安生水的回答 - 组学大讲堂问答社区

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老师好，我想请问一下在绘制基因家族 exon–intron structure 时...

注释文件没有exon , 提取cds 分析也是一样的。

回答于 2019-04-03 17:40

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网上找不到别的基因组了吗？最好不要用NCBI上的基因组分析

回答于 2019-04-03 17:37

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kaks_calculator可以一次计算多对基因，其输入文件为axt格式，如下图所示。但是输入文件准备时需要一对一对的获取。

回答于 2019-04-03 17:23

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一个基因家族可能有多个基因，鉴定后符合要求的都是这个家族的基因

回答于 2019-04-03 17:09

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用head命令查看文件： head mrna_location.txt

回答于 2019-04-03 17:05

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检查一下 bed文件和cds 文件基因ID格式是否一致。

回答于 2019-03-29 15:27

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blast比对是基因与基因之间进行比较，基因组序列比对没有意义。

回答于 2019-03-29 15:21

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linux与Windows是两个系统，share目录需要提前创建好，可以用 mkdir share 命令创建，然后将共享文件夹挂载到 share 目录下。

回答于 2019-03-27 09:31

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可以使用以下命令： sed 's/_P/_T/' 蛋白质文件名 > new.name 最好确认一下有没有替换成功。

回答于 2019-03-20 15:25

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构建进化树通常用参考基因组基因序列，不太明白你是要做什么

回答于 2019-03-19 11:45