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问题 16S课程 03.asv_taxonomy

我个人的设备:CPU 2*40, 内存64G.   docker设置 CPU40,内存54G docker run -it -m 50G --cpus 35 --rm -v D:/ampliseq:/work omicsclass/ampliseq:v2.0 然后跑 ### 物种注释 16S/18S  #全长作为分类数据库:  qiime feature-classifier classify-sklearn \   --i-classifi...

问题 在进行GWAS的LDBlock可视化中,在Win11本地的Docker执行LDBlockShow -Cutline 7 -InVCF $vcf -OutPut LD.p \ -Region Chr1:36000000-37000000 -OutPng -SeleVar 2 -InGWAS ld.pvalue.txt -PointSize 0.8命令时,程序居然报错UnKnow argument -PointSize,请问这是怎么回事呢,如何解决呢?请组学大讲堂的老师麻烦回答一下!谢谢!

问题 老师,我更换镜像了,但本地镜像一直加载不了,显示如下。然后,我在服务器上,导入镜像,运行docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v /home/us132/pangene:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v2.0做了泛基因集构建。之后继续做其他分析,然而,运行镜像时一直出错,进不去,错误显示如下。

本地镜像导入:系统运行时

问题 omicsclass/gene_family同时有latest和V1.0.1两个版本,挂载时出错

Error response from daemon: pull access denied for it, repository does not exist or may require 'docker login': denied: requested access to the resource is denied. 麻烦老师解答一下,之前听docker blast那里挺顺利的,在基因家族分析课这里卡住了

问题 关于动植物基因组组装课程mysql_server.sh

课程中myseql镜像是用docker启动的(如下),但是如果用singularity启动,相关的命令参数如何更改?我能查到的是-v对应singularity中的-B,其它-p  --name  -e  -d 该如何修改? mysql_server.sh脚本文件中: #启动镜像 docker run -p 3399:3306...

问题 TCGA下载

docker镜像下载TCGA数据,只得到临床信息, 代码报错

问题 SRA数据下载

我用了omics docker 里SARtools下载数据,但是发现容器无法联网

问题 基因家族分析

在操作界面利用docker search omicsclass命令搜索不到镜像了?原来加的QQ群全部解散了,有问题怎么咨询呢?

问题 镜像下载

您好!我尝试跟着教程执行docker pull omicsclass/pan-gene-family:v1.0命令行时根本下载不了镜像,请问一下您可以发一份本地版本镜像文件吗

问题 泛基因家族分析时,泛基因集构建与家族成员分析用的镜像不同,有区别吗

...做26个玉米基因组的基因家族成员鉴定等分析时,用的是docker run -it -m 3G -v/home/us132/pan-gene-family:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v1.0镜像,而做泛基因集列表时用的是docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v /home/us132/pangene:/...

问题 镜像安装

老师,您好!我尝试跟着教程执行docker pull omicsclass/pan-gene-family:v1.0命令行时根本下载不了镜像,请问一下您可以发一份本地版本镜像文件吗

问题 nextpolish报错

老师,您好,我用的大讲堂的基因组组装的DOCKER,在用nextpolish的时候提示这样的报错,不知道是什么原因,麻烦看下,谢谢1

问题 nextpolish报错

老师,您好,我用的大讲堂的基因组组装的DOCKER,在用nextpolish的时候提示这样的报错,不知道是什么原因,麻烦看下,谢谢1

问题 aspera下载报错

docker中用aspera下载ENA中的数据,提示授权失败,请教原因和解决方法。

问题 jcvi安装报错

ImportError: cannot import name 'HTTPSConnection' 另外还想问一下,docker课程里面是否具备collinearscan软件的安装与使用