文章 R语言apply批量进行t.test

基于R语言读取整个表格中的数据，并对每一行依次进行t.test，如果写成循环，运算速度非常慢，可以利用apply()函数辅助完成计算过程。 譬如有如下数据，共2000行6列，对A组数据和B组数据进行t.test计算： > head(data,2)     ...

问题 在GEO分析中遇见的问题

老师您好，我按照GEO芯片数据挖掘课堂上所讲的内容，下载了水稻的GES = "GSE27856"，GPL = "GPL2025"）进行分析，按照课程所给的R语言代码进行（除了改动GES号和GPL号）；按照代码生成基因表达数据后（GSE27856expressionMatrix.csv）遇见了...

文章 boxplot绘图中的离群值Outliers 如何去除

...）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。在各种领域也经常被使用，常见于品质管理。它主要用于反映原始数据分布的特征，还可以进行多组数据分布特征的比...

文章 iTOL修改进化树的标签基因ID名称

...的部分都是格式声明，照抄即可。之后就是具体标签修改数据，数据分两列，第一列为原始标签，第二列是修改后的标签，之间以Tab键分隔。准备好数据后就可以加到进化树中了。 刘改后进化树如下： 修改之后可以导出nwk...

文章 分组柱状图添加误差线（位置）--ggplot2

...errorbar及其参数position进行细节调整。 譬如基于上述链接数据增加一列标准差SD，进行演示： 1、案例数据： > dat   type  Sample Num  SD1     A sample1  90 1.02     B sample1  34 2.03     C sample1  56 1.24     D sampl...

文章 pacbio 三代全长转录组数据分析流程 Iso-Seq 3

...得的部分基因也可以进行全长转录组的测序 Iso-Seq 3进行数据分析 Iso-Seq3 进行全长转录组的分析，运行流程如下图所示： 1 ccs(Circular Consensus Calling)ccs 获取一致性的序列，要求每一条测序的reads至少有一端含有引物序列。 ccs ...

问题 我看了您的《pacbio 三代全长转录组数据分析流程 Iso-Seq 3》文章，想请教一个问题

请问iso-seq3分析的第二步（见上图），引物的去除和barcode的去除，需要一个barcoded_primers.fasta文件，这个文件是接头文件吗？还是应该是固定的？我在https://github.com/PacificBiosciences/IsoSeq3/blob/master/README_v3.0.md这个上面看到的这个文...

文章 使用虚拟机时，物理机与虚拟机间不能进行复制粘贴

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 老师，我想在TCGA数据库里提取用药相关的临床信息，不知道怎么下载？用别人提供的R需要下载出来的都只有年龄，性别等一些信息。

问题 老师您好，临床数据下载后，整合时发现下载文件是xlsx文件不是课程中讲的xlm文件，一直整合失败，找不到文件。这块应该怎么修改这句代码？

问题 请问老师，GEO数据分析时，运行gset = getGEO(GSE, GSEMatrix =TRUE, AnnotGPL=FALSE,destdir=workdir)时，遇到如图中报错，该如何处理呢？

问题 我想问一下公司的cleandata怎么导入到qiime2里面去，原始数据我会 建一个rawData_manifest，但是cleandata只有一个fastq文件了。

问题 请问老师，串联复制基因对在染色体上之间有别的成员有问题吗，如下图，标记的两个基因是一对，我核对了基因位置应该不是数据出错了

问题 将自己windows中D盘的数据映射到docker中的work目录时格式一直有问题，已经重新打过好几次了不知道问题在哪里

问题 请问学习叶绿体线粒体组装注释课程中是不是没有提到数据指控的方法呢？从公司获得的raw data是不是不能直接使用呢？