10 基因组课程结构注释:未提及Iso-seq全长转录组如何使用

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

三代的数据可以用pacbio的isoseq工具得到转录本序列,用cdhit去冗余之后的序列输入PASA就行;

如果觉得三代的质量好就设置这些ID到:FL_accs.txt


注意:gmap和blat,minimap的功能一样。我们的基因注释docker镜像中PASA用gmap比对可能得不到结果,所有没有设置,用minimap和lbat效果一样的


参考:

https://github.com/PASApipeline/PASApipeline/issues/131

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2021.825742/full#h3

https://academic.oup.com/hr/article/doi/10.1038/s41438-021-00476-4/6446661





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  • TaoLiu 提出于 2023-01-29 10:30

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