老师:您好,我想在我的转录组数据中找相关的糖苷酶基因,由于基因组注释文件缺失,没办法利用基因组来找。我想知道用什么方法可以找全糖苷酶基因,望指教。我现在都是手动,从NR注释中查找与糖苷酶相关的基因,但是我觉着这样效率很低而且找不全。
基因组里的注释文件没有描述那一项
有参转录组:应该有基因组,如果基因组是JGI或者ensembl上的,可以直接搜索基因功能的关键字,参考:https://www.omicsclass.com/article/50 或者 https://www.omicsclass.com/article/58 再有就是基因组完成,一般会对基因的功能进行注释,会有一部分注释信息在gff文件里面你可以下载下来看看。
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