文章 blastall 搜索比对输出结果 m8或者m9格式说明（blast+ m6格式）

...基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提...

文章 WGCNA知识点详解-提升你的转录组论文档次

...然，样品数量越多，结果会越准确。 3、不同批次的测序数据可以放在一起进行WGCNA分析么？ 理论上是可以的，但是一般不建议放在一块分析。这是由于测序存在批次效应，不同批次的测序结果会存在一些差异，这会给分析带...

文章 pheatmap NA/NaN/Inf 聚类错误

...数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg11) 出现此类错误多数情况是数据在绘图过程中进行处理后 出现NA/NaN/Inf导致无法进行聚类。 其一是原数据中本身存在NA等情况，其二是原数据存在数据完全无变化，但pheatmap()函数中却选择了scale参数...

文章 蛋白质定量—MaxQuant软件分析多样品定量

...。然后再使用MaxQuant定量。MaxQuant定量方法如下： 1.导入数据并分组 这里每组6个样品有9个原始数据文件，将每组对应的Parameter group 和 Experiment 设为一组，Fraction 设为1-9。如下图所示： 2.设置每组所使用的标记 在“组特定参...

问题 老师，您这里GEO芯片挖掘的课程是针对单通道芯片还是双通道芯片的呢，还是都有，因为我需要双通道芯片的数据挖掘课程

问题 看到您发的文章《单拷贝直系同源基因构建系统发育树以及分歧时间》，还是有些不明白，单拷贝直系同源基因的序列那些数据应该如何处理？

问题 我想问一下从公司获得测序数据如果是以下的cleandata，我们是否从章节2课时6看起就可以了呢，是否向需要进一步质控？

问题 老师，软连接以后，我的样本名后面加了？这样对吗 在软连接时，我将Rstudio中的gz去掉了，因为我的data数据没有gz

问题 老师您好，进行比较基因组分析时候，在第一步数据处理，保留编码蛋白基因，及最长转录本时，出现报错，这个对后续分析有影响嘛

文章 gnuplot安装

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 如果提取基因一条代表CDS序列不成功，mRNA与CDS，GENE的ID都不一致（马铃薯数据库）

因为马铃薯数据库里，CDS，mRNA,Gene ID命名差异非常大，如上图红线标出 我想要提取CDS的ID,但提取的是mRNA的ID 所以我想修改perl脚本（geneid_to_mRNAid.pl） 当我把if($tmp[2] =~/mRNA中的mRNA改为cds时， 显示 当我把里面的全部...

文章 GATK4

GATK 是 Genome Analysis ToolKit 的缩写，是一款从高通量测序数据中分析变异信息的软件，是目前最主流的snp calling 软件之一。GATK 设计之初是用于分析人类的全外显子和全基因组数据，随着不断发展，现在也可以用于其他的物种，还...

问题 文件读取：请问我在读取列注释文件时以下警示信息，并且不能读取，我的列注释数据在附件中，麻烦您有空帮我看看，多谢老师。

ORFs_annotation.xlsx      ORFs_annotation2.xlsx

问题 老师，我想问下您知道有什么软件可以把ped格式转换为fasta（为了使用自己的序列数据），再进行后续的建树工作呢？

我用的PGDspider，转换后是这个样子的，如果设置序列放在一行，又会导致相同ID有两条序列的现象，导致比对不成功，您有什么建议吗？

问题 我的转录本数据和gene ID不一致，所以我用的转录本ID来做的circle绘图，但是进行不下去

我用的是转录本ID 不知道这个软件是不是不能用转录本ID ，但是我转换成gene ID 也不行，请老师给建议 难道是由于染色体数量多于拟南芥所以这里也要改吗？ 老师还请您指导