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问题 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol时报错。perl脚本。请问perl脚本的问题出在哪？需要怎么修改。最后有perl及需要处理的数据的百度云链接（链接：https://pan.baidu.com/s/1fKim1pGNsU4DDJXcxchplg 提取码：5ls1）

use strict;use warnings;print STDERR "gene symbol column number: ";my $geneSymbolCol=<STDIN&gt;;chomp($geneSymbolCol);$geneSymbolCol--;my $expFile="probeMatrix.txt";my $gplFile="ann.txt";my $expFileWF="geneMatrix.txt";my %hash=();my @sampleName=();open(EXP,"$expFile") or die $!; open(PL,"GEOimmun...

文章 对水稻做GO和KEGG富集分析，如何获取水稻的数据库？

...物种的注释包是能够下载到的，Bioconductor上提供了以下19个物种的Org类型的包，包含了这些模式物种的GO及KEGG注释信息： 然而水稻的注释包在Bioconductor是下载不到的，有两种解决办法： 一种是利用AnnotationHub在线检索抓取OrgDb, ...

文章 NCBI下载的10X 空间转录组数据如何读入spaceranger

10x的数据可以使用 cellranger mkfastq 产生，下面的例子是两个样本同一个lane测序拆分后分析；第二个例子是同一个样本两个lane测序，需要合并一起分析； 大家注意文件命名方式，蓝色和红色部分； spaceranger命名规则 [Sample Name]...

文章 R语言按列合并文件，并保持其中一个文件的原有顺序

使用R语言对两个文件按列合并时，我们一般会用merge函数， 而merge函数会对该列的顺序重新排序，即对rowname重新排序 在实际操作中，有时候我们需要根据某一文件的顺序生成文件，merge函数无法实现 举个例子： # 数学成绩m...

问题 关于候选基因gene id的转换

老师您好! 做了选择清除分析后，得到了候选基因。 候选基因的gene id是这种格式：MA_10437256g0010。 这属于什么格式呢，我要怎么把这种格式转换成gene name、symbol（比如：ACOX1式）呢？

文章 circos当中的颜色介绍

...ors) set2 (3-8 colors) set3 (3-12 colors) 使用方法例如取set1中的4个颜色，分别可以表示为：set1-4-qual-1，set1-4-qual-2，set1-4-qual-3，set1-4-qual-4；颜色代表的如下图 4 特殊颜色-染色体 chr1，chr2 chrx等的如下，一般应用与染色体（ideograms...

问题 iqtree2不报错，自动停止运行。

老师好，在用iqtree2构建进化树时，出现不报错自动停止运行，是在租用咱们组学大讲堂的服务器上跑的，内存有375G，supergene.npy文件有5.8G大小。以下是iqtree.log具体截图。

文章 linux 编码转换

...制文件有以下两种方法： 1. vim 打开二进制文件： vim -b 文件 将内容转换成16进制： :%!xxd 转换回来： :%!xxd -r  2. iconv  # 将UTF-8编码的wx.txt文件转换为GB2312编码的test01.txticonv -f UTF-8 -t GB2312 wx.txt -o test01.txt

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 数据纠错软件-proovread

proovread 是在2014年发表在Bioinformatics 上的一款Pacbio序列纠错软件，其基本的原理是利用高准确度的二代短序列，不停的迭代比对，对pacbio的序列进行纠正。 目前该软件已经在github 上公开,并不断的更新。 1. 软件的安装 安装方...

文章 rocks集群管理命令

快速关闭所有计数节点： rocks run host compute "shutdown -P now"

问题 WGCNA分析生成的单个模块txt文件非常大，请问老师有没有什么好的方法能打开？以及找到的如下代码如何使用？谢谢

...码能够打开或者拆分大的txt文件？大概5G 这段代码，有个问题，就是filename这里是否要改成自己的文件名？eachfile_lines_num这里呢？就这样放着，还是改成一个数值？ file_split <- function(filename,eachfile_lines_num)                 ...

问题 perl语言命令行参数设置

在perl语言中怎么设置命令行参数，如perl test.pl -i A.txt -o B.text,像这种指定参数，-i为输入文件，-o为输出文件，该怎么设置？

文章 DevOps 在企业项目中的实践落地

...者弄清项目的剩余时间，评估工作进度，调整工作任务，更好地把握项目的整体。 编辑 「日历」      CORNERSTONE的日历视图是基于时间，让项目更加易于理解的管理工具。   点击添加图片描述（最多60个字）编辑 「统计...

问题 基因组注释 ，seqclean软件报错

老师您好，在做基因组注释时，PASA_assembly中，seqclean报错，使用的是docker的镜像，已添加export USER='me'   报错信息如下： /work/zhushi/04.PASA_assembly/UniVec seqclean running options:  seqclean all_transcripts.fasta -c 10 -n 10000 -v ./UniVec  Standard l...

文章 好实验从一个好的样本命名开始！

...是各种各样的生物样品，干的最多的就是区分样品，一千个样品有一千种命名方式：有用阿拉伯数字顺序下来的；有用汉字的；有名中带特殊字符的。殊不知，如此命名已经给你的实验埋下了隐忧。  我见过样品6/9不分的；O/0混...