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转录组测序cleandata的筛选标准是什么？
答：为保证后续分析的质量，严格把控cleandata的筛选标准，具体标准如下： (1) 去除带接头(adapter)的reads； (2) 去除N(N表示无法确定碱基信息)的比例大于10%的reads； (3) 去除低质量reads(质量值Q <=10的碱基数占整个read的50％以上的reads)。
回答于 2018-06-27 18:36
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如何判断一个基因是否是差异基因？如果是差异基因，如何判断该基...
答： 首先对readcount进行标准化处理；然后根据模型进行假设检验概率（pvalue）的计算；最后进行多重假设检验校正，得到FDR值（错误发现率) ,差异基因的筛选阈值为FDR<0.01,且|log2FoldChange|>=1。 对于差异基因，如果基因的log2Foldchange>0，则认为该差异基因是上调，反之，若log2Foldchange<0，认为该差异...
回答于 2018-06-27 18:35
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分析差异基因时，为什么要用FDR，能直接用p_value吗？
答：由于转录组测序的差异表达分析是对大量的基因表达值进行独立的统计假设检验，会存在假阳性问题，因此在进行差异表达分析过程中，采用了公认的Benjamini-Hochberg校正方法对原有假设检验得到的显著性p值（p-value）进行校正，并最终采用FDR作为差异表达基因筛选的关键指标。
回答于 2018-06-27 18:34