WGCNA中的性状数据，主要可以分成两类： 1. 数量性状的数据 数量性状的数据，不需要改变，保持原有的值即可，比如年龄，复发时间等。 2. 分类数据 分类数据，需要进行one-hot 编码。也就是说分类数据只有0，1两种值，不同...
...了GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）及其分析结果。GSEA是一种基于基因集的富集分析方法，在对基因表达数据分析时，首先确定分析的目的，即选择MSigDB中的一个或多个功能基因集进行分析，然后基于基因表达数据与表型的关联度（...
...库是资源最广、信息最丰富的蛋白质数据库，是查询蛋白功能的首选数据库。Uniprot数据库由Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大子数据库构成，数据主要来自于各物种基因组测序完成后得到的全基因蛋白质序列，并包含了很多来自文献中...
在生信分析中，经常会用到R来计算两组的相关性，常用的有psych包的corr.test()函数和Hmisc包的rcorr()函数 一、psych包的corr.test()函数 psych这个包里的corr.test()函数是可以直接计算两个数据集变量之间的相关性的，这个结果里也有...
PBS 是公开源代码的作业管理系统，在此环境下运行，用户不需要指定程序在哪些节点上运行，程序所需的硬件资源由PBS 管理和分配。 PBS 命令 PBS 提供4 条命令用于作业管理。 (1) qsub 命令—用于提交作业脚本 命令格...
请问如何将甲基化探针cg号转换为基因名？
老师您好，基于多数转录组分析功能基因的文献，大部分人都是雌雄基因一起分析，然而我们学科的导师在我毕业答辩的时候问我，为什么没有将雌雄转录组分开筛选功能基因。这个问题，也问住我了。我看绝大多数的文献都是...
为了防止代码文件出现中文乱码(windows 和linux对中文的编码不兼容)，一般在Rstudio中，都要求将文件保存为UTF-8格式，同时打开显示也要求以UTF-8格式进行显示，相应的设置方法如下： 保存文件： 进入Tools——Global Options，选...
DAVID 是一款比较方便使用的基因功能在线注释网站，能进行一些基因ID的转换，还能够进行GO，KEGG的功能注释和富集分析。 十年前，基因功能注释的软件非常的少，DAVID 非常的流行，为广大科研人员所喜爱。但DAVID却在大家的溺...
...而设计新按钮，在论文中并未涉及，是后期加上的实验性功能)、Guide(辅助线)、PlotSegment(图表分块)、Scaffold(布局脚手架)。与数据绑定的交互一致，这些按钮都遵循拖拽的方式使用。 以上面的弦图为例，简单介绍Charticulator的用...
...主要包括SNP和InDel）信息。后续几乎所有的分析内容都是基于此文件，比如进化树分析、群体结构分析、PCA分析、GWAS关联分析等等。 因此了解VCF文件格式及其记录结果的意义非常重要。VCF文件其实是文本文件，可以用Windows当中...
...法纠错、近义词替换建议、标点符号、格式、时态纠正等功能；另外该网站也可以检查文章雷同，功能很是齐全！ 网址：www.grammarly.com 7. Plagiarism Checker Plagiarism Checker网站的功能很齐全，既可以审核文件，又可以检查网页，...
...诊断和预后的关键基因呢？这里就给大家介绍一篇文献：基于共表达分析鉴定胰腺导管腺癌进展与预后的10个关键基因。 数据来源基于GEO数据库获取GSE62452数据（69癌症样本/61癌旁样本）进行共表达分析，借助TCGA数据库下载的146...
用迅雷在ncbi上下载的.sra格式文件，下载保存在了本地，如何转换为.fastq格式文件？请各位老师同学指点，谢谢！