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问题 我目前正在学习《基因家族分析》课,在Bio-linux系统下操作的,输入clustalw命令后,输入了一个AtbZIP2domain.fa文件多重比对输出一个AtbZIP2domain.aln文件,在家族成员鉴定的视中回车,下一步即可得到一个后缀为.dnd的文件,但我按照输入的步骤却得到了下面这个一串英文,知道是什么原因导致的,请问是怎么回事啊?

问题 在基因家族分析中的顺势作用元件分析中有几个差多的元件是是一个元件

请问这三个元件是是都是ABRE元件啊,还是三种一样的元件

问题 FPKM值的理解困惑:双端测序时,一个fragements的两端都测序,结果是有两个reads,那在计算FPKM定义时,说Fragment的最终数目是Reads的1到2倍之间,应该是reads是fragements的1-2两倍吗,

...可能一个Fragments的2条Reads最后只有一条进入最后的表达量分析。总之,对某一对Reads而言,这2条Reads只能算一个Fragments,所以,Fragment的最终数目是Reads的1到2倍之间。 感觉我对这句话的理解应该 reads 的数目应该是Fragement的1-2倍...

文章 亚型划分比较波浪图(桑基图)绘制

...,保持能量的平衡,非常适用于用户流量等数据的可视化分析。在一些高分文章中我们有时会看到她的身影。 比如在一篇2021年发表于The Journal for ImmunoTherapy of Cancer上的影响因子为13.75的文献《m6A modification patterns and tumor immune lan...

文章 比较3种差别表达方法对TCGA转录组数据的分析

在我们的《TCGA-基因差异表达分析》课程和《TCGA-ceRNA网络分析》的课程中,我们都介绍了针对TCGA的转录组数据,进行基因的差异表达分析。当时我们介绍的都是采用edgeR 软件包进行的分析, 有学员问我,采用DESeq2 和limma 的方法...

问题 如何提取一个冷门物种(NCBI下)的CDS序列

在NCBI上下了一个冷门物种(芦笋)的GFF文件和CDS文件(如图1所示),但是这个CDS文件中的注释让我比较恼火,GFF文件中的任意识别ID(除了GeneID)都无法对应CDS文件中某个识别ID(如图2,包括transcript_ID,Protein_ID)那我如何提...

文章 cox模型评估-决策曲线分析(DCA)

DCA曲线 DCA曲线,即决策曲线分析法(Decision Curve Analysis),是用来帮助确定高风险患者进行干预,而低风险患者避免干预(避免过度医疗),即评价患者获益程度的一种评估方法。下图是2016年柳叶刀发表的一篇文章,文中首次进...

问题 请问老师用转录组分析得出的FPKM值做基因家族的基因表达量热图可以吗?

有一份分析好的FPKM值,要是可以直接绘制基因表达量热图就从头分析了。

问题 选择非冗余基因模板的自比对,pangene与pangene两个文件进行共线性分析,时间太长应该怎么办?

输入命令‘nohup python3 -m jcvi.compara.catalog ortholog pangene pangene --cpus 5 --no_strip_names --cscore 0.99 > output.log 2>&1 & ’后,截图如下: 从6月2号起,就动了,已经运行了6天,没有报错,请问该怎么办?

文章 pip_search,pip search 的替代品

...错的替代品的,比如这个pip_search, 简单就能看到软件版本,相关的其他软件版本及描述,最新上传日期,而且整洁美观这些内容一般够用了,但如果还需要更详细的,直接点表格上方链接跳转至pypi search的网站直接用pip安装...

文章 LASSO 回归分析原理与R语言实现

...数估计的同时实现变量(因素)的选择,较好的解决回归分析中的多重共线性问题,并且能够很好的解释结果。 一、LASSO简要介绍        随着科技的进步,收集数据的技术也有了很大的发展。因此如何有效地从数据中挖掘...

文章 Windows Terminal 安装与配置指南

... 注意:Windows Terminal 要求 Windows 10 1903 (build 18362) 及以上版本。 WT 现在已经上架 Microsoft Store,所以直接在商店里搜索安装即可。 2.配置 安装完成之后,WT 默认是长这样的: 修改配置: 可以复制以下内容直接配置文件profil...

问题 老师,用视教的方法用linux系统查找复制基因的时候,得到了duplication_gene.out文件,但是里边的成对基因在同一染色体上,请问是我分析出了问题,还是它属于串联重复基因,属于片段重复?下面这是操作过程我用到的文件:先进行了AABB30-cds的blast比对,得到图1的out文件,然后用了图3的程序,得到复制基因的,请问老师,这个是怎么回事

问题 急求!!!apple MacBook Air 怎么安装bio-linux?是是没有Mac 版的vm?

我想进行基因家族分析,想在电脑上安装vm,进行bio-linux安装,但是找到vm安装版本,更别提进行下面的操作了,想问一下是是必须装在mac上安装双系统,再安装vm呢?非常着急,感谢各位大神解惑!

文章 linux 硬盘分区 格式化 挂

...行操作,分区,格式化(重点) fdisk:磁盘分区,是Linux发行版本中最常用的分区工具 用法:fdisk [选项] device     常用的选项 : -l 查看硬盘分区表   案例:在sdb盘上建一个分区,大小为1G [root@centos7 ~]# ll /dev/sd*brw-rw--...