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文章 ftp链接登陆下载文件

...用户名和密码即可 ③. 查看：进入到该ftp界面： 2. linux系统 ①. 安装：安装ftp客户端 sudo yum -y install ftp ②. 连接：输入ip连接后根据提示依次输入用户名和密码 ftp IP地址ftp> ③. 下载：dir查看文件夹，get下载，mget批...

文章 tar.gz 文件很大，但是我只想要其中的一个文件，如何指定解压对应的文件

...在压缩包里面所在的路径就行： tar zxvf file.tar.gz report/2.assembly/unigene.fa 顺便学一个，如何知道压缩包里面有哪些文件： tar -tf  file.tar.gz

文章 fastq文件转换成fasta 文件perl

die "perl $0 <fq1><OUT1>" unless(@ARGV==2);use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;open my $FQ1 ,"zcat $ARGV[0] |" or die "$!";my$fq1=Bio::SeqIO->new(-fh=>$FQ1,-format=>'fastq');open my $GZ1 ,"| gzip > $ARGV[1]" or die $!;my$fqo1=Bio::SeqIO->new(-fh=>$GZ1,-format=>'fasta');m...

文章 转录组的3种分析模式

... 基因或转录本表达定量 差异分析和功能富集分析 2. 有参，只分析已知的基因或转录本 针对有参考基因组和详细基因注释信息的物种，比如人，小鼠，拟南芥等，如果只是分析已知的基因或转录本，可以直接基于转录本...

文章 GSEA分析需要的文件及格式

...GSEA分析时候，需要四个文件： 1、基因表达数据文件； 2、表型数据文件； 3、功能基因集文件； 4、芯片注释文件； 这四个文件只需要分析者提供前两个文件即可，因为GSEA网站已经给大家准备了功能基因集文件及芯片注释...

问题 从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析出

1.按照水稻的文章在Rice Resource Center获取了33个水稻的基因组文件 2.使用cat ../id.txt|while read ind;do ；agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff.gz -o ./${ind}.longest_isoform.gff获取longest_isoform.gff发生报错

文章 使用filezilla无法上传或者下载数据的常见问题解决方案

...是否正确？组学大讲堂的主机地址是：sftp://omicsclass.com 2、检查密码是否正确，复制密码后可以先贴到任一文本框里（比如浏览器搜索栏或者微信聊天框）检查复制的密码，看看是否多了空格，这是特别常见的错误 3、检查端口...

文章 一分钟让你学会PDCA循环项目管理模式

...环式的CEO会议，有四个步骤： 1. 根据现状找出问题； 2. 根据问题找出原因； 3. 确定主要原因； 4. 针对主要原因，提出CEO。 大部分人很熟悉这几个步骤。但是，一个PDCA循环式的CEO，一定要有「Who do What by When」，也就是...

文章 Rocky 9.1修改IP地址

...你的连接名称，可以通过运行 nmcli connection show 查看。 2.进入编辑模式后，你可以使用如下命令来设置新的IP地址、子网掩码和网关： nmcli> set ipv4.addresses 192.168.1.100/24nmcli> set ipv4.gateway 192.168.1.1nmcli> set ipv4.dns 8.8.8.8 这...

问题 请问老师我跟着重测序课程做到了VCF过滤这步,是不是三种方法任意使用一种方法过滤就好.

#过滤1：gatk VariantFiltration   #过滤2：vcfutils.pl  #过滤3：vcftools  请问老师这三种工具是不是选择任意一种进行就好,还是按照课程这三步骤都要运行一遍.

文章 R语言绘制维恩图空值NA处理

...t",check.names=FALSE,fill=T,na.strings="")colnames(All_DEG_venn)<-c("DAF2 vs GDAF2","DAF5 vs GDAF5","DAF11 vs GDAF11","DAF16 vs GDAF16") #去除数据中的NA，以免多计数 All_DEP_ID=apply(All_DEG_venn,2,na.omit)datav<-Venn(All_DEG_venn)plot(datav,doWeight=F,type="ellipses")

文章 群体遗传进化PCA分析

... -i plink_pca.eigenvec -f $GROUP -g group --name plink_pca #方法2： ## smartpca分析PCA vcf2smartpca.py --vcf  $workdir/00.filter/clean.sorted.vcf.gz -q 20 -g $GROUP -p passing_snps_q20 smartpca -p par.passing_snps_q20 > passing_snps_q20_logfile.txt  #绘图展示 smartpca...

文章 subset_column.r 根据ID列表，取对应列的数据：

...要处理的表格，第一列会都成行名 TCGA-D7-A74A-01A-11R-A32D-31 TCGA-BR-7704-01A-11R-2055-13 TCGA-VQ-A91N-01A-11R-A414-31 TCGA-CD-A4MH-01A-11R-A251-31 TSPAN6 19.71229 15.16812 58.95336274 112.4479129 TNMD 0.128679 0 0 0.417115888 DPM1 166.1934 229.3096 1...

文章 蛋白结构预测

...模板匹配、折叠识别和自由建模，来预测蛋白质结构。 2. 原理: I-TASSER使用以下步骤来预测蛋白质结构： 线程: I-TASSER首先使用线程技术搜索已知蛋白质结构的数据库，找到与目标蛋白质序列相似的模板。这一步是基于蛋白质...

文章 PCAI型标尺与II型标尺

...相关性，需将PCA排序图执行II型缩放，即II型标尺（scaling 2）-相关双序图（correlation bioplot）。特征向量被标准化为特征根的平方根，关注的是变量之间的关系。双序图中对象之间的距离不再近似于多维空间内的欧式距离，代表变...