老师您好,我是刚接触生物网络分析的小白,在我做otu table 共存网络分析时出现下面这种情况:

我在R中运行如下代码:

Abu=read.table('family_nor.out',header=T)
Abu<-as.matrix(Abu)
#Min support filtering for each taxa
Abu[Abu<0.01]<-0
#Filter taxa by abundance sum
Abu<-Abu[which(rowSums(Abu)>10),]
#Filter taxa by Occupancy
table<-Abu
table[table>0]<-1
table1<-Abu[which(rowSums(table)>=100),]
Abu<-table1
data<-co_occurrence_network(Abu,0.5,0.001)

在这最后一步总是出现报错: Error in rcorr(t(matrix), type = "spearman") : must have >1 column

别人用相同的代码都可以正常运行,但是我却不行,我猜想可能是数据格式的问题,但是修改了很多遍依然没能解决这个问题,希望老师可以不吝赐教,谢谢

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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