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文章 综合转录组学和代谢组学分析揭示了菜豆响应冷胁迫的关键调控网络

...了冷胁迫对照处理3天后093CK、093T、120CK和120T四组植株的净光合速率 (Pn)、蒸腾速率 (E) 、气孔导度 (C)和MDA浓度。                b. 得出结论：在冷胁迫处理下，两品种植株的净光合速率、蒸腾速率、气孔导度都有明显降低...

问题 借助转录组辅助基因组注释

...fasta.clean -u all_transcripts.fasta --CPU $threads --ALIGNERS blat,minimap2 --TRANSDECODER --TDN tdn.accs --MAX_INTRON_LENGTH 1000000 这步时报错， minimap2 TRINITY_GG_8151_c3_g1_i1 122192 1151017 chr9_RagTag 1 + ? OK 30632781-30633198 99.8 100 41716.4 orient(a+/s?) align: 30632781(1)-306...

问题 用hisat2软件建立index为什么要先制作splicesites.tsv和exons.tsv文件

老师给的命令 hisat2_extract_splice_sites.py chr22_with_ERCC92.gtf > splicesites.tsvhisat2_extract_exons.py chr22_with_ERCC92.gtf > exons.tsvhisat2-build -p 8 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv chr22_with_ERCC92.fa chr22_with_ERCC92 请问这样比直接 hisat2-build好在什么...

问题 GWAS分析绘制QQ图时，Observed值与Expected值相差较大

...想请教您个问题，我有两年数据，两年合在一起的数据和20220年数据分析正常，但是2025年的数据分析异常，用tassel分析了一般线性模型和混合线性模型，用GEMMA做了一般线性模型，结果都如图所示，运算脚本 tassel GLM模型：ohup ru...

问题 关于基因受选择计算

...--vcf sample.vcf --weir-fst-pop population_1.txt --weir-fst-pop population_2.txt --out P_1_2 --fst-window-size 10000 --fst-window-step 1000 然后选取结果中top1%的区段和我基因区段做overlap，然后去看是否受到选择是对的么？ 另外，如果用π和tajimaD都是需要分...

问题 三代纠错软件lordec安装问题

...usr/local/HDF_Group/HDF5/1.8.18/examples": No such file or directory make[2]: *** [install] Error 1 make[2]: Leaving directory `/home/LTT/install/lordec-src_0.9/gatb-core-1.4.1/gatb-core/build' make[1]: *** [gatb_v1.4.1/include/gatb/gatb_core.hpp] Error 2 make[1]: Leaving directory `/home/LTT/in...

文章 bedtools统计序列中碱基含量

...，其具体用法如下： Tool:    bedtools nuc (aka nucBed)Version: v2.25.0Summary: Profiles the nucleotide content of intervals in a fasta file.Usage:   bedtools nuc [OPTIONS] -fi <fasta> -bed <bed/gff/vcf>Options:        -fi     Input FASTA file        -bed    BED/GF...

文章 TCGA数据单因素cox生存分析

...fml, exprSet) cox_sum <- summary(gcox) HR <- round(cox_sum$coefficients[,2],2) PValue <- round(cox_sum$coefficients[,5],4) CI <- paste0(round(cox_sum$conf.int[,3:4],2),collapse='-') Uni_cox <- data.frame('Characteristics' = x, 'Hazard Ratio' = HR, ...

问题 我共线比对结果就这么点是为什么

...TCH_SIZE: 5# GAP_PENALTY: -1# OVERLAP_WINDOW: 5# E_VALUE: 1e-05# MAX GAPS: 25############### Statistics ################ Number of collinear genes: 12, Percentage: 0.05# Number of all genes: 23995############################################ Alignment 0: score=277.0 e_value=0 N=6 NW_014685782.1&N...

文章 PASA 记录

...用准备文件： 1. genome.softmasked.fa # 软掩码之后的基因组2. all_transcripts.fasta  # 有参、无参的转录组预测转录本；以及est.fa序列3. all_transcripts.fasta.clean # 2的序列进行seqclean过滤之后的结果4. FL_accs.txt # 全长转录本序列的ID名称5. t...

文章 Linux Shell 编程基础 简化自己的工作批量运行命令

...言叫做：Shell 脚本，这个脚本语言可以帮助我们简化很多工作，例如批量运行一些命令等，所以还是很有必要学习它的基本用法的，一个简单的 hello.sh 脚本像下面这样。 #!/bin/bash echo "Hello World" 第一行 #!/bin/bash 标识该 Shell...

问题 (ERR): "--dta" does not exist Exiting now ...为什么hisat2有这个选项却报错

...ta所以跳过质控直接做map,修改了代码如下 for i in SRR9113321 SRR9113322 SRR9113323 SRR9113324 SRR9113325 SRR9113326 SRR9113327 SRR9113328 SRR9113329 SRR9113330 SRR9113331 SRR9113332 SRR9113333; do echo "RUN CMD: hisat2 -p 1 --rg-id=${i} --rg SM:${i} --rg LB:${i} --rg PL:ILLUMINA \ ...

文章 Centos7下Rstudio-service配置教程

...sit.co/download/rstudio-server/ root账号安装： wget https://download2.rstudio.org/server/centos7/x86_64/rstudio-server-rhel-2022.07.2-576-x86_64.rpm sudo yum install rstudio-server-rhel-2022.07.2-576-x86_64.rpm 启动R 服务： rstudio-server start #启动RStudiorstudio-server status #...

问题 kneaddata做质控的时候，服务器卡死了，用trimmomatic+bowtie2分开跑是可以的吧

tail -n+2 $datafile/metadata_WBBW_all.txt | cut -f1 | rush -j 4 'java -jar /share/work/biosoft/Trimmomatic/Trimmomatic-0.39/trimmomatic-0.39.jar PE \   -threads 6 \   "$datafile"/{}_1.fq.gz "$datafile"/{}_2.fq.gz \   "$workdir"/1.host_del_and_qc/kneaddata/{}_forward_paired.fq.gz "$workdir"/1.h...

文章 在使用miRDeep进行miRNA预测的时候报错

...NA成熟序列；Rhi_hairpin.fa 是物种miRNA前体序列； perl miRDeep2.pl Total_reads_collapsed.fa GCA_000334115.1_Rhisol_AG1IA_1.0_genomic.fa Total_reads_collapsed_vs_genome.arf none -d  -g 100000 -l 500  -m 11 -v -P -n d 报错： The debug file is called error.output.mrd_04_09_2023_t_1...