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文章 R语言基础入门—运算符！

...算符。将第一向量的每个元素与第二向量的相应元素进行比较。比较的结果是布尔值。 运算符描述例> 检查第一向量的每个元素是否大于第二向量的相应元素。 v <- c(2,5.5,6,9)t <- c(8,2.5,14,9)print (v>t)#它产生以下结...

文章 数据分析代码2__用法

...代码，得到结果 后者使用ex调用，功能复杂一点，用法比较多不一一距离，常用于丰度估计 比如一个物种分类表然后我有名称对应的丰度表，比如显示不全，看着不对应，实际上是几万行相互对应的，我现在想知道每个分...

文章 excel批量去除单元格中的换行符

有人使用Excel时会不小心在单元格最后加个换行符，如果比较少，可以直接删掉，但是如果较多，一个个删就会很费劲。 这里有一种快速解决的方法。 1、选择要替换的单元格区域2、按CTRL+H快捷键，弹出查找与替换对话框3、...

文章 基因/蛋白序列结构图绘制-IBS的使用

...Delete：删除；Move：移动；Zoom In：放大画布；Zoom out：缩小画布；save：保存。 3. 输入蛋白质ID生成图在IBS网站首页点击FOR DATABASE，目前只支持uniprot一个蛋白数据库，可以直接搜索蛋白质的ID进行绘图，不过小编体验了一下，目...

文章 转录组如何与其他实验手段结合？（第二篇文献）

上一期，我们一起了解了积雪草苷合成过程中糖基化反应的转录组文章，今天我们来看第二篇同样以这个转录组数据为基础的第二篇SCI文章，这一次作者关注点更加细致，下面听我娓娓道来：积雪草酸是由香树脂醇α-amyrin在C-2α,...

文章 使用python绘制卡方分布函数（一）

...我们用简单的python语言来实现卡方分布的计算，这个内容比较多，分两节说，这一节主要是基础语句首先看一下定义：假设k个随机变量相互独立，且服从标准正态分布（期望为0，方差为1），则其平方和服从自由度为k的卡方分...

问题 转录组的差异基因的注释

...有可能选择的基因组没有上传到NCBI吗？如果这样的基因比较多，是否需要考虑更换基因组？ 2.在得到的全部差异基因中，按功能注释查找目的基因，可能会出来好几条差异基因，这样的情况下是不是需要把每条的核苷酸序列都...

文章 Win10家庭版也可以装Docker桌面版了！

...能选择安装步骤繁琐的Toolbox版本。为了解决这个问题，小编测试并运行成功了一个可以在win10家庭版系统上安装Docker Desktop版本的方法。请接着往下看。 1. 开启虚拟化 切记，安装Docker必须在主板BIOS中打开一下CPU的虚拟化功能...

文章 基因功能注释数据库DAVID 版本的更新情况

DAVID 是一款比较方便使用的基因功能在线注释网站，能进行一些基因ID的转换，还能够进行GO，KEGG的功能注释和富集分析。 十年前，基因功能注释的软件非常的少，DAVID 非常的流行，为广大科研人员所喜爱。但DAVID却在大家的溺...

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

基因组比对是将两个或多个基因组的序列进行比较，以寻找它们之间的相似性和差异性。这种比对可以揭示基因组之间的演化关系、结构变化、共同的基因或 序列以及可能的功能元素。基因组比对是生物信息学中非常重要的任...

文章 IF=6.68| HCC肝癌单细胞数据挖掘实践

... primary tumor cells。通过Umap聚类分析得到28个clusters。 通过比较肿瘤样本和非肿瘤样本的聚类结果发现，有些亚类细胞只在肝癌细胞中出现（clusters 8, 13, 16, and 17），其Marker基因为：HCC markers (GPC3, CD24, and MDK)。进一步通过拟时序分...

文章 可变剪切在癌症中的研究

...KM生存分析。为了评估预后模型的性能，采用ROC曲线进行比较分析；基于所有可变剪切事件构建的预测模型最优。 可变剪切显著相关基因的互作分析 由于一个基因可能存在多种类型的可变剪切形式，分别统计含有不同类型可...

问题 DANPOS3分析MNase-seq数据

利用dtriple命令比较两组数据，出现下面的报错 ValueError: math domain error R[write to console]: Warning messages: R[write to console]: 1: R[write to console]: In ppois(q, avg, lower.tail = FALSE, log = TRUE) : R[write to console]:  NaNs produced R[write to console]: 2: R...

文章 蛋白表达的影响因素及规避方法？

...传递到RNA再到蛋白。那么影响蛋白表达的因素有哪些？又如何规避呢？   影响蛋白表达的因素主要有：   1、载体构建错误 这个是很多克隆新人常犯的错误，在克隆时弄错读码框，从而导致蛋白不表达。蛋白表达载体构建正...

文章 hmmsearch寻找相似序列

...hmm Zea_mays.AGPv3.24.pep.all.fa 输入文件PF01535.hmm为HMM模型。 比较序列文件可以是FASTA格式。 --domtblout：domtblout格式输出 结果如下图： 结果按照E-values值从小到大排序，形式与blast类似。 其中target name是每个目标序列的名称； ...