包含内含子的完整基因序列如何得到。

#得到对应基因的cds序列，脚本会读取第一个文件的第一列的ID信息，根据ID提取相应的序列：

seqkit grep -f WRKY_IDlist_final.txt ../01.data_prepare/Arabidopsis_thaliana.gene.cds.fasta -o WRKY_cds_final.fa

那得到对应基因的完整基因序列的命令如下，但是运行失败。

seqkit grep -f WRKY_IDlist_final.txt ../01.data_prepare/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa -o WRKY_gene_final.fa

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1 个回答

rzx 1天前

利用seqtk subseq工具提取完整基因序列，需要提供想要提取的基因的染色体位置.bed文件。