安生水的回答 - 组学大讲堂问答社区

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蛋白序列ID和cds序列ID不一致

可以使用以下命令： sed 's/_P/_T/' 蛋白质文件名 > new.name 最好确认一下有没有替换成功。

回答于 2019-03-20 15:25

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构建进化树通常用参考基因组基因序列，不太明白你是要做什么

回答于 2019-03-19 11:45

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内存最多只能分配50%，你设置900MB吧。还有你电脑的内存比较小，运行可能比较卡。

回答于 2019-03-18 09:27

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对的，上图红框中的脚本生成的

回答于 2019-03-15 09:15

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把你的输入文件贴一下

回答于 2019-03-13 11:51

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最好不要用NCBI下载的基因组数据

回答于 2019-03-11 09:19

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你遇到的问题应该是该基因组组装结果不好，只组到了scaffold水平。

回答于 2019-03-08 16:19

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应该是你的nwk文件有问题，你检查一下。

回答于 2019-03-08 11:42

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你这gff文件是从NCBI下载的么，最好去别的网站下载

回答于 2019-03-08 09:04

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路径错了，需要到/biosoft/MCScanX/MCScanX/downstream_analyses 目录下才能运行这条命令

回答于 2019-03-06 13:23