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基因家族筛选
应该说细节上的衡量标准问题，有的时候简单的阈值去筛选，有的时候筛选出来了，针对序列又仔细抠了抠之类，如果对某一个基因家族保守序列足够了解，凭经验也许你也能删掉几个。这个真的需要看具体情况。 如果作者的method不够清楚，你可以考虑写邮件去请教。这样才能知道最准确具体的原分析步骤
回答于 2019-05-09 11:33
我用MCScanX做共线性分析，染色体出现重叠现象，请问MCScanX做共...
染色体太多的话MCScanX画圈图是可能会出现重叠，可以试试其他软件，譬如circos之类的，22个的话circos应该能比较顺利的画下来，画图过程需要调整的参数比较多，可以参考相关的文章或者课程 基因家族分析实操课程
回答于 2019-05-05 10:00
热图绘制
可以基于fpkm直接画热图啊，如果想数据转换一下，log 或者scale什么的，可以画图的时候设置 基于R语言画图可以参考一下：R语言画图 在线网站的话可以参考一下：转录组标准分析后的数据挖掘 还有一些其他的软件MeV或者excel 等等
回答于 2019-05-05 09:28
老师您好，请问在用MEGA软件利用保守域构建进化树时有几个基因含...
可以，构建进化树实现不了了原因可能是基因序列相比其他过短吧，我们分析的时候也出现过这种问题，后期文章单独说一下就没问题
回答于 2019-05-05 09:19
关于mapman使用过程的一些问题
1、mapman现有的通路如果没有的话就是没有了，除非自己自主构建通路（配套的图片、xml，mapping) 2、添加数据可以是汇总数据文件也可以是单数据文件。至于你要添加的ID,看你想在通路上显示的是哪些基因决定。注意：显示的时候点状热图显示的仅是文件中的一列数据，或者折线图多列数据。 3、没有反应：确定是没有报错的反...
回答于 2019-04-28 10:57
您好！请问不同温度梯度的转录组共表达基因用WGCNA好还是Wigams...
先明确不同分析研究能实现的意义，而你的分析目的是不是相匹配。WGCNA加权基因共表达网络分析，基于生物大网络的概念研究基因之间的表达互作，另一个没研究过。 课程你可以参考参考：WGCNA-加权基因共表达网络分析
回答于 2019-04-28 10:27