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文章 gdc-client 下载TCGA数据

...下载链接 https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 2. GDC网站筛选下载的数据  通过GDC 网站上筛选需要下载的数据，形成Manifest文件，将该文件下载下来。这个文件只是记录需要下载文件的名称，需要采用GDC Data Transfer Tool ...

文章 KEGG数据库-pathway对应基因的注释信息下载

...gg.jp/list/pathway 通过该API ，可以获得所有pathway的列表。 2.  pathway 上有那些KO （KEGG 中的ID编号） 访问的API地址是： http://rest.kegg.jp/link/ko/map00010 其中map00010 就是对于的pathway 图的编号，通过遍历所有的pathway ,就可以kegg 数据库...

文章 Python虚拟环境解决不兼容问题

...ualenv是什么？ Virtualenv 是Python中的虚拟环境管理工具。 2. 如何安装Virtualenv？  安装Vitualenv 非常的简单，使用pip 安装即可： $ pip install virtualenv 3. 如何使用Virtualenv ？  # 创建虚拟环境 $ pwd /Users/zhangqiuxue # 查看一下当前的pyt...

文章 docker 中vi vim显示颜色配置

...回车后自动缩进set autoindent set cindent set cinoptions={0,1s,t0,n-2,p2s,(03s,=.5s,>1s,=1s,:1s # nu用于显示行号set nu # ts用于设置tab键表示的空格数set ts=4# colorscheme用于选择配色方案 colorscheme desert 或者可以在总的配置:所有用户有效   vim /e...

文章 比较3种差别表达方法对TCGA转录组数据的分析

...都是采用edgeR 软件包进行的分析， 有学员问我，采用DESeq2 和limma 的方法也可以进行差异表达的分析。当然，这两个软件也是可以进行差异表达分析，关键点是，这三款软件对同样的数据进行差异表达分析，差别有多大。 我们...

文章 perl中while循环+each函数遍历哈希易错点

...t;){my @line = split("\t",$_);my ($chr,$start,$end) = split(/[\:\-]/,$line[2]);while(my($key,$value) = each %region){my($a,$b,$c) = split(/[\:\-]/,$key);next if($a ne $chr);print "1\n" if($line[0] eq "BjuB010898");if(($start >= $b) && ($end <= $c)){print OUT $_;last;}}} 主要就是...

文章 IF=29|苔藓植物的超泛基因组分析

“ 苔藓植物全世界约有22000种。迄今为止，55个苔藓植物目中只有8个进行了基因组测序，为了进一步了解陆生植物基因组进化过程，这篇文章测序、组装并注释了123个高质量且高度完整的苔藓植物基因组，从而对苔藓植物进行...

文章 超快的文件传输软件trzsz

...z 然后如果是windows用法和lrzsz差不多,直接trz,tsz就行 iTerm2 -- 参考 Trzsz-iTerm2 安装文档。tabby -- 安装 tabby-trzsz 插件即可。electerm -- 升级到 1.19.0 以上的版本即可。ttyd -- 升级到 1.7.3 以上的版本，并且启动时加上 -t enableTrzsz=true，非...

问题 诱变材料且以自交M6代，可不可以采用 QTL-seq 的方法来定位到基因？

以上 2 张图片是我在网上搜索得到的关于 QTL-seq 原理。但是为什么诱变得到的材料，就不能够用 QTL-seq 来分析？ 我说获得的 EMS 诱变材料已经是自交 M7 代的材料了，也不能用 QTL-seq 来分析么？因为 Mutmap 方法需要自交，所以感...

文章 ncbi sra数据批量下载

...文件直接传给prefetch，类似 prefetch --option-file sra_ids.txt 2，我这边网络不知道咋回事，进刚才那个页面特别慢，因此再分享一个服务器里直接操作的方法，这个需要你服务器里有perl 先下载安装  E-utilities 这个。 网址： https://ww...

文章 java 安装以及环境变量配置

...，所以可能会报错，因此推荐下载JDK8： 注意windows x86为32位，x64为64版本，注意和自己的操作系统匹配。 https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/ 查看自己操作系统是32还是64： 安装很简单，一直下一步就好了；记住自己的...

问题 sam 转换成bam 格式并排序时，没转换成功。reads 与基因组进行比对map这里出错。

...mary，结果如下： 好生奇怪，不知那里出错？ 提示hisat2-align exited with value 1。  这个问题怎么解决？

文章 利用bedtools统计VCF文件中各染色体不同区域中的变异数量

...chr01   44488843        7       44488843        44488844chr02   38522657        44488858        38522657        38522658chr03   34302425        83011523        34302425        34302426chr04   31904921        117313956       31904921        3190...

文章 win11/win10安装最新版本的docker

新版Docker的安装依赖：WSL2 同时对Windows系统版本要求： Win11家庭版： 21H2及以上版本 Win10 家庭版： 20H2及以上版本 (Win11或win10其他版自带WSL2，比如专业版，自带WSL2可以直接安装docker，如果电脑系统较老，安装Hyper —V） WSL2：...

文章 NCBI上下载参考基因组信息

...息，就会显示如下 Taxonomy 页面下面就可以下载： 2.下载其他版本，可点击如下两个地方都可以： 进入下面的这个界面，有不同组装完整的筛选，系统会自动为我们筛选比较好的基因组，一般来说我们选择level这一列...