问题 《微生物宏基因组分析实操》课程，配制分析环境（doc.sh）遇到Bug

...入“. doc.sh”，出现报错信息“? Please select an image:   ▸ docker.io/omicsclass/metagenomics:v1.0    quay.io/omicsclass/metagenomics:v1.0” 我在doc.sh文件代码中输入第一个镜像，可以启动docker pull进行镜像下载，但是4个小时后仍然报错“Error: writ...

问题 《微生物宏基因组分析实操》课程，配制分析环境（doc.sh）遇到Bug

...入“. doc.sh”，出现报错信息“? Please select an image:   ▸ docker.io/omicsclass/metagenomics:v1.0    quay.io/omicsclass/metagenomics:v1.0” 我在doc.sh文件代码中输入第一个镜像，可以启动docker pull进行镜像下载，但是4个小时后仍然报错“Error: ...

问题 下载不了镜像organelle-assembly-v2.0.tar.gz

docker load -i /share/docker_images/organelle-assembly-v2.0.tar.gz，提示没有这个镜像

问题 New state of 'nil' is invalid

...基因家族分析的视频学习中，设置好所有步骤并成功安装Docker Desktop后，根据老师的教程输入命令进入虚拟机时一直报这个“New state of 'nil' is invalid”。尝试卸载Docker Desktop后重启电脑重新安装还是这样。这种情况应该怎么办呢？

问题 老师您好，请问我mac电脑如何启动镜像

docker run -it -m 3G --cpus 1 --rm -v D:/ampliseq-q1:/work omicsclass/ampliseq-docker run -it -m 3G --cpus 1 --rm -v D:/ampliseq-q1:/work omicsclass/ampliseq-q1:v1.2 这是您的代码。我的存放的文件地址是/Users/wuzhengyuan/Desktop/1/qiime1

问题 你好老师，我的是win10系统家庭版，我这个docker就是按照给的链接装的，之前按着课程做过一次了，不太熟练，想着从头正在做一次，然后我就把之前的gene-family改了名字，又重新建了一个geng-family跟这个有关系吗，我没有升级

问题 基因家族分析环境变量

请问： 1.通过docker进行基因家族分析，是不是每次退出终端都要exit。然后再次进入终端后，先要设置环境变量workdir=/work/my_gene_family scriptsdir=$workdir/scripts/。 2. docker image ls 查看后台镜像显示有“omicsclass/gene-family v2.0”是不是...

问题 可能是路径出了问题，无法找到脚本，请问老师

...iqtree2这样的工具都会显示command not found，我的启动命令是docker run -it -v D:/work:/work -w /work gene_family，w.sh教程中的路径docker run -it -v D:/Work:/workdir -w /workdir gene_family在使用过程中工作路径无法同步于是修改了，不知道和我现在发生的...

问题 16S课程 03.asv_taxonomy

我个人的设备：CPU 2*40， 内存64G.   docker设置 CPU40，内存54G docker run -it -m 50G --cpus 35 --rm -v D:/ampliseq:/work omicsclass/ampliseq:v2.0 然后跑 ### 物种注释 16S/18S  #全长作为分类数据库：  qiime feature-classifier classify-sklearn \   --i-classifi...

问题 在进行GWAS的LDBlock可视化中，在Win11本地的Docker执行LDBlockShow -Cutline 7 -InVCF $vcf -OutPut LD.p \ -Region Chr1:36000000-37000000 -OutPng -SeleVar 2 -InGWAS ld.pvalue.txt -PointSize 0.8命令时，程序居然报错UnKnow argument -PointSize，请问这是怎么回事呢，如何解决呢？请组学大讲堂的老师麻烦回答一下！谢谢！

问题 老师，我更换镜像了，但本地镜像一直加载不了，显示如下。然后，我在服务器上，导入镜像，运行docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v /home/us132/pangene:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v2.0做了泛基因集构建。之后继续做其他分析，然而，运行镜像时一直出错，进不去，错误显示如下。

本地镜像导入：系统运行时

问题 omicsclass/gene_family同时有latest和V1.0.1两个版本，挂载时出错

Error response from daemon: pull access denied for it, repository does not exist or may require 'docker login': denied: requested access to the resource is denied. 麻烦老师解答一下，之前听docker blast那里挺顺利的，在基因家族分析课这里卡住了

问题 关于动植物基因组组装课程mysql_server.sh

课程中myseql镜像是用docker启动的（如下），但是如果用singularity启动，相关的命令参数如何更改？我能查到的是-v对应singularity中的-B，其它-p  --name  -e  -d 该如何修改？ mysql_server.sh脚本文件中： #启动镜像 docker run -p 3399:3306...

问题 TCGA下载

用docker镜像下载TCGA数据，只得到临床信息， 代码报错

问题 SRA数据下载

我用了omics docker 里SARtools下载数据，但是发现容器无法联网