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文章 组学大讲堂samtools工具docker镜像使用方法：

1.查询镜像： $ docker search omicsclass INDEX NAME DESCRIPTION STARS OFFICIAL AUTOMATED docker.io docker.io/omicsclass/biocontainer-base Biocontainers base Image 0 docker.io docker.io/omicsclass/samtools ...

文章 docker clash 配置

...时关闭HTTP 代理和 Socks5 代理 usset http_proxy https_proxy docker配置： Create a systemd drop-in directory for the docker service:$ sudo mkdir -p /etc/systemd/system/docker.service.d Create a file named /etc/systemd/system/docker.service.d/http-proxy.conf that adds the HTTP_PR...

文章 docker pull下载镜像出现：error pulling image configuration: received unexpected HTTP status: 500 Internal Server Error

...是出现网络错误，或者下载很缓慢： [root@VM_0_16_centos ~]# docker pull docker.io/omicsclass/gene-familyUsing default tag: latestTrying to pull repository docker.io/omicsclass/gene-family ...latest: Pulling from docker.io/omicsclass/gene-familyab5ef0e58194: Already exists3afe06e85076:...

文章 基因组注释流程，PASA mysql 数据库启动 exited

最近有学员反映mysq启动之后exited： 查看log： $ docker logs 49b994b23f23 2023-03-21 09:38:40+00:00 [Note] [Entrypoint]: Entrypoint script for MySQL Server 5.7.41-1.el7 started.2023-03-21 09:38:40+00:00 [ERROR] [Entrypoint]: mysqld failed while attempting to check configcommand ...

文章 微生物多样性扩增子（16S/18S/ITS）课程更新v2.0

...se，PICRUSt2等）绘图脚本美化更新升级等 镜像更新v2.0: docker pull omicsclass/ampliseq:v2.0docker run -it -v ~/ampliseq:/work omicsclass/ampliseq:v2.0 视频课程链接如下： https://bdtcd.xet.tech/s/qZRiF

文章 PDF翻译神器：PDFMathTranslate让看英文文献不再成为烦恼

...互界面，以及容器化部署 安装与使用  建议直接使用 docker 的方式安装，简单又方便，其他安装方法参考：https://github.com/Byaidu/PDFMathTranslate/blob/main/docs/README_zh-CN.md 在终端执行下面命令（需要体腔安装并启动 docker，如果不会请...

文章 docker启动报错：Error starting daemon: SELinux is not supported with the overlay2 graph driver on this ke

环境：centos7 命令： systemctl start dockersystemctl status docker -l 报错：Error starting daemon: SELinux is not supported with the overlay2 graph driver on this kernel. Either boot into a newer kernel or disable selinux in docker (--selinux-enabled=false) 解决方案： ...

文章 eggNOG批量注释基因组数据库

... eggnog.db64fefa838833a6f3e220a06fb9d403cd  eggnog_proteins.dmnd 利用docker工具eggnog进行注释，以拟南芥为例： #非模式物种GO KEGG注释与富集分析 #eggnog 数据库下载之后解压，放到一个目录中 #启动镜像 #docker run --rm --cpus 8 -m 16G -it -v /share/...

文章 服务器docker防止退出之后容器杀死导致任务中断

...9b5065e025262: file exists 运行以下命令之后，再正常使用docker即可避免上面的错误 $ loginctl enable-linger $USER

文章 win10系统docker 重装提示 Exising installation is up to date 解决方法

出现这个问题是因为卸载Docker没有卸载干净，导致无法重装 解决方法： 按下Window+R唤起命令输入界面，输入regedit 打开注册表编辑在地址栏输入HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\Docker Desktop 将整个Docker...

文章 bugbase指定表型预测

...。 准备好文件之后，运行代码即可。 运行代码 1. 打开DOCKER虚拟机，进入镜像(注意：运行成功需要至少25G的内存，所以需要给docker更多的内存) docker run --rm -m 25 -v D:\project\bugbase:/work -it omicsclass/ampliseq-q1:v1.2 2.生成指定表...

文章 0.1元学习《Docker在Linux系统中安装与使用》

docker作为一个虚拟化工具，可以让我们直接使用镜像里面的生信分析软件分析我们的数据，省去安装linux软件的麻烦，对于初学linux的学员非常有用。 我们的《Docker生物信息工具安装与使用》课程讲解了在windows系统中docker的安...

文章 基因家族分析课程更新2.0

...新，因此我们更新了基因家族镜像2.0，下载使用方法： docker pull omicsclass/gene-family:v2.0docker run -it --rm omicsclass/gene-family:v2.0 5.课程目录： 课程观看链接：https://bdtcd.xet.tech/s/1BAqPp 参考文献： Zhang, Z., Xiao, J., Wu, J., Zhang, H., Liu,...

文章 QIIME1格式转换

...式同otu_table后跟物种注释） 2.转换成biom格式文件：（docker上下载QIIME1镜像） biom convert -i mat.txt -o otu_table.from_txt.biom --table-type="OTU table" --process-obs-metadata taxonomy --to-hdf5 3.在运用QIIME1脚本进行分类： 不同水平下相对丰度文件：...

文章 win10装docker desktop提示Installation failed: Containers Windows Feature is not available

在装docker的过程中如有以下报错 解决方法：新建containers.cmd，编辑内容如下，以管理员身份运行，执行完后按照提示重启电脑 pushd "%~dp0"dir /b %SystemRoot%\servicing\Packages\*containers*.mum >containers.txtfor /f %%i in ('findstr /i . con...