问题 MCSCANX分析和串联重复分析

...我后来想了下可能没有说清楚，是这样子的： 课程里的筛选串联重基因的步骤和脚本是筛选到的同源基因吧？例如在200Kb以内是串联重复，不在就是片段重复，这种理解对么？ 我是用circos作图，其中的text.txt文件我是用的筛选...

问题 想问一下用做药物作用后的itraq标记质谱分析蛋白的变化？对照组是113和114，实验组是115,116,117，那如果得到了115/113,116/113,117/113,115/114,116/114,117/114这些都是实验组与对照组倍数变化fold change 以及他们对应的p值，那我怎么用，筛选的时候要用这六个比值的均值吗？还是有其他的筛选办法？还有六个p值应该如何来筛选？

问题 Blast分析筛选不到串联重复基因

我按照课件上的内容进行Blast分析串联重复基因，没有筛选得到串联重复基因。把比对的结果导出来后，找到我的基因家族的基因全长，通过计算发现相对于较长基因的比对率都很低，然后发现我的cds文件并不是基因的CDS，而是m...

文章 内参基因的筛选

...研究的细胞和组织类型以及实验要求，从多种内参基因中筛选出适合自己实验的稳定表达的内参基因，同时也可以选择多内参基因的研究方法，设置两个或两个以上的内参基因，取均值后校正目的基因，从而得到更可靠的结果。...

文章 seqkit | 对fa序列文件中序列长度进行筛选

seqkit seq -m 50 XX.fa > XX1.fa 将XX.fa文件中序列长度低于50的序列删除

问题 如何筛选两个种群（亚种）的保守差异基因？

老师您好。我最近想要筛选出两个种群（亚种）之间存在保守差异的基因，以此从基因层面快速鉴定两个种群。请问有什么方法可以做到？或者有哪些课程的内容涉及这部分？谢谢！两个种群的全基因组都测了。

文章 awk筛选差异基因

... FDRgene1 1 0.001gene2 -1 0.001gene3 1 0.001gene4 2 0.0001 筛选条件：log2fc的绝对值大于1，FDR<0.05 命令： awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if(FNR==1) print $0; else {abs_log2fc=($2<0?$2*(-1):$2);if(abs_log2fc>=1 && $3<0.05) print $0;}}' de_gene.txt $2代...

文章 vif.cca 筛选环境变量：VIF是非常有用的指示符，表明数据集中存在多重共线性。 它不能很好地指示应从模型中删除哪个预测变量。

原文地址： https://quantpalaeo.wordpress.com/2014/04/14/variance-inflation-factors-and-ordination-model-selection/ Variance inflation factors and ordination model selection Posted on 14/04/2014by richard telford Variance inflation factors (VIF) give a measure of the extent of multico...

问题 基因组组装没有染色体水平情况下能否做串联重复基因筛选和圈图

我现在正在从事研究的物种基因组组装只到scaffold，没有染色体水平，请问这种情况下能否进行串联重复基因筛选及其圈图的绘制

问题 阈值筛选关联的SNP，并生成bed文件空白

bed文件为空白，是否说明在规定阈值下，无有效位点。 glm_pvalue.txt pvalue.bed文件空白

问题 转录组测序中差异基因过多时可以进一步筛选阈值么？

问题 基因家族筛选结果只有一个，是需要改改条件吗还是怎么样

问题 关于TCGA的下载，学了课程还是遇到点问题，求老师指点

...不会用了。 我是要结肠癌和直肠癌，并且要腺癌的样本数据，有点复杂，这是我网页筛选条件，代码不知道怎么写。 看了论坛里老师筛选原发位点的帖子 我想先根据原发位点筛一下 > library(GenomicDataCommons) > resp = cases...

问题 lasso cox 进一步筛选预后基因（排除共线性），简化模型

出现该错误，如何解决？

问题 genefilter包中的nsFilter能对基因进行筛选么？还是只能处理探针？