基因结构信息统计脚本报错
是不是需要更改脚本呢?最佳答案 2023-08-14 10:49
建议用课程里面的，ATAG软件包处理一下，再用这个脚本统计，
不然可能由于GFF文件没有排序，格式不标准导致出差错；
#保留蛋白编码基因
agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff $database/homo_protein/osa.gff.gz --attribute biotype --value protein_coding -t '!' -o Oryza_sativa.protein_coding.gff3
#保留最长转录本
agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff Oryza_sativa.protein_coding.gff3 -o Oryza_sativa.longest_isoform.gff3
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