执行代码GDCdownload(query = query, method = 'client', directory = DataDirectory)，R会先从GDC官网下载gdc-client工具压缩包，接着就报错了： Error in unzip(basename(bin)) : zip名字参数不对 然后我把method换成api，也报错了： Error in GDCdownload.aux(server, ...
老师您好，我想请教一下，我研究的每个基因都有六个处理时间点的转录组数据，而且每个时间点都有相应的对照数据，请问这样的数据在做热图前应该如何处理？谢谢。
我发现 DEG_list_kegg是1487行，而map_ids是1468行。 这个是得出DEG_list_kegg的代码， degs一开始是1487行，去除没有entrezid的行后，为1468行 degs<-degs[!is.na(degs$entrezid),] #去除没有entrezid的行 #将字符转换成数字，注意一个基因有...
...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...
网易云课堂《RNAseq有参转录组数据自主分析课程》第4课时，建立基因组索引，运行的命令，sh $scriptdir/index.sh Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.22.fa Homo_sapiens.GRCh38.99.chromosome.22.gff3，在服务器上运行，最后获取gene length时候出错： get gen...
当我用在比较基因组学分析做数据准备时用组学提供的代码进行基因cds以及pep序列提取时，总是报告这样的错误，不知道是怎么回事
.../懒惰匹配print "$&\n"; # &指上一次正则表示式匹配的数据 } 贪婪匹配输出的结果是：bc123abc12。非贪婪匹配输出的结果是：bc12。 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发...
...################################################### > # 1. 读取临床数据 > ############################################################ > # 注意: 分隔符，需要跟下载临床信息脚本中设置的一致 > datClin = read_delim(clin_file,delim="%",escape_double = FALSE, t...
...留一个作为基因的代表，此步建议对脚本输出的文件手动筛选，挑选ID： perl script/select_redundant_mRNA.pl mRNA2geneID.txt WRKY_domain_new_out_selected.txt WRKY_remove_redundant_IDlist.txt 以下为demo 以下为我的结果
...，不过这个一点往往是大部分人经常忽略的。 2. RNA-Seq数据整体分析作者取2个品种哈密瓜授粉后10、20、30和40天的果实用于转录组测序，每个样品设置3个生物学重复，在这部分数据介绍时依然是传统套路，整体比较不同品种间...