大神们,请教一个问题,在做ceRNA网络构建的时候,input文件里面已经看到了lncRNA以及mRNA与miRNA都有关系,为什么cityscape运行出来是分离的,再三核对input文件后仍然是这样!如下图


attachments-2018-11-HqaVEzpI5be2639590ca7.jpg
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1 个回答

Daitoue

补充一下数据,例如你说都有关系,指的是谁(A)和谁(B)以及谁(C) ,你输入的数据是否A和B对应   B和C对应,如此才能A--B--C 不分离,没有数据并不能看出来图片中哪一个节点应该和哪一个节点连在一起,另外,图片太糊了,瞅不清字


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我觉得还是你数据问题,我根据截图的数据,自己手动输入整理 然后倒入软件,获得的图片显示 hsa-mir-204只有一个,而且和其他的也是连起来的,你检查检查字符问题:

attachments-2018-11-wvfWhAKl5be26f28d5f30.jpg整理的你的数据:

attachments-2018-11-onHGAeyg5be26f3ad2527.jpg

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  • 提出于 2018-11-07 11:42

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