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蛋白组学差异蛋白的筛选
蛋白质差异分析 生物学重复间一般用的R包limma吧，有生物学重复差异比较其实是 A1,A2,A3,A4 vs B1,B2,B3,B4 四个数据对另外四个数据，不是简单的数据整合，也不是分别一对一。
回答于 2019-04-17 09:01
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WGCNA 表达量低的基因筛选
进行基因的筛选，一般可以过滤低表达的方式，还有一种是筛选出变异大的数据（一般可以用方差等方法） 前者你可以根据需要进行筛选，没有明确的说法是限制多少。如果参与分析的基因过多，设高一点，少就低一点，鉴于你的基因数量确实挺大的，你可以设大一点 后者一般按照变化程度进行排序，选择前10000/20000或者前50%/75%...
回答于 2019-04-16 11:14
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转录组数据上传GEO
一般是SRA，也有部分传了GEO，同时传GEO也会传原始数据，推荐看一看NCBI上传的视频，里面以植物为例介绍了转录组数据上传，当然GEO数据上传也介绍了：NCBI数据上传
回答于 2019-04-15 10:31
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获取保守结构域序列
你都说没有相关家族的domain pfam号了，种子序列建立什么？建立hmm? 那这些种子序列对应的hmmsearch的结果不就是你默认的domian了么。。。。如果不是建立hmm 而只是基于blast搜索同源，本身你就没有设定保守结构域，所有就没有基于相关结构域的结果，这种情况你需要多读文献 了解你的基因家族保守结构域特点，之后自己去全...
回答于 2019-04-15 09:25
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合并提取后的domain序列之后，linux系统中的clustalw不能读出蛋...
合并要修改下ID吧，毕竟domain1和domain2的的ID 都是同一个 会有重复
回答于 2019-04-11 17:12
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